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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mbz | ||||||
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タイトル | Outward facing conformation of the MetNI methionine ABC transporter in complex with lipo-MetQ | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-methionine transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å | ||||||
![]() | Sharaf, N.G. / Rees, D.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characterization of the ABC methionine transporter from reveals that lipidated MetQ is required for interaction. 著者: Naima G Sharaf / Mona Shahgholi / Esther Kim / Jeffrey Y Lai / David G VanderVelde / Allen T Lee / Douglas C Rees / ![]() 要旨: NmMetQ is a substrate-binding protein (SBP) from that has been identified as a surface-exposed candidate antigen for meningococcal vaccines. However, this location for NmMetQ challenges the ...NmMetQ is a substrate-binding protein (SBP) from that has been identified as a surface-exposed candidate antigen for meningococcal vaccines. However, this location for NmMetQ challenges the prevailing view that SBPs in Gram-negative bacteria are localized to the periplasmic space to promote interaction with their cognate ABC transporter embedded in the bacterial inner membrane. To elucidate the roles of NmMetQ, we characterized NmMetQ with and without its cognate ABC transporter (NmMetNI). Here, we show that NmMetQ is a lipoprotein (lipo-NmMetQ) that binds multiple methionine analogs and stimulates the ATPase activity of NmMetNI. Using single-particle electron cryo-microscopy, we determined the structures of NmMetNI in the presence and absence of lipo-NmMetQ. Based on our data, we propose that NmMetQ tethers to membranes via a lipid anchor and has dual function and localization, playing a role in NmMetNI-mediated transport at the inner membrane and moonlighting on the bacterial surface. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 232.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 187.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24363.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC58 / 遺伝子: NMB1947 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 33010.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC58 / 遺伝子: NMB1946 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 29866.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC58 / 遺伝子: NMB1948 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ABC transporter, permease protein, Lipoprotein, ABC transporter, ATP-binding protein タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() 株: strain MC58 |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.4 Å / 粒子像の数: 58434 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient |