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- PDB-7m8q: Complex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regula... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m8q

タイトル

Complex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regulatory subunit with fluorosubstituted tryptophans

要素

(Methane monooxygenase ...) x 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / RESOLVASE

機能・相同性

機能・相同性情報

methane metabolic process / methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Johns, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Semonis, M.M. / Aihara, H. / Pomerantz, W.C.K. / Lipscomb, J.D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118030	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118047	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM08347	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Soluble Methane Monooxygenase Component Interactions Monitored by 19 F NMR.
著者: Jones, J.C. / Banerjee, R. / Shi, K. / Semonis, M.M. / Aihara, H. / Pomerantz, W.C.K. / Lipscomb, J.D.

履歴

登録	2021年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m8q.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m8q.ent.gz	826.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m8q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7m8q_validation.pdf.gz	510.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m8q_full_validation.pdf.gz	524.4 KB	表示
XML形式データ	7m8q_validation.xml.gz	106 KB	表示
CIF形式データ	7m8q_validation.cif.gz	156.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/7m8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/7m8q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7m8rC 6vk5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ydi-1 4gam-1 4gam-2 6vk8-d 6vk4-d 6yd0-1 7m8r-d 3dhi-3 6yy3-1 6ydu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Methane monooxygenase component A alpha chain

B: Methane monooxygenase beta chain

C: Methane monooxygenase gamma chain

D: Methane monooxygenase regulatory protein B

E: Methane monooxygenase component A alpha chain

F: Methane monooxygenase beta chain

G: Methane monooxygenase gamma chain

H: Methane monooxygenase regulatory protein B

ヘテロ分子

277 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.493, 105.623, 299.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 12 through 93 or resid 95...
d_2	ens_1	(chain "E" and (resid 12 through 93 or resid 95...
d_1	ens_2	chain "B"
d_2	ens_2	chain "F"
d_1	ens_3	(chain "C" and (resid 2 through 109 or resid 111 through 169))
d_2	ens_3	(chain "G" and (resid 2 through 109 or resid 111 through 169))
d_1	ens_4	(chain "D" and resid 3 through 133)
d_2	ens_4	(chain "H" and resid 3 through 133)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASP	ASN	A	1 - 82
d_1	2	ens_1	VAL	LEU	A	85 - 234
d_1	3	ens_1	HIS	VAL	A	237 - 246
d_1	4	ens_1	ILE	PHE	A	248 - 517
d_1	5	ens_1	FE	FE	B
d_1	6	ens_1	FE	FE	C
d_1	7	ens_1	BEZ	BEZ	D
d_2	1	ens_1	ASP	ASN	H	1 - 82
d_2	2	ens_1	VAL	LEU	H	84 - 233
d_2	3	ens_1	HIS	VAL	H	235 - 244
d_2	4	ens_1	ILE	PHE	H	247 - 516
d_2	5	ens_1	FE	FE	I
d_2	6	ens_1	FE	FE	J
d_2	7	ens_1	BEZ	BEZ	K
d_1	1	ens_2	PRO	ASN	E	1 - 392
d_2	1	ens_2	PRO	ASN	L	1 - 392
d_1	1	ens_3	ALA	GLU	F	1 - 108
d_1	2	ens_3	ILE	ALA	F	110 - 168
d_2	1	ens_3	ALA	GLU	M	1 - 108
d_2	2	ens_3	ILE	ALA	M	110 - 168
d_1	1	ens_4	SER	ARG	G	1 - 131
d_2	1	ens_4	SER	ARG	N	2 - 132

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.0462770044084, 0.998795090138, 0.0163342211121), (0.998788104608, 0.0459900249739, 0.0175282542571), (0.0167559230538, 0.0171255808443, -0.999712935559)	-25.4083296198, 23.0674355113, 74.074235983
2	given	(-0.0459526023685, 0.998795324, 0.0172121785647), (0.99882317927, 0.0456726845976, 0.0163175499067), (0.0155117661432, 0.0179417567986, -0.999718699672)	-25.4252386183, 23.0907489678, 74.0922512093
3	given	(-0.0435318107558, 0.998908793309, 0.0169175678539), (0.99889276115, 0.0432162626206, 0.0185904913039), (0.0178390911801, 0.0177081138148, -0.999684044852)	-25.4487413944, 23.1336362245, 74.0527341114
4	given	(-0.0433439465759, 0.998907463909, 0.0174694259257), (0.998937167686, 0.0430575602508, 0.0164493623219), (0.0156791999405, 0.018163839137, -0.999712077369)	-25.5982310174, 23.1841765021, 74.0650817155

