[日本語] English
万見
- PDB-7m8r: Complex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regula... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m8r
タイトルComplex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regulatory subunit with fluorosubstituted tryptophans
要素(Methane monooxygenase ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / methane metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase ...Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / : / 1,1,1-tris(fluoranyl)propan-2-one / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase regulatory protein B / Methane monooxygenase component A alpha chain / Methane monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Johns, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Semonis, M.M. / Aihara, H. / Pomerantz, W.C.K. / Lipscomb, J.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118030 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM08347 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Soluble Methane Monooxygenase Component Interactions Monitored by 19 F NMR.
著者: Jones, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Semonis, M.M. / Aihara, H. / Pomerantz, W.C.K. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methane monooxygenase component A alpha chain
B: Methane monooxygenase beta chain
C: Methane monooxygenase gamma chain
D: Methane monooxygenase regulatory protein B
E: Methane monooxygenase component A alpha chain
F: Methane monooxygenase beta chain
G: Methane monooxygenase gamma chain
H: Methane monooxygenase regulatory protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,92955
ポリマ－275,8438
非ポリマー3,08647
水31,7781764
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.388, 105.466, 298.184
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
12NULL
22NULL
13NULL
23NULL
14NULL
24NULL

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth seq-ID
112NULL0
212NULL0
113NULL0
213NULL0
114NULL0
214NULL0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.0462770044084, 0.998795090138, 0.0163342211121), (0.998788104608, 0.0459900249739, 0.0175282542571), (0.0167559230538, 0.0171255808443, -0.999712935559)-25.4083296198, 23.0674355113, 74.074235983
2given(-0.0459526023685, 0.998795324, 0.0172121785647), (0.99882317927, 0.0456726845976, 0.0163175499067), (0.0155117661432, 0.0179417567986, -0.999718699672)-25.4252386183, 23.0907489678, 74.0922512093
3given(-0.0435318107558, 0.998908793309, 0.0169175678539), (0.99889276115, 0.0432162626206, 0.0185904913039), (0.0178390911801, 0.0177081138148, -0.999684044852)-25.4487413944, 23.1336362245, 74.0527341114
4given(-0.0433439465759, 0.998907463909, 0.0174694259257), (0.998937167686, 0.0430575602508, 0.0164493623219), (0.0156791999405, 0.018163839137, -0.999712077369)-25.5982310174, 23.1841765021, 74.0650817155

-
要素

-
Methane monooxygenase ... , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Methane monooxygenase component A alpha chain


分子量: 58971.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: CQW49_12480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D5X0
#2: タンパク質 Methane monooxygenase beta chain


分子量: 44948.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: CQW49_12475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D5X7
#3: タンパク質 Methane monooxygenase gamma chain


分子量: 19313.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: CQW49_12465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D0T0
#4: タンパク質 Methane monooxygenase regulatory protein B


分子量: 14688.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: CQW49_12470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D0T8

-
非ポリマー , 6種, 1811分子

#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#8: 化合物 ChemComp-W6X / 1,1,1-tris(fluoranyl)propan-2-one / 1,1,1-トリフルオロアセトン


分子量: 112.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H3F3O
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: TACSIMATE AND PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→149.09 Å / Num. obs: 158676 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 37.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.22→2.25 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 4778 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6VK5

6vk5


解像度: 2.22→86.1 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 7787 4.91 %
Rwork0.157 150743 -
obs0.159 158530 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.59 Å2 / Biso mean: 39.37 Å2 / Biso min: 17.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→86.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19461 0 189 1768 21418
Biso mean--59.78 46.2 -
残基数----2416
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
210X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
220X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
310X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
320X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
410X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
420X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.22-2.240.29682350.25844543477890
2.24-2.270.2982760.250849765252100
2.27-2.30.26532690.23465007527699
2.3-2.320.28182530.229750325285100
2.32-2.360.27162440.225949925236100
2.36-2.390.28392870.22125002528999
2.39-2.420.2892320.218550155247100
2.42-2.460.25482760.20535000527699
2.46-2.50.27012470.20455069531699
2.5-2.540.24142270.194650545281100
2.54-2.580.24452580.18450025260100
2.58-2.630.2482530.18650455298100
2.63-2.680.24592430.179850485291100
2.68-2.730.23162830.170950005283100
2.73-2.790.2282540.170450815335100
2.79-2.860.24822550.172750415296100
2.86-2.930.262450.18445072531799
2.93-3.010.22732700.17515009527999
3.01-3.10.21542460.16785031527799
3.1-3.20.21372860.16134918520496
3.2-3.310.18092790.15374930520999
3.31-3.440.19682980.149950375335100
3.44-3.60.17782840.1550635347100
3.6-3.790.19442420.135151285370100
3.79-4.030.15352560.118450785334100
4.03-4.340.14912610.11515115537699
4.34-4.780.14152640.11355106537099
4.78-5.470.15572660.12525099536598
5.47-6.890.19272630.14595039530296
6.89-86.10.20232350.15465211544695

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る