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- PDB-7mc9: X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mc9
タイトルX-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA
要素
  • 3C-like proteinase
  • Ubiquitin
キーワードHYDROLASE / coronavirus / PLP / PLP2 / papain-like protease / PEDV / UB-PA / complex / cysteine-protease
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exonuclease activity / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator ...RNA exonuclease activity / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / DNA helicase activity / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / viral genome replication / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / neuron projection morphogenesis / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / regulation of mitochondrial membrane potential / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / positive regulation of protein ubiquitination / methyltransferase activity / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Fanconi Anemia Pathway / Negative regulation of FGFR3 signaling / Hh mutants are degraded by ERAD
類似検索 - 分子機能
Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / Pectin lyase fold/virulence factor / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family ...Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / Pectin lyase fold/virulence factor / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / Ubiquitin homologues / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Ubiquitin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-amine / 3C-like proteinase / Polyubiquitin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.099 Å
データ登録者Durie, I.A. / Dzimianski, J.V. / Daczkowski, C.M. / Pegan, S.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
United States Department of Agriculture (USDA)58-5030-5034 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI151006 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI109008 米国
引用ジャーナル: Acta Cryst. D / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the interaction of papain-like protease 2 from the alphacoronavirus porcine epidemic diarrhea virus and ubiquitin
著者: Durie, I.A. / Dzimianski, J.V. / Daczkowski, C.M. / McGuire, J. / Faaberg, K. / Pegan, S.D.
履歴
登録2021年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
B: Ubiquitin
C: 3C-like proteinase
D: Ubiquitin
E: 3C-like proteinase
F: Ubiquitin
G: 3C-like proteinase
H: Ubiquitin
I: 3C-like proteinase
J: Ubiquitin
K: 3C-like proteinase
L: Ubiquitin
M: 3C-like proteinase
N: Ubiquitin
O: 3C-like proteinase
P: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,02938
ポリマ－274,65716
非ポリマー1,37222
水1629
1
A: 3C-like proteinase
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5856
ポリマ－34,3322
非ポリマー2534
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 3C-like proteinase
D: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4554
ポリマ－34,3322
非ポリマー1232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 3C-like proteinase
F: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5856
ポリマ－34,3322
非ポリマー2534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: 3C-like proteinase
H: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5205
ポリマ－34,3322
非ポリマー1883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: 3C-like proteinase
J: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4554
ポリマ－34,3322
非ポリマー1232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: 3C-like proteinase
L: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4554
ポリマ－34,3322
非ポリマー1232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: 3C-like proteinase
N: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5205
ポリマ－34,3322
非ポリマー1883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: 3C-like proteinase
P: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4554
ポリマ－34,3322
非ポリマー1232
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.138, 136.873, 193.348
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
3C-like proteinase / Exoribonuclease / Growth factor-like peptide / Helicase / M-PRO / NendoU / Non-structural protein 1 ...Exoribonuclease / Growth factor-like peptide / Helicase / M-PRO / NendoU / Non-structural protein 1 / Non-structural protein 10 / Non-structural protein 2 / Non-structural protein 3 / Non-structural protein 4 / Non-structural protein 6 / Non-structural protein 7 / Non-structural protein 8 / Non-structural protein 9 / ORF1ab polyprotein / PL1-PRO/PL2-PRO / PLP1/PLP2 / Papain-like proteinases 1/2 / Peptide HD2 / Putative 2'-O-methyl transferase / RNA-directed RNA polymerase / Replicase polyprotein 1ab / Uridylate-specific endoribonuclease / nsp12 / nsp15 / nsp16 / nsp5 / p12 / p195 / p23 / p34 / p5 / p87 / p9


分子量: 25812.311 Da / 分子数: 8 / 断片: Peptidase C16 domain, residues 1690-1922 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
遺伝子: ORF1ab
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0S3MQV7, ubiquitinyl hydrolase 1, DNA helicase, RNA helicase
#2: タンパク質
Ubiquitin


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン


分子量: 57.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.099→49.069 Å / Num. obs: 46738 / % possible obs: 97.21 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.972 / CC star: 0.993 / Net I/σ(I): 4.66
反射 シェル解像度: 3.099→3.21 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4185 / CC1/2: 0.614 / CC star: 0.872 / Rrim(I) all: 0.936 / Χ2: 0.345 / % possible all: 88.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NOZ

6noz


解像度: 3.099→49.069 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 2350 5.03 %
Rwork0.2003 44383 -
obs0.2032 46733 97.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.34 Å2 / Biso mean: 53.9069 Å2 / Biso min: 13.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.099→49.069 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19098 0 46 9 19153
Biso mean--63.94 34.19 -
残基数----2465
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.099-3.1620.36741310.283231688
3.162-3.23070.28741230.2665237390
3.2307-3.30590.34031200.2589242192
3.3059-3.38850.33311260.2449252894
3.3885-3.48010.32691410.243249696
3.4801-3.58250.30251130.2296263597
3.5825-3.69810.29621320.2319260098
3.6981-3.83020.29561480.2328264399
3.8302-3.98350.29141370.21932651100
3.9835-4.16470.2911580.19922640100
4.1647-4.38420.22531570.17372658100
4.3842-4.65860.23311460.16772694100
4.6586-5.0180.22751270.15632696100
5.018-5.52240.19451250.15972724100
5.5224-6.320.22911570.19192699100
6.32-7.95710.25991370.19612770100
7.9571-49.0690.19091720.1693283999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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