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要素

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Methane monooxygenase ... , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質	Methane monooxygenase component A alpha chain 分子量: 58971.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア) 遺伝子: CQW49_12480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D5X0
#2: タンパク質	Methane monooxygenase beta chain 分子量: 44948.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア) 遺伝子: CQW49_12475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D5X7
#3: タンパク質	Methane monooxygenase gamma chain 分子量: 19313.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア) 遺伝子: CQW49_12465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D0T0
#4: タンパク質	Methane monooxygenase regulatory protein B 分子量: 14801.671 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア) 遺伝子: CQW49_12470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D0T8

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非ポリマー , 5種, 2299分子

#5: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: TACSIMATE AND PEG3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→105.62 Å / Num. obs: 193713 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 29.47 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / R_merge(I) obs: 1.289 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 9550 / CC_1/2: 0.558

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18rc6_3830	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 6VK5

6vk5

解像度: 2.08→86.33 Å / SU ML: 0.2551 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.9991

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	9526	4.92 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.1835	193571	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→86.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19451	0	67	2281	21799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	20064
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5456	27219
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1692	2851
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	3513
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.89	7201

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.348291726096
ens_2	d_2	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.357280781637
ens_3	d_2	F	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.32204585141
ens_4	d_2	G	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.579663576756

