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- PDB-7mbf: codeinone reductase isoform 1.3 Apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mbf
タイトルcodeinone reductase isoform 1.3 Apo form
要素NADPH-dependent codeinone reductase 1-3
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldo-keto reductase / opium poppy / Benzylisoquinoline alkaloid / biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


codeinone reductase (NADPH) / codeinone reductase (NADPH) activity / morphine metabolic process / codeine metabolic process / aldose reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 4A/B / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADPH-dependent codeinone reductase 1-3
類似検索 - 構成要素
生物種Papaver somniferum (ケシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Carr, S.C. / Ng, K.K.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)05287 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural studies of codeinone reductase reveal novel insights into aldo-keto reductase function in benzylisoquinoline alkaloid biosynthesis.
著者: Carr, S.C. / Torres, M.A. / Morris, J.S. / Facchini, P.J. / Ng, K.K.S.
履歴
登録2021年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3
B: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3
C: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3
D: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3
E: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3
F: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,0516
ポリマ－218,0516
非ポリマー00
水2,954164
1
A: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3421
ポリマ－36,3421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3421
ポリマ－36,3421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3421
ポリマ－36,3421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3421
ポリマ－36,3421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3421
ポリマ－36,3421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: NADPH-dependent codeinone reductase 1-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3421
ポリマ－36,3421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.936, 90.937, 144.801
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.529, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
NADPH-dependent codeinone reductase 1-3


分子量: 36341.902 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Papaver somniferum (ケシ) / 遺伝子: COR1.3 / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9SQ68, codeinone reductase (NADPH)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % / 解説: prism
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 24% polyethylene glycol 3350, 0.35M sodium chloride, 8% glycerol, 2mM DTT, 0.1M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月4日
詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 68275 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 39.01 Å2 / CC1/2: 0.966 / CC star: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Rpim(I) all: 0.143 / Rrim(I) all: 0.258 / Rsym value: 0.214 / Net I/av σ(I): 3.88 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.958 / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 3743 / CC1/2: 0.523 / CC star: 0.827 / Rpim(I) all: 0.735 / Rrim(I) all: 1.215 / Rsym value: 0.958 / % possible all: 47.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-30002.3.12データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zgd

1zgd


解像度: 2.4→43.37 Å / SU ML: 0.4144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 32.3644
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2773 2004 2.98 %
Rwork0.2194 65181 -
obs0.2211 67185 84.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14360 0 0 164 14524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002214649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.489819809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03972244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042513
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.88725436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.3487760.3122222X-RAY DIFFRACTION40.34
2.46-2.530.3652940.31492784X-RAY DIFFRACTION51.11
2.53-2.610.3406970.31623183X-RAY DIFFRACTION58.09
2.61-2.690.37841230.31914004X-RAY DIFFRACTION73.01
2.69-2.790.3491430.31334707X-RAY DIFFRACTION85.69
2.79-2.90.35991650.3065214X-RAY DIFFRACTION94.83
2.9-3.030.37251560.28995329X-RAY DIFFRACTION95.89
3.03-3.190.33191620.25135182X-RAY DIFFRACTION94.48
3.19-3.390.29811700.23185379X-RAY DIFFRACTION98.14
3.39-3.650.26711610.21235484X-RAY DIFFRACTION98.5
3.65-4.020.22351610.18355401X-RAY DIFFRACTION97.73
4.02-4.60.23711750.16315369X-RAY DIFFRACTION96.91
4.6-5.790.24161600.18045471X-RAY DIFFRACTION98.34
5.79-43.370.23031610.18775452X-RAY DIFFRACTION95.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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