PDB-7m7v: Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m7v

タイトル

Crystal Structure of Mtb Pks13 Thioesterase domain in complex with Compound 6

要素

Polyketide synthase Pks13

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Thioesterase domain / Compound 6 complex / Pks13 / Mycobacterium / polyketide synthase / mycolic acid condensation / alpha/beta hydrolase / thioesterase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Aggarwal, A. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Optimization of TAM16, a Benzofuran That Inhibits the Thioesterase Activity of Pks13; Evaluation toward a Preclinical Candidate for a Novel Antituberculosis Clinical Target.
著者: Wilson, C. / Ray, P. / Zuccotto, F. / Hernandez, J. / Aggarwal, A. / Mackenzie, C. / Caldwell, N. / Taylor, M. / Huggett, M. / Mathieson, M. / Murugesan, D. / Smith, A. / Davis, S. / Cocco, M. ...

履歴

登録	2021年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m7v.cif.gz	262.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m7v.ent.gz	175.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7m7v_validation.pdf.gz	997.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m7v_full_validation.pdf.gz	1004 KB	表示
XML形式データ	7m7v_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	7m7v_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/7m7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/7m7v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5v3wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5v3y-1 5v3z-2 5v40-1 1pc3-2 6eqs-3 5v40-2 1ixg-d 5v41-1 5wnn-1 3m57-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyketide synthase Pks13

B: Polyketide synthase Pks13

ヘテロ分子

64.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyketide synthase Pks13

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polyketide synthase Pks13

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.970, 110.280, 57.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 1454 through 1507 or (resid 1508...	A	A	1454 - 1588	7 - 141
1	2	PRO	PRO	GLN	GLN	(chain 'A' and (resid 1454 through 1507 or (resid 1508...	A	A	1595 - 1620	148 - 173
1	3	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 1454 through 1507 or (resid 1508...	A	A	1625 - 1726	178 - 279
2	1	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 1454 through 1503 or (resid 1504...	B	B	1454 - 1588	7 - 141
2	2	PRO	PRO	GLN	GLN	(chain 'B' and (resid 1454 through 1503 or (resid 1504...	B	B	1595 - 1620	148 - 173
2	3	ILE	ILE	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 1454 through 1503 or (resid 1504...	B	B	1625 - 1726	178 - 279

#1: タンパク質	Polyketide synthase Pks13 / Termination polyketide synthase 分子量: 31777.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: pks13, Rv3800c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: I6X8D2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-Z3J / 5-hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-N-methyl-4-[(2-oxa-6-azaspiro[3.4]octan-6-yl)methyl]-1-benzofuran-3-carboxamide 分子量: 408.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₄N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2.0-1.8 M ammonium sulfate, 2%-5% v/v PPG P400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→48.53 Å / Num. obs: 26061 / % possible obs: 97.73 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 45.2 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1514 / R_pim(I) all: 0.06725 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.29→2.372 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 1.738 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2545 / CC_1/2: 0.443 / CC star: 0.783 / % possible all: 98.15

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5V3W

5v3w

解像度: 2.29→48.53 Å / SU ML: 0.3433 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.4227
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2689	1304	5.03 %
R_work	0.2226	24605	-
obs	0.2249	25909	97.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→48.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4035	0	60	96	4191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0087	4196
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9424	5721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0574	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	753
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0097	618

