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- PDB-7mbh: Structure of Human Enolase 2 in complex with phosphoserine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mbh
タイトルStructure of Human Enolase 2 in complex with phosphoserine
要素Gamma-enolase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / photoreceptor inner segment / gluconeogenesis / glycolytic process / perikaryon ...phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / photoreceptor inner segment / gluconeogenesis / glycolytic process / perikaryon / magnesium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / PHOSPHOSERINE / Gamma-enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Leonard, P.G. / Hicks, K.G. / Rutter, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131854 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Protein-metabolite interactomics of carbohydrate metabolism reveal regulation of lactate dehydrogenase.
著者: Hicks, K.G. / Cluntun, A.A. / Schubert, H.L. / Hackett, S.R. / Berg, J.A. / Leonard, P.G. / Ajalla Aleixo, M.A. / Zhou, Y. / Bott, A.J. / Salvatore, S.R. / Chang, F. / Blevins, A. / Barta, P. ...著者: Hicks, K.G. / Cluntun, A.A. / Schubert, H.L. / Hackett, S.R. / Berg, J.A. / Leonard, P.G. / Ajalla Aleixo, M.A. / Zhou, Y. / Bott, A.J. / Salvatore, S.R. / Chang, F. / Blevins, A. / Barta, P. / Tilley, S. / Leifer, A. / Guzman, A. / Arok, A. / Fogarty, S. / Winter, J.M. / Ahn, H.C. / Allen, K.N. / Block, S. / Cardoso, I.A. / Ding, J. / Dreveny, I. / Gasper, W.C. / Ho, Q. / Matsuura, A. / Palladino, M.J. / Prajapati, S. / Sun, P. / Tittmann, K. / Tolan, D.R. / Unterlass, J. / VanDemark, A.P. / Vander Heiden, M.G. / Webb, B.A. / Yun, C.H. / Zhao, P. / Wang, B. / Schopfer, F.J. / Hill, C.P. / Nonato, M.C. / Muller, F.L. / Cox, J.E. / Rutter, J.
履歴
登録2021年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-enolase
B: Gamma-enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,02311
ポリマ－96,2992
非ポリマー7249
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area30150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.050, 108.380, 117.929
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Gamma-enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / Enolase 2 / Neural enolase / Neuron-specific enolase / NSE


分子量: 48149.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENO2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09104, phosphopyruvate hydratase

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非ポリマー , 7種, 307分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-SEP / PHOSPHOSERINE / PHOSPHONOSERINE / L-ホスホセリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 185.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Bis Tris, 200 mM ammonium acetate and 21% (w/v) PEG 3350 at pH 6.5
Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.39 Å / Num. obs: 50068 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.392 / Rpim(I) all: 0.117 / Rrim(I) all: 0.41 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 564387 / Scaling rejects: 891
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.169.94.4333787838400.3251.3754.6541.592.7
8.91-42.3911.30.09187207700.990.0280.09519.398.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.9 Å42.39 Å
Translation6.9 Å42.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1-4122-000精密化
MOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZCW

4zcw


解像度: 2.1→42.39 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2353 2483 4.98 %
Rwork0.1802 47399 -
obs0.1829 49882 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.84 Å2 / Biso mean: 30.3385 Å2 / Biso min: 10.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→42.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6666 0 44 298 7008
Biso mean--43.3 32.47 -
残基数----870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8769208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531029
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.397943
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.140.33021320.27192442257491
2.14-2.180.31231130.26852385249888
2.18-2.230.29481220.25152464258692
2.23-2.280.35011490.2392640278998
2.28-2.340.25871520.21772657280999
2.34-2.40.28841490.214826662815100
2.4-2.470.30381220.205626972819100
2.47-2.550.28821390.19742670280999
2.55-2.650.27211070.19322697280498
2.65-2.750.23971370.19152682281999
2.75-2.880.24611380.1952667280598
2.88-3.030.21881250.19682612273795
3.03-3.220.2431670.18622404257190
3.22-3.470.24471340.175127352869100
3.47-3.820.2141720.158727022874100
3.82-4.370.1991420.13792743288599
4.37-5.50.17871260.13912727285397
5.5-42.390.1871570.1562809296696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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