PDB-7mc4: Crystal structure of a single-chain E/F type bilin lyase-isomeras...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mc4

タイトル

Crystal structure of a single-chain E/F type bilin lyase-isomerase MpeQ

要素

Bilin Lyase-Isomerase

キーワード

LYASE / bilin lyase-isomerase

機能・相同性

E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / phycobilisome / HEAT repeats / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / lyase activity / Putative phycobilin:C-phycoerythrin II lyase

機能・相同性情報

生物種

Synechococcus sp. P1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Yang, X. / Kumarapperuma, I.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and molecular mechanism of an E/F type bilin lyase-isomerase.
著者: Kumarapperuma, I. / Joseph, K.L. / Wang, C. / Biju, L.M. / Tom, I.P. / Weaver, K.D. / Grebert, T. / Partensky, F. / Schluchter, W.M. / Yang, X.

履歴

登録	2021年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mc4.cif.gz	316.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mc4.ent.gz	259.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mc4_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mc4_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	7mc4_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	7mc4_validation.cif.gz	44.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/7mc4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mchC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4g8e-d 6ovo-d 6dfq-2 6fr5-d 6eh5-d 3axl-2 3sjv-2 4nqc-3 3utp-1 3qjf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bilin Lyase-Isomerase

B: Bilin Lyase-Isomerase

93.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bilin Lyase-Isomerase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bilin Lyase-Isomerase

登録者が定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.389, 173.213, 83.818
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 126.020, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-483- HOH

#1: タンパク質	Bilin Lyase-Isomerase / Putative phycoerythrobilin:phycoerythrin II lyase 分子量: 46678.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus sp. P1 (バクテリア) 株: A15-62 / 遺伝子: mpeY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U3MW57
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Protein concentration: 5 mg/mL, 2.1 M DL-Malic acid / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→56 Å / Num. obs: 51398 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 28.63 Å² / CC_1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 3.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 2424 / CC_1/2: 0.597

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
xia2		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.999 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2853	1679	3.87 %
R_work	0.2324	41666	-
obs	0.2345	43345	95.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 173.23 Å² / B_iso mean: 44.1166 Å² / B_iso min: 5.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→19.999 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6289	0	0	210	6499
B_iso mean	-	-	-	38.44	-
残基数	-	-	-	-	808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6396
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	8673
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1011
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1131
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.515	4015

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.5-2.5734	0.359	128	0.2955	3221	89
2.5734-2.6563	0.3619	134	0.295	3289	91
2.6563-2.751	0.3559	135	0.2939	3331	92
2.751-2.8609	0.3691	134	0.2922	3384	93
2.8609-2.9907	0.3804	140	0.2867	3453	94
2.9907-3.1478	0.3457	143	0.262	3469	96
3.1478-3.3442	0.2732	144	0.2418	3516	97
3.3442-3.601	0.2841	140	0.2222	3532	98
3.601-3.9608	0.2586	141	0.1923	3579	99
3.9608-4.5282	0.2214	146	0.1819	3598	99
4.5282-5.6832	0.2422	148	0.2057	3631	99
5.6832-19.9	0.2447	146	0.2215	3663	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8072	-2.7524	-3.2484	1.5002	1.7934	2.062	-0.4452	-0.3653	0.1139	0.592	0.0121	0.2317	0.0133	0.05	0.3268	0.4852	0.0212	-0.0525	0.3875	-0.0808	0.5306	27.7313	74.896	37.1986
2	2.1638	0.2468	0.823	0.2454	0.137	1.0357	-0.1013	0.04	0.0111	0.0288	-0.0131	-0.0929	-0.1952	0.0834	0.0999	0.3101	-0.0471	0.0246	0.2161	0.0083	0.1813	24.6312	55.109	17.9293
3	3.0913	0.6798	0.4297	5.0341	0.0321	2.4727	0.1485	-0.0347	0.2921	-0.3623	-0.0005	-0.0705	-0.6393	-0.0874	-0.1318	0.4862	0.0349	0.0095	0.2082	-0.0805	0.2625	8.6822	79.8199	26.8585
4	9.0155	2.7121	3.4262	0.8057	0.9807	1.2914	-0.0622	0.9022	-0.2561	-0.2758	-0.0087	0.0026	0.512	0.4508	0.0878	0.5999	0.0523	0.188	0.4292	0.0036	0.3987	26.9529	101.3902	31.9762
5	1.4145	-0.2333	-0.7163	0.1583	0.1012	1.3137	0.0329	0.0968	0.1296	-0.2034	-0.0309	-0.1575	0.0647	0.1941	-0.0085	0.3152	0.0252	0.0576	0.275	-0.0159	0.1949	28.4891	121.7577	51.4024
6	2.3597	-0.4009	-0.0506	3.8751	0.497	3.2961	0.2264	0.017	-0.2814	0.1862	-0.0669	-0.1551	0.6643	-0.0265	-0.1407	0.3523	-0.0019	-0.0097	0.1532	-0.0537	0.2349	11.1304	96.8935	46.0737

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi :14	A	-5 - 397
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 15:254	A	-5 - 397
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resi 285:	A	-5 - 397
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resi :14	B	-6 - 398
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resi 15:254	B	-6 - 398
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resi 285:	B	-6 - 398

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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