PDB-7m7a: Legionella pneumophila MavQ lipid kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m7a

タイトル

Legionella pneumophila MavQ lipid kinase

要素

Phosphoinositide 3-kinase MavQ

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S. / Hsieh, T.S. / Lopez, V.A.

資金援助

米国,

ポーランド, 10件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	DP2GM137419	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM113079	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM008203-29	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	F30HL143859-01	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD025018	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1911	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1789	米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RP170674	米国
National Center for Research and Development (Poland)	PPN/BEK/2018/1/00431	ポーランド
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD021685	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Dynamic remodeling of host membranes by self-organizing bacterial effectors.
著者: Hsieh, T.S. / Lopez, V.A. / Black, M.H. / Osinski, A. / Pawlowski, K. / Tomchick, D.R. / Liou, J. / Tagliabracci, V.S.

履歴

登録	2021年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年6月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/7m7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/7m7a	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	22829 2v5p-1 4z54-d 6r9p-d 4uw2-2 6j11-1 5wu6-3 4jo7-d 6r9m-d 1jp7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoinositide 3-kinase MavQ

B: Phosphoinositide 3-kinase MavQ

C: Phosphoinositide 3-kinase MavQ

D: Phosphoinositide 3-kinase MavQ

ヘテロ分子

276 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Phosphoinositide 3-kinase MavQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Phosphoinositide 3-kinase MavQ

ヘテロ分子

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68.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Phosphoinositide 3-kinase MavQ

ヘテロ分子

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4

D: Phosphoinositide 3-kinase MavQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.399, 210.235, 499.861
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 15 or resid 29...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 576 or resid 701 through 702))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 15 or resid 29...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 48 or resid 54...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLY	PHE	A	1 - 14
d_1	2	ens_1	THR	LEU	A	20 - 39
d_1	3	ens_1	TYR	MET	A	45 - 163
d_1	4	ens_1	VAL	GLN	A	166 - 195
d_1	5	ens_1	TYR	VAL	A	198 - 390
d_1	6	ens_1	HIS	THR	A	394 - 537
d_1	7	ens_1	ADP	ADP	B
d_2	1	ens_1	GLY	THR	D	1 - 520
d_2	2	ens_1	ADP	ADP	E
d_3	1	ens_1	GLY	PHE	G	1 - 14
d_3	2	ens_1	THR	LEU	G	17 - 36
d_3	3	ens_1	TYR	MET	G	42 - 160
d_3	4	ens_1	VAL	GLN	G	164 - 193
d_3	5	ens_1	TYR	VAL	G	195 - 387
d_3	6	ens_1	HIS	THR	G	391 - 534
d_3	7	ens_1	ADP	ADP	H
d_4	1	ens_1	GLY	LEU	J	1 - 34
d_4	2	ens_1	TYR	MET	J	37 - 155
d_4	3	ens_1	VAL	GLN	J	159 - 188
d_4	4	ens_1	TYR	VAL	J	190 - 382
d_4	5	ens_1	HIS	THR	J	386 - 529
d_4	6	ens_1	ADP	ADP	K

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.0439845537993, -0.98605493317, 0.16050242303), (-0.98491040732, -0.0697168814005, -0.158401534082), (0.167382342494, -0.151113286045, -0.974242231789)	27.2102100037, 50.2256193289, 126.774710276
2	given	(0.965705040742, 0.0369804120381, 0.25699459802), (-0.0453210221846, 0.998618125506, 0.0266053445399), (-0.255655587137, -0.037340173211, 0.966046547652)	-33.0950466373, 49.5104241072, 4.88953427156
3	given	(-0.00305634303733, -0.98961271635, -0.143726582112), (-0.979056562149, 0.0322193229313, -0.201022793095), (0.203565485486, 0.140102058758, -0.968985297231)	31.1065770769, 100.838476981, 116.581977761

#1: タンパク質	Phosphoinositide 3-kinase MavQ 分子量: 68479.328 Da / 分子数: 4 / 断片: MavQ, UNP residues 1-580 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2975 / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5ZRA8, phosphatidylinositol-3-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	SEFELRRQAS is from the purification tag

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.07 % / Mosaicity: 0.359 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% (w/v) PEG 3350, 0.05 M sodium chloride, 0.1 M Hepes, 5 mM magnesium chloride, 5 mM AMP-PNP, 35% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月11日 / 詳細: monochromator

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97951 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 60636 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 30.4 % / R_merge(I) obs: 0.168 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.171 / Χ²: 1.072 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 1844250

