[日本語] English
万見
- PDB-7m8i: Human CYP11B2 and human adrenodoxin in complex with fadrozole -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m8i
タイトルHuman CYP11B2 and human adrenodoxin in complex with fadrozole
要素Adrenodoxin, Cytochrome P450 11B2, mitochondrial fusion enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldosterone synthase / CYP11B2 / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / Defective CYP11A1 causes AICSR / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process ...corticosterone 18-monooxygenase / regulation of blood volume by renal aldosterone / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency / Defective CYP11A1 causes AICSR / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / mineralocorticoid biosynthetic process / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / Mineralocorticoid biosynthesis / glucocorticoid biosynthetic process / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / Glucocorticoid biosynthesis / sodium ion homeostasis / Protein lipoylation / sterol metabolic process / cellular response to potassium ion / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / steroid biosynthetic process / potassium ion homeostasis / steroid hydroxylase activity / cellular response to peptide hormone stimulus / Endogenous sterols / renal water homeostasis / cellular response to forskolin / cellular response to hormone stimulus / cellular response to cAMP / cholesterol metabolic process / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / mitochondrial matrix / iron ion binding / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, mitochondrial / : / Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily ...Cytochrome P450, mitochondrial / : / Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0T3 / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Adrenodoxin, mitochondrial / Cytochrome P450 11B2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Scott, E.E. / Brixius-Anderko, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association19POST34430199 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural and functional insights into aldosterone synthase interaction with its redox partner protein adrenodoxin.
著者: Brixius-Anderko, S. / Scott, E.E.
履歴
登録2021年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Adrenodoxin, Cytochrome P450 11B2, mitochondrial fusion enzyme
B: Adrenodoxin, Cytochrome P450 11B2, mitochondrial fusion enzyme
C: Adrenodoxin, Cytochrome P450 11B2, mitochondrial fusion enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,02712
ポリマ－207,9803
非ポリマー3,0479
水181
1
A: Adrenodoxin, Cytochrome P450 11B2, mitochondrial fusion enzyme
B: Adrenodoxin, Cytochrome P450 11B2, mitochondrial fusion enzyme
C: Adrenodoxin, Cytochrome P450 11B2, mitochondrial fusion enzyme
ヘテロ分子

A: Adrenodoxin, Cytochrome P450 11B2, mitochondrial fusion enzyme
B: Adrenodoxin, Cytochrome P450 11B2, mitochondrial fusion enzyme
C: Adrenodoxin, Cytochrome P450 11B2, mitochondrial fusion enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)422,05424
ポリマ－415,9616
非ポリマー6,09318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area20750 Å2
ΔGint-282 kcal/mol
Surface area130010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.579, 208.700, 124.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.073, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Adrenodoxin, Cytochrome P450 11B2, mitochondrial fusion enzyme / Adrenal ferredoxin / Ferredoxin-1 / Hepatoredoxin / Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone- ...Adrenal ferredoxin / Ferredoxin-1 / Hepatoredoxin / Aldosterone synthase / ALDOS / Aldosterone-synthesizing enzyme / CYPXIB2 / Corticosterone 18-monooxygenase / CYP11B2 / Cytochrome P-450Aldo / Cytochrome P-450C18 / Steroid 11-beta-hydroxylase / Steroid 18-hydroxylase


分子量: 69326.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDX1, ADX, CYP11B2 / プラスミド: pCWORI+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: UniProt: P10109, UniProt: P19099, corticosterone 18-monooxygenase, steroid 11beta-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-0T3 / 4-[(5R)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-5-yl]benzonitrile / fadrozole / FAD-286


分子量: 223.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13N3 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.42 % / 解説: Plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate 0.1 M Tris hydrochloride, pH 8.5 30% PEG 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.933→50 Å / Num. obs: 69937 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 59.2 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 11.06
反射 シェル解像度: 2.933→2.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3458 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.612

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FDH, 3P1M

4fdh

3p1m


解像度: 2.94→48.16 Å / SU ML: 0.3866 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5257
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 2000 3.13 %
Rwork0.2096 61799 -
obs0.2107 63799 90.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→48.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13474 0 192 1 13667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012314013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.160619031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06372088
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.23535178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.94-3.010.3296800.31132476X-RAY DIFFRACTION51.34
3.01-3.090.36311020.29623140X-RAY DIFFRACTION65.18
3.09-3.180.35871190.28853690X-RAY DIFFRACTION75.73
3.18-3.280.34461330.27554123X-RAY DIFFRACTION85.86
3.28-3.40.32491500.25714632X-RAY DIFFRACTION95.18
3.4-3.530.27261560.24024828X-RAY DIFFRACTION99.64
3.53-3.690.26471580.22974855X-RAY DIFFRACTION99.94
3.69-3.890.2561570.21314844X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.130.22191560.19064846X-RAY DIFFRACTION100
4.13-4.450.23681580.17514872X-RAY DIFFRACTION100
4.45-4.90.19511560.16984831X-RAY DIFFRACTION99.98
4.9-5.610.23461580.19284870X-RAY DIFFRACTION100
5.61-7.060.2411580.22574883X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る