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- PDB-7m7f: 6-Deoxyerythronolide B synthase (DEBS) module 1 in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m7f
タイトル6-Deoxyerythronolide B synthase (DEBS) module 1 in complex with antibody fragment 1B2: State 1
要素
  • 1B2 (heavy chain)
  • 1B2 (light chain)
  • EryAI,6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6 chimera
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / polyketide synthase / antibody fragment / BIOSYNTHETIC PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


erythronolide synthase activity / 6-deoxyerythronolide-B synthase / macrolide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3290 / Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / CurL-like, PKS C-terminal / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / : ...Alpha-Beta Plaits - #3290 / Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / CurL-like, PKS C-terminal / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / : / Thioesterase / Thioesterase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PN7 / Erythronolide synthase EryA3 / 6-deoxyerythronolide-B synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cogan, D.P. / Zhang, K. / Chiu, W. / Khosla, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079429 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mapping the catalytic conformations of an assembly-line polyketide synthase module.
著者: Dillon P Cogan / Kaiming Zhang / Xiuyuan Li / Shanshan Li / Grigore D Pintilie / Soung-Hun Roh / Charles S Craik / Wah Chiu / Chaitan Khosla /
要旨: Assembly-line polyketide synthases, such as the 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS), are large enzyme factories prized for their ability to produce specific and complex polyketide products. By ...Assembly-line polyketide synthases, such as the 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS), are large enzyme factories prized for their ability to produce specific and complex polyketide products. By channeling protein-tethered substrates across multiple active sites in a defined linear sequence, these enzymes facilitate programmed small-molecule syntheses that could theoretically be harnessed to access countless polyketide product structures. Using cryogenic electron microscopy to study DEBS module 1, we present a structural model describing this substrate-channeling phenomenon. Our 3.2- to 4.3-angstrom-resolution structures of the intact module reveal key domain-domain interfaces and highlight an unexpected module asymmetry. We also present the structure of a product-bound module that shines light on a recently described “turnstile” mechanism for transient gating of active sites along the assembly line.
履歴
登録2021年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年11月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年6月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23711
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: EryAI,6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6 chimera
A: EryAI,6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6 chimera
C: 1B2 (heavy chain)
D: 1B2 (light chain)
E: 1B2 (heavy chain)
F: 1B2 (light chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)481,7877
ポリマ－481,4296
非ポリマー3581
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 EryAI,6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6 chimera / DEBS (3)M1TE


分子量: 188550.891 Da / 分子数: 2
断片: EryA1 (UNP residues 225-2010) + EryA3 (UNP residues 2896-3172)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
遺伝子: eryAI, eryA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5UNP6, UniProt: Q03133, 6-deoxyerythronolide-B synthase
#2: 抗体 1B2 (heavy chain)


分子量: 26447.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体 1B2 (light chain)


分子量: 25715.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-PN7 / N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex between DEBS (3)M1TE and antibody fragment 1B2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.48 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMcitric acidC6H8O71
2100 mMsodium chlorideNaCl1
310 mMHEPESC8H18N2O4S1
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 10234

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN22.3粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
8PHENIXモデル精密化
11cryoSPARCV2最終オイラー角割当
12cryoSPARCv2分類
13cryoSPARCv2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1406538
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 172352 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01224473
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.69433299
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.7148817
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0933754
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0094415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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