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.2-3.26	13.8	1.003	2738	0.744	0.244	1.04	1.056	90.5
3.26-3.31	15.5	0.974	2889	0.754	0.225	1.005	1.047	94.6
3.31-3.38	18	0.906	2902	0.906	0.199	0.931	1.042	97
3.38-3.45	19.9	0.832	2983	0.922	0.173	0.852	1.068	97.1
3.45-3.52	22.7	0.796	2938	0.947	0.159	0.813	1.067	98.4
3.52-3.6	24.8	0.641	2985	0.983	0.123	0.654	1.064	98.6
3.6-3.69	26.6	0.603	3052	0.986	0.113	0.614	1.107	99.5
3.69-3.79	28.5	0.526	3011	0.991	0.096	0.535	1.103	100
3.79-3.91	29.6	0.412	3054	0.995	0.074	0.419	1.14	100
3.91-4.03	29	0.384	2999	0.995	0.069	0.391	1.143	100
4.03-4.18	33.7	0.349	3041	0.996	0.06	0.354	1.145	100
4.18-4.34	35	0.303	3115	0.997	0.051	0.307	1.181	100
4.34-4.54	37	0.263	2999	0.998	0.044	0.266	1.186	100
4.54-4.78	38.1	0.218	3088	0.998	0.036	0.221	1.194	100
4.78-5.08	38.5	0.2	3066	0.999	0.032	0.202	1.175	100
5.08-5.47	36.5	0.201	3078	0.999	0.033	0.204	1.136	100
5.47-6.02	41.5	0.195	3089	0.998	0.031	0.197	1.082	100
6.02-6.89	40.3	0.167	3141	0.998	0.027	0.169	1.029	100
6.89-8.67	37	0.108	3161	0.999	0.018	0.109	0.92	99.8
8.67-50	37	0.07	3307	0.999	0.012	0.071	0.614	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
PARROT		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.2→49.31 Å / SU ML: 0.3784 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4635
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2834	1995	4.03 %
R_work	0.2395	47478	-
obs	0.2412	49473	80.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17540	0	112	0	17652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	18082
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5778	24497
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0368	2659
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	3130
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5782	6706

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.02404002821
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.999764838008
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.01253664508

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.28	0.3453	56	0.327	1322	X-RAY DIFFRACTION	31.93
3.28-3.37	0.4103	66	0.3269	1572	X-RAY DIFFRACTION	38.13
3.37-3.47	0.3877	77	0.3073	1827	X-RAY DIFFRACTION	44.02
3.47-3.58	0.3653	96	0.2878	2312	X-RAY DIFFRACTION	56.04
3.58-3.71	0.2976	129	0.281	3052	X-RAY DIFFRACTION	73.41
3.71-3.86	0.3296	154	0.2589	3676	X-RAY DIFFRACTION	88.7
3.86-4.03	0.2977	172	0.2437	4083	X-RAY DIFFRACTION	98.59
4.03-4.24	0.2631	176	0.2305	4175	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.24-4.51	0.2554	174	0.2044	4162	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.51-4.86	0.2519	176	0.1946	4184	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.86-5.35	0.2615	178	0.2098	4234	X-RAY DIFFRACTION	99.95
5.35-6.12	0.289	177	0.2557	4223	X-RAY DIFFRACTION	100
6.12-7.7	0.3413	179	0.261	4266	X-RAY DIFFRACTION	99.84
7.7-49.31	0.2276	185	0.2266	4390	X-RAY DIFFRACTION	98.39

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.726686109725	0.429640997709	-0.748071005937	1.26978575783	-0.376768313828	1.66858505737	-0.0427324370593	-0.372095039914	-0.179547510077	0.501331838416	-0.051668532921	-0.199138595635	0.217918403908	0.136629805163	0.0555943095512	0.732161085493	-0.0268165296917	-0.0314455654374	0.692783911037	-0.043943842432	0.229993484394	11.9412798821	18.8537123162	118.597672806
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23	0.380886142426	0.234468909066	-0.131141225385	0.326783073489	-0.108812290452	0.365565232538	-0.0132265108087	-0.0235107934303	0.194381259697	0.0214288939845	-0.0441560519456	0.201186398999	0.00811211125281	-0.0577979690996	-0.0407013333085	0.365126955849	-0.494517701762	-0.169673537848	0.447530045386	0.0787210283351	0.342033885746	-15.1476103221	76.7183767573	57.7733265355

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 76 )	A	A	2 - 76	1 - 67
2	2	chain 'A' and (resid 77 through 265 )	A	A	77 - 265	68 - 226
3	3	chain 'A' and (resid 266 through 338 )	A	A	266 - 338	227 - 299
4	4	chain 'A' and (resid 339 through 429 )	A	A	339 - 429	300 - 390
5	5	chain 'A' and (resid 430 through 478 )	A	A	430 - 478	391 - 439
6	6	chain 'A' and (resid 479 through 577 )	A	A	479 - 577	440 - 538
7	7	chain 'B' and (resid 2 through 106 )	B	D	2 - 106	1 - 87
8	8	chain 'B' and (resid 107 through 189 )	B	D	107 - 189	88 - 157
9	9	chain 'B' and (resid 190 through 391 )	B	D	190 - 391	158 - 338
10	10	chain 'B' and (resid 392 through 478 )	B	D	392 - 478	339 - 422
11	11	chain 'B' and (resid 479 through 534 )	B	D	479 - 534	423 - 478
12	12	chain 'B' and (resid 535 through 578 )	B	D	535 - 578	479 - 522
13	13	chain 'C' and (resid 2 through 116 )	C	G	2 - 116	1 - 104
14	14	chain 'C' and (resid 117 through 152 )	C	G	117 - 152	105 - 140
15	15	chain 'C' and (resid 153 through 209 )	C	G	153 - 209	141 - 187
16	16	chain 'C' and (resid 210 through 427 )	C	G	210 - 427	188 - 385
17	17	chain 'C' and (resid 428 through 478 )	C	G	428 - 478	386 - 436
18	18	chain 'C' and (resid 479 through 578 )	C	G	479 - 578	437 - 536
19	19	chain 'D' and (resid 2 through 96 )	D	J	2 - 96	1 - 79
20	20	chain 'D' and (resid 97 through 265 )	D	J	97 - 265	80 - 218
21	21	chain 'D' and (resid 266 through 391 )	D	J	266 - 391	219 - 344
22	22	chain 'D' and (resid 392 through 478 )	D	J	392 - 478	345 - 431
23	23	chain 'D' and (resid 479 through 576 )	D	J	479 - 576	432 - 529

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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