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万見
- PDB-7mc3: Solution structure of Miz-1 zinc finger 12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mc3
タイトルSolution structure of Miz-1 zinc finger 12
要素Isoform 2 of Zinc finger and BTB domain-containing protein 17
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Zinc finger / C2H2 / DNA binding / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm development / XBP1(S) activates chaperone genes / regulation of immune system process / gastrulation with mouth forming second / G1 to G0 transition / negative regulation of cell cycle / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of cytokine production / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific ...ectoderm development / XBP1(S) activates chaperone genes / regulation of immune system process / gastrulation with mouth forming second / G1 to G0 transition / negative regulation of cell cycle / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of cytokine production / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily ...C2H2-type zinc finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Boisvert, O. / Lavigne, P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)227919 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Zinc Fingers 10 and 11 of Miz-1 undergo conformational exchange to achieve specific DNA binding.
著者: Boisvert, O. / Letourneau, D. / Delattre, P. / Tremblay, C. / Jolibois, E. / Montagne, M. / Lavigne, P.
履歴
登録2021年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Zinc finger and BTB domain-containing protein 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8512
ポリマ－9,7851
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Zinc finger and BTB domain-containing protein 17 / Myc-interacting zinc finger protein 1 / Miz-1 / Zinc finger protein 151 / Zinc finger protein 60


分子量: 9785.366 Da / 分子数: 1 / 変異: H586Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB17, MIZ1, ZNF151, ZNF60 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3*) / 参照: UniProt: Q13105
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D C(CO)NH
171isotropic13D 1H-13C NOESY
181isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Miz-1 Zinc finger 10_12, 4 mM ZINC ION, 50 mM Bis-tris, 50 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O
Label: Miz-1 ZF 12 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMiz-1 Zinc finger 10_12[U-99% 13C; U-99% 15N]1
4 mMZINC IONnatural abundance1
50 mMBis-trisnatural abundance1
50 mMpotassium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 0.1 / Label: Conditions_1 / pH: 6.5 / PH err: 0.01 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4CCPNchemical shift assignment
DANGLE1.1Nicole Cheung, Tim Stevens, Bill Broadhurst (University of Cambridge)データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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