[日本語] English
万見
- PDB-7mc9: X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mc9
タイトルX-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA
要素
  • 3C-like proteinase
  • Ubiquitin
キーワードHYDROLASE / coronavirus / PLP / PLP2 / papain-like protease / PEDV / UB-PA / complex / cysteine-protease
機能・相同性
機能・相同性情報


: / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / host cell membrane / viral genome replication / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity ...: / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / host cell membrane / viral genome replication / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / endonuclease activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methyltransferase cap1 activity / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Papain-like viral protease, thumb domain / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like ...Papain-like viral protease, thumb domain / Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-amine / ORF1ab polyprotein / Tail fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.099 Å
データ登録者Durie, I.A. / Dzimianski, J.V. / Daczkowski, C.M. / Pegan, S.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
United States Department of Agriculture (USDA)58-5030-5034 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI151006 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI109008 米国
引用ジャーナル: Acta Cryst. D / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the interaction of papain-like protease 2 from the alphacoronavirus porcine epidemic diarrhea virus and ubiquitin
著者: Durie, I.A. / Dzimianski, J.V. / Daczkowski, C.M. / McGuire, J. / Faaberg, K. / Pegan, S.D.
履歴
登録2021年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
B: Ubiquitin
C: 3C-like proteinase
D: Ubiquitin
E: 3C-like proteinase
F: Ubiquitin
G: 3C-like proteinase
H: Ubiquitin
I: 3C-like proteinase
J: Ubiquitin
K: 3C-like proteinase
L: Ubiquitin
M: 3C-like proteinase
N: Ubiquitin
O: 3C-like proteinase
P: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,02938
ポリマ－274,65716
非ポリマー1,37222
水1629
1
A: 3C-like proteinase
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5856
ポリマ－34,3322
非ポリマー2534
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 3C-like proteinase
D: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4554
ポリマ－34,3322
非ポリマー1232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 3C-like proteinase
F: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5856
ポリマ－34,3322
非ポリマー2534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: 3C-like proteinase
H: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5205
ポリマ－34,3322
非ポリマー1883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: 3C-like proteinase
J: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4554
ポリマ－34,3322
非ポリマー1232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: 3C-like proteinase
L: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4554
ポリマ－34,3322
非ポリマー1232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: 3C-like proteinase
N: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5205
ポリマ－34,3322
非ポリマー1883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: 3C-like proteinase
P: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4554
ポリマ－34,3322
非ポリマー1232
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.138, 136.873, 193.348
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
3C-like proteinase / Exoribonuclease / Growth factor-like peptide / Helicase / M-PRO / NendoU / Non-structural protein 1 ...Exoribonuclease / Growth factor-like peptide / Helicase / M-PRO / NendoU / Non-structural protein 1 / Non-structural protein 10 / Non-structural protein 2 / Non-structural protein 3 / Non-structural protein 4 / Non-structural protein 6 / Non-structural protein 7 / Non-structural protein 8 / Non-structural protein 9 / ORF1ab polyprotein / PL1-PRO/PL2-PRO / PLP1/PLP2 / Papain-like proteinases 1/2 / Peptide HD2 / Putative 2'-O-methyl transferase / RNA-directed RNA polymerase / Replicase polyprotein 1ab / Uridylate-specific endoribonuclease / nsp12 / nsp15 / nsp16 / nsp5 / p12 / p195 / p23 / p34 / p5 / p87 / p9


分子量: 25812.311 Da / 分子数: 8 / 断片: Peptidase C16 domain, residues 1690-1922 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
遺伝子: ORF1ab
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0S3MQV7, ubiquitinyl hydrolase 1, DNA helicase, RNA helicase
#2: タンパク質
Ubiquitin


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン


分子量: 57.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.099→49.069 Å / Num. obs: 46738 / % possible obs: 97.21 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.972 / CC star: 0.993 / Net I/σ(I): 4.66
反射 シェル解像度: 3.099→3.21 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4185 / CC1/2: 0.614 / CC star: 0.872 / Rrim(I) all: 0.936 / Χ2: 0.345 / % possible all: 88.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NOZ

6noz


解像度: 3.099→49.069 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 2350 5.03 %
Rwork0.2003 44383 -
obs0.2032 46733 97.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.34 Å2 / Biso mean: 53.9069 Å2 / Biso min: 13.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.099→49.069 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19098 0 46 9 19153
Biso mean--63.94 34.19 -
残基数----2465
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.099-3.1620.36741310.283231688
3.162-3.23070.28741230.2665237390
3.2307-3.30590.34031200.2589242192
3.3059-3.38850.33311260.2449252894
3.3885-3.48010.32691410.243249696
3.4801-3.58250.30251130.2296263597
3.5825-3.69810.29621320.2319260098
3.6981-3.83020.29561480.2328264399
3.8302-3.98350.29141370.21932651100
3.9835-4.16470.2911580.19922640100
4.1647-4.38420.22531570.17372658100
4.3842-4.65860.23311460.16772694100
4.6586-5.0180.22751270.15632696100
5.018-5.52240.19451250.15972724100
5.5224-6.320.22911570.19192699100
6.32-7.95710.25991370.19612770100
7.9571-49.0690.19091720.1693283999

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る