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.38	0.3645	140	0.3088	2697	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.38-2.49	0.3991	149	0.3192	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.49-2.62	0.4091	141	0.3093	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.62-2.79	0.3352	160	0.2822	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.79-3	0.3204	160	0.2553	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3-3.3	0.2957	145	0.2367	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.3-3.78	0.2715	134	0.2256	2659	X-RAY DIFFRACTION	94.52
3.78-4.76	0.2188	124	0.1698	2552	X-RAY DIFFRACTION	89.32
4.76-48.53	0.1978	151	0.1908	2947	X-RAY DIFFRACTION	99.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.80972647819	0.00768561637042	0.616756093045	0.73154898352	0.252299482956	1.40973267173	0.0351941096891	-0.158919453622	0.00896393166978	0.133797837949	0.00976052984328	0.154967259127	0.0415832395672	-0.0710716560163	-0.000182979064464	0.404748177564	-0.0380550038967	-0.00764093978314	0.360694417383	0.0192753461454	0.383783157575	13.5914392684	30.1775938466	20.3666872438
2	0.520053241744	0.000179781644629	-0.000856466222905	0.0282957184032	-0.0695555732658	0.183122265633	-0.0244333065832	-0.635218680695	-0.532588056903	-0.712154213285	0.371065039414	0.425416909423	-0.224534294842	0.112767088982	0.0377927778048	0.580165565469	-0.0822928532197	-0.0262702502806	0.755479207183	-0.0441996691598	0.458001091179	-9.45458391447	18.3279702957	10.9513027844
3	3.22381077881	-0.196176653123	0.316836320371	2.06477826376	-0.564035463338	1.51420035441	-0.0532069256836	0.159716193566	0.160935743106	-0.177419116391	0.0340804515051	0.153139534764	0.0227059770945	0.0130043540355	-0.000196922327349	0.360027849257	-0.00782538906438	-0.0116611628296	0.360438365904	0.0133695904036	0.289174564627	14.0534509535	36.2140580122	12.596048895
4	1.21135708626	-0.409283217403	-1.22166984443	0.998240622642	-0.0767547208733	1.41943757364	-0.186932380144	-0.200532689057	0.523446726264	0.415809279668	0.254839415443	0.0611129603071	-0.385440717527	0.0953550084019	0.000432278952447	0.472719295549	0.00719663121441	-0.0858802790366	0.429846406797	0.0145385477394	0.53781231173	25.6595050541	72.5751474327	11.5070938863
5	0.77804967739	0.053097488302	-0.567953590252	0.496148627138	-0.145558573817	0.595757259908	0.402238053765	0.0764172706039	0.60021343408	0.252909205522	-0.288948591523	-0.364569953886	-0.49766053995	0.795263949505	-0.00427978991237	0.53422644056	-0.00427964707112	0.00191304161605	0.546284772158	0.0930150419609	0.5623675922	26.4976594017	71.753096636	7.86325130004
6	0.925309586612	0.0823587049253	0.33945254971	1.88514304658	-1.06836009318	2.24507400095	-0.100151212223	0.135625880451	-0.000535495383381	-0.209987188609	0.0417701686985	-0.0378736496523	0.23790196357	-0.103243794829	0.00058691082459	0.423527209792	-0.0363588075753	0.0115749595642	0.413662450216	-0.0098367860684	0.489086762379	17.6686394705	67.0922841607	-6.72697506808
7	0.1611635608	-0.192074892472	-0.096697518047	0.661362220604	-0.507879283722	0.821916106169	0.29620227009	0.0409015922479	0.355269228913	-0.367235675933	0.0585314951582	0.0274836495146	0.148086001239	-0.113952241523	-8.78302279277E-5	0.565569156471	0.0378627081238	-0.0104779183583	0.47453429747	0.00671066330632	0.564160956858	20.7040621982	55.4342756977	3.44415197255
8	2.24563725327	0.258301054997	0.157037199716	0.376761640596	-0.124390502061	1.22705833208	0.0466716691535	0.94260810536	-1.3823363311	-0.677758898189	0.136542325934	0.13614194907	0.287322230165	0.486355246807	0.00176991117969	0.640899735033	-0.072032920386	-0.0194602868222	0.4553652712	0.0100402181408	0.550963648964	14.3944312613	53.0620239835	-1.29918271913
9	0.941711201518	0.557337024686	-1.04538419035	1.57141409873	0.0620881978564	1.4852223959	-0.0470958783606	-0.197654216484	0.112487021116	0.763868725318	-0.0620560250382	0.359363963797	0.298204512949	0.0465928321502	-0.00415159979623	0.534121438155	0.0411895394488	-0.00475988985891	0.395865428505	-0.00133310575228	0.404649985779	19.8328746245	59.4130640351	15.9146394742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1454 through 1590 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1591 through 1626 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1627 through 1726 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1452 through 1490 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1491 through 1506 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1507 through 1644 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1645 through 1664 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1665 through 1689 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1690 through 1726 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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