PDB-7mbw: Crystal structure of TnsC(1-503)A225V

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mbw

タイトル

Crystal structure of TnsC(1-503)A225V

要素

Transposon Tn7 transposition protein TnsC

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / AAA+ ATPase / Transposition / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

transposition / DNA recombination / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Shen, Y. / Guarne, A.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis for DNA targeting by the Tn7 transposon.
著者: Yao Shen / Josue Gomez-Blanco / Michael T Petassi / Joseph E Peters / Joaquin Ortega / Alba Guarné /

要旨: Tn7 transposable elements are unique for their highly specific, and sometimes programmable, target-site selection mechanisms and precise insertions. All the elements in the Tn7 family utilize an AAA+ ...

履歴

登録	2021年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mbw.cif.gz	766.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mbw.ent.gz	659.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mbw_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mbw_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7mbw_validation.xml.gz	63.4 KB	表示
CIF形式データ	7mbw_validation.cif.gz	85.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/7mbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/7mbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	23757C 7mcsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7rhz-d 6qs9-d 3v03-d 5ggx-d 4or0-d 6ibb-d 7c8j-d 448 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transposon Tn7 transposition protein TnsC

B: Transposon Tn7 transposition protein TnsC

C: Transposon Tn7 transposition protein TnsC

D: Transposon Tn7 transposition protein TnsC

ヘテロ分子

241 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transposon Tn7 transposition protein TnsC

B: Transposon Tn7 transposition protein TnsC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transposon Tn7 transposition protein TnsC

D: Transposon Tn7 transposition protein TnsC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.780, 95.770, 313.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transposon Tn7 transposition protein TnsC / Protein E 分子量: 59909.723 Da / 分子数: 4 / 変異: S2G, A225V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tnsC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05846
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 23-28% PEG 5000 MME, 0.2M Ammonium sulfate, 3% glycerol, 0.1M MES PH範囲: 6.1-6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→95.77 Å / Num. obs: 42690 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / B_iso Wilson estimate: 65.17 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 3.2→3.32 Å / 冗長度: 14.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4414 / CC_1/2: 0.39 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.2→39.5 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2585	2224	5.22 %
R_work	0.2164	-	-
obs	0.2186	42582	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→39.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15031	0	112	15	15158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	15408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.667	20860
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.171	2095
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2669