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.1	0.3248	280	0.3252	6114	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.1-2.13	0.3053	297	0.2923	6083	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.13-2.15	0.3158	329	0.2906	6122	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.15-2.18	0.2815	309	0.2777	6074	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.18-2.21	0.2948	276	0.2656	6129	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.21-2.24	0.2947	334	0.2586	6082	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.24-2.27	0.2913	340	0.2579	6085	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.27-2.31	0.2851	292	0.2347	5997	X-RAY DIFFRACTION	97.56
2.31-2.34	0.2658	310	0.2235	6109	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.34-2.38	0.26	331	0.2195	6121	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.38-2.42	0.2351	347	0.2162	6096	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.42-2.47	0.2394	296	0.1924	6144	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.47-2.51	0.2435	330	0.1989	6135	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.51-2.56	0.2328	327	0.1879	6129	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.56-2.62	0.2232	319	0.1829	6120	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.62-2.68	0.2077	317	0.1786	6160	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.68-2.75	0.2147	308	0.1795	6111	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.75-2.82	0.2145	316	0.1802	6154	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.82-2.91	0.2313	342	0.1789	6136	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.91-3	0.2253	315	0.1842	6013	X-RAY DIFFRACTION	97.1
3-3.11	0.2202	355	0.1821	6121	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.11-3.23	0.2219	335	0.1744	6097	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.23-3.38	0.1901	296	0.1792	6173	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.38-3.56	0.1973	294	0.1744	6219	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.56-3.78	0.1956	327	0.1709	6179	X-RAY DIFFRACTION	98.95
3.78-4.07	0.1948	309	0.1625	6182	X-RAY DIFFRACTION	99.05
4.07-4.48	0.172	326	0.1464	5973	X-RAY DIFFRACTION	95.88
4.48-5.13	0.1665	293	0.1339	6276	X-RAY DIFFRACTION	98.77
5.13-6.46	0.1876	325	0.1468	6308	X-RAY DIFFRACTION	99.46
6.46-86.33	0.1529	351	0.1501	6403	X-RAY DIFFRACTION	96.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.21817735549	-0.570983682505	-3.41999356828	0.592041046197	0.826632540399	5.42787467929	-0.0880347164415	-0.153824054497	-0.377065824541	0.06195274723	-0.0232693086139	0.0161405370619	0.309043236757	0.0299430051459	0.161316348848	0.344536652529	0.00934428387912	-0.0692527602072	0.187633472806	0.0606850472356	0.289864739737	-0.617123031816	-5.81910080148	37.3140639086
2	0.80614754285	-0.187322014373	-0.632439181043	0.0870174610358	0.231293764872	1.41505435976	-0.0719894671682	0.00751934494698	-0.149919726375	0.139756942052	0.0107689002512	0.0541880767249	0.21502783698	0.0265021797906	0.0712097118671	0.202053034507	0.012827904649	-0.015069751571	0.214841840749	-0.00919060316038	0.200653319278	10.8448377643	15.990902871	31.3589799262
3	0.385998120665	0.231118184631	-0.0159376849034	0.364310083834	0.0608626497766	0.715873277832	0.0148495064205	0.0163023097375	-0.0997735528911	-0.021367495406	0.000976185119576	-0.0749171485851	0.0817653108682	0.0798415233201	-0.0151661888608	0.219005174787	0.0267641528456	0.00124479465019	0.225432206046	-0.00833500602576	0.191656534122	20.0319062137	16.2766595087	22.6905090389
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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4	4	chain 'A' and (resid 293 through 526 )	A	A	293 - 526	284 - 517
5	5	chain 'B' and (resid 4 through 36 )	B	E	4 - 36	1 - 33
6	6	chain 'B' and (resid 37 through 344 )	B	E	37 - 344	34 - 341
7	7	chain 'B' and (resid 345 through 371 )	B	E	345 - 371	342 - 368
8	8	chain 'B' and (resid 372 through 395 )	B	E	372 - 395	369 - 392
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10	10	chain 'C' and (resid 11 through 25 )	C	F	11 - 25	10 - 24
11	11	chain 'C' and (resid 26 through 53 )	C	F	26 - 53	25 - 52
12	12	chain 'C' and (resid 54 through 72 )	C	F	54 - 72	53 - 71
13	13	chain 'C' and (resid 73 through 87 )	C	F	73 - 87	72 - 86
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17	17	chain 'C' and (resid 153 through 169 )	C	F	153 - 169	152 - 168
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19	19	chain 'D' and (resid 17 through 36 )	D	G	17 - 36	15 - 34
20	20	chain 'D' and (resid 37 through 45 )	D	G	37 - 45	35 - 43
21	21	chain 'D' and (resid 46 through 54 )	D	G	46 - 54	44 - 52
22	22	chain 'D' and (resid 55 through 63 )	D	G	55 - 63	53 - 61
23	23	chain 'D' and (resid 64 through 82 )	D	G	64 - 82	62 - 80
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31	31	chain 'E' and (resid 97 through 292 )	E	H	97 - 292	86 - 282
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34	34	chain 'F' and (resid 37 through 66 )	F	L	37 - 66	34 - 63
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43	43	chain 'G' and (resid 88 through 104 )	G	M	88 - 104	87 - 103
44	44	chain 'G' and (resid 105 through 125 )	G	M	105 - 125	104 - 124
45	45	chain 'G' and (resid 126 through 144 )	G	M	126 - 144	125 - 143
46	46	chain 'G' and (resid 145 through 152 )	G	M	145 - 152	144 - 151
47	47	chain 'G' and (resid 153 through 160 )	G	M	153 - 160	152 - 159
48	48	chain 'G' and (resid 161 through 169 )	G	M	161 - 169	160 - 168
49	49	chain 'H' and (resid 2 through 10 )	H	N	2 - 10	1 - 9
50	50	chain 'H' and (resid 11 through 36 )	H	N	11 - 36	10 - 35
51	51	chain 'H' and (resid 37 through 54 )	H	N	37 - 54	36 - 53
52	52	chain 'H' and (resid 55 through 63 )	H	N	55 - 63	54 - 62
53	53	chain 'H' and (resid 64 through 82 )	H	N	64 - 82	63 - 81
54	54	chain 'H' and (resid 83 through 95 )	H	N	83 - 95	82 - 94
55	55	chain 'H' and (resid 96 through 112 )	H	N	96 - 112	95 - 111
56	56	chain 'H' and (resid 113 through 118 )	H	N	113 - 118	112 - 117
57	57	chain 'H' and (resid 119 through 125 )	H	N	119 - 125	118 - 124
58	58	chain 'H' and (resid 126 through 133 )	H	N	126 - 133	125 - 132

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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