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.27	0.3024	126	0.2822	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.35	0.3648	116	0.2815	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.43	0.3471	132	0.2805	2483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.52	0.3331	139	0.2658	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.63	0.3056	144	0.2346	2457	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.74	0.2977	143	0.2656	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-3.88	0.2632	122	0.2243	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.03	0.2858	153	0.2306	2468	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.21	0.2357	139	0.2025	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.44	0.2505	158	0.1789	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-4.71	0.2256	140	0.1694	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-5.08	0.2306	131	0.1811	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
5.08-5.59	0.2459	142	0.1953	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-6.39	0.2669	152	0.2311	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
6.39-8.04	0.2328	128	0.2153	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
8.04-39.5	0.2064	159	0.1906	2703	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.1965	0.0876	-0.1226	0.5946	0.3837	1.9298	-0.0937	0.0178	0.3813	-0.0944	-0.0638	-0.1589	-0.214	0.2423	0.1392	0.3525	0.0038	-0.0232	0.3576	-0.0075	0.5652	17.28	11.251	45.325
2	4.7564	-0.2841	1.7534	1.1806	-0.2821	1.4103	-0.1291	0.0731	0.2773	-0.1824	-0.0894	-0.5253	0.0374	0.4349	0.1795	0.3346	0.0454	0.1026	0.5498	0.1037	0.4266	21.902	-2.674	38.788
3	5.102	-2.2379	0.7282	5.3987	-2.5689	5.8799	-0.0872	0.0698	-0.438	-0.6912	0.1293	0.0401	0.4751	0.1891	-0.0622	0.3161	-0.0878	0.0407	0.2614	0.019	0.2044	-2.321	-14.602	31.746
4	4.1664	-3.7149	1.5135	5.0186	-0.691	2.2376	-0.2438	0.438	0.1899	-0.8685	-0.0379	0.3826	-0.2688	-0.3267	0.2081	0.7443	-0.0914	-0.2059	0.6699	0.1958	0.5813	-17.153	3.933	13.485
5	0.5582	-1.0336	-2.6951	1.1203	2.3929	4.3665	-0.0254	0.1019	-0.1457	0.1168	-0.4772	0.9205	-0.656	-0.5154	0.4831	0.8371	0.2268	0.1303	0.8467	-0.1684	0.8758	5.799	-4.006	-34.49
6	1.7746	-0.8697	-0.0707	4.4022	1.7786	1.8719	-0.1397	-0.2324	0.5321	0.6555	0.1053	-0.0513	-0.6116	-0.3084	0.0055	0.8883	0.125	0.0271	0.527	0.0139	0.4559	20.754	0.419	-36.877
7	4.9161	1.5967	3.1631	3.6826	1.2174	7.8768	-0.0107	-0.2774	-0.1246	0.5949	-0.019	-0.1841	-0.4026	0.2276	0.0373	0.3371	0.0862	-0.016	0.2582	0.08	0.2528	32.348	-23.409	-45.288
8	7.3802	6.2505	2.3062	7.3634	2.8007	2.4047	-0.2645	0.6392	-0.3864	-0.4821	0.3282	0.1061	0.021	-0.1459	-0.0531	0.2774	0.0164	-0.1069	0.3245	0.0417	0.3701	17.008	-35.135	-67.641
9	2.8617	0.1126	1.53	0.9328	0.7239	2.2663	-0.4475	-0.4245	0.4553	0.0856	0.0737	-0.5583	-0.1445	0.0684	0.351	0.312	-0.0513	-0.0062	0.3859	-0.0654	0.5606	27.509	12.151	83.588
10	3.3387	-1.4912	1.4045	2.378	-1.3019	1.3265	-0.1604	-0.1278	-0.3915	0.0748	0.1136	0.0961	0.0913	-0.0427	0.0376	0.3161	-0.0429	0.0986	0.2886	-0.0722	0.2435	18.756	-0.41	81.611
11	3.8376	1.032	-1.4225	3.6471	-0.8614	7.5022	-0.0855	0.1203	-0.1562	-0.0643	0.0824	0.67	-0.0131	-0.5821	-0.0343	0.1766	0.0388	-0.0081	0.2513	-0.0423	0.4109	-5.484	9.671	71.304
12	3.7667	-0.2733	4.9459	2.0918	-0.3247	7.1149	-0.0663	0.0517	0.1075	-0.2718	0.0159	0.6629	-0.1338	-0.4995	0.1072	0.3436	0.0854	0.0429	0.605	-0.0388	0.6121	-17.314	9.813	38.3
13	0.2938	-0.5507	0.5204	0.8909	0.5719	1.2853	0.0242	0.3965	0.0786	-0.5121	-0.3805	-0.376	-0.0865	-0.0597	0.4174	0.9891	-0.0774	0.3284	0.8149	0.0101	0.6857	4.95	5.894	5.324
14	1.9317	-0.766	-1.053	2.4183	1.0936	2.5551	0.1049	-0.2638	0.0444	1.0697	0.3077	-0.662	0.4212	0.4572	-0.3483	1.3551	-0.0797	0.0216	0.9389	-0.032	0.6211	17.702	-0.384	1.115
15	4.5305	0.6708	1.9622	0.8463	-0.916	3.4842	0.486	0.1799	-0.7215	-0.0513	-0.1145	-0.3602	1.6124	0.6585	-0.2701	2.1198	0.263	0.4224	0.798	-0.0561	1.0101	9.016	-25.597	-7.816
16	1.5367	-0.5218	-0.2673	5.7985	4.3689	6.4246	-0.3208	-0.4826	-0.091	0.2023	0.4047	0.524	0.1463	0.2665	-0.1437	0.3638	0.0101	0.0773	0.502	0.1575	0.5343	8.902	-36.8	-43.419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND RESID 3:122 )	B	3 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 123:324 )	B	123 - 324
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 325:403 )	B	325 - 403
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 404:485 )	B	404 - 485
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN D AND RESID 3:122 )	D	3 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND RESID 129:324 )	D	129 - 324
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 325:403 )	D	325 - 403
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 404:486 )	D	404 - 486
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 3:122 )	A	3 - 122
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 123:324 )	A	123 - 324
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 325:403 )	A	325 - 403
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 404:487 )	A	404 - 487
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 5:122 )	C	5 - 122
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 123:324 )	C	123 - 324
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 325:403 )	C	325 - 403
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND ( RESID 404:483 OR RESID 484:484 ) )	C	404 - 483
17	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND ( RESID 404:483 OR RESID 484:484 ) )	C	484

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)