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- PDB-7m6u: Crystal structure of a circular permutation and computationally d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m6u
タイトルCrystal structure of a circular permutation and computationally designed pro-enzyme of carboxypeptidase G2
要素Carboxypeptidase G2 circular permuation pro-domain fusion
キーワードHYDROLASE / pro-enzyme / enzyme design / directed enzyme-prodrug therapy / methotrexate / circular permutation
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate carboxypeptidase / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M20, glutamate carboxypeptidase / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 1. / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / : / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxypeptidase G2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Yachnin, B.J. / Khare, S.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM132565 米国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Massively parallel, computationally guided design of a proenzyme.
著者: Yachnin, B.J. / Azouz, L.R. / White 3rd, R.E. / Minetti, C.A.S.A. / Remeta, D.P. / Tan, V.M. / Drake, J.M. / Khare, S.D.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Massively parallel, computationally-guided design of a pro-enzyme
著者: Yachnin, B.J. / Azouz, L.R. / White, R.E. / Minetti, C.A.S.A. / Remeta, D.P. / Tan, V.M. / Drake, J.M. / Khare, S.D.
履歴
登録2021年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase G2 circular permuation pro-domain fusion
B: Carboxypeptidase G2 circular permuation pro-domain fusion
C: Carboxypeptidase G2 circular permuation pro-domain fusion
D: Carboxypeptidase G2 circular permuation pro-domain fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,27325
ポリマ－188,8694
非ポリマー1,40421
水2,378132
1
A: Carboxypeptidase G2 circular permuation pro-domain fusion
ヘテロ分子

C: Carboxypeptidase G2 circular permuation pro-domain fusion
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, CPG2 has been well established as a dimer in the literature. Gel filtration experiments with this variant confirm that it also behaves as a dimer, as expected., SAXS, CPG2 has ...根拠: gel filtration, CPG2 has been well established as a dimer in the literature. Gel filtration experiments with this variant confirm that it also behaves as a dimer, as expected., SAXS, CPG2 has been well established as a dimer in the literature. Related SAXS data show good agreement with the model of the dimeric form of CPG2.
  • 95.3 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,25014
ポリマ－94,4352
非ポリマー81612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y+1/2,-z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-337 kcal/mol
Surface area31460 Å2
手法PISA
2
B: Carboxypeptidase G2 circular permuation pro-domain fusion
ヘテロ分子

D: Carboxypeptidase G2 circular permuation pro-domain fusion
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, CPG2 has been well established as a dimer in the literature. Gel filtration experiments with this variant confirm that it also behaves as a dimer, as expected., SAXS, CPG2 has ...根拠: gel filtration, CPG2 has been well established as a dimer in the literature. Gel filtration experiments with this variant confirm that it also behaves as a dimer, as expected., SAXS, CPG2 has been well established as a dimer in the literature. Related SAXS data show good agreement with the model of the dimeric form of CPG2.
  • 95 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,02311
ポリマ－94,4352
非ポリマー5899
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area3520 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area32520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.54, 106.36, 121.93
Angle α, β, γ (deg.)90, 107.48, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Carboxypeptidase G2 circular permuation pro-domain fusion / CPDG2 / Folate hydrolase G2 / Glutamate carboxypeptidase / Pteroylmonoglutamic acid hydrolase G2


分子量: 47217.277 Da / 分子数: 4 / 変異: K177A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pro-enzyme form
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (strain RS-16) (バクテリア), (組換発現) synthetic construct (人工物)
株: RS-16 / 遺伝子: cpg2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06621, glutamate carboxypeptidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein was prepared to a concentration of 19 mg/mL in 50 mM Tris 100 mM NaCl pH 7.4 0.2 mM ZnSO4. Reservoirs containing 750 uL of 20 mM Tris pH 8.0, 10% glycerol, and 10% PEG 3350 were ...詳細: Protein was prepared to a concentration of 19 mg/mL in 50 mM Tris 100 mM NaCl pH 7.4 0.2 mM ZnSO4. Reservoirs containing 750 uL of 20 mM Tris pH 8.0, 10% glycerol, and 10% PEG 3350 were prepared in 24 well hanging drop vapor diffusion plates. Equal volumes of protein solution and reservoir solution were mixed on a cover slip and suspended over the reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→39.27 Å / Num. obs: 57919 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.952 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.59-2.632.480.9460.928330.3880.7191.19595.77
2.63-2.682.60.7361.128610.650.5360.91598.15
2.68-2.732.590.4661.729330.7820.340.57998.32
2.73-2.792.580.8411.429180.7050.4970.84197.36
2.79-2.852.40.6871.826830.6870.4140.68792.01
2.85-2.922.590.4012.129470.8280.2970.50197.84
2.92-2.992.630.2922.629060.9190.2120.36298.44
2.99-3.072.630.244329110.9360.1780.30398.44
3.07-3.162.940.2483.529480.9510.1670.398.56
3.16-3.262.670.243.928240.9440.1690.29595.34
3.26-3.383.020.2054.829410.9530.1380.24998.72
3.38-3.513.040.2135.929160.2620.1590.26898.45
3.51-3.672.890.1069.529180.9390.0750.13197.59
3.67-3.872.950.1049.527840.9550.0750.12893.8
3.87-4.112.970.10510.528040.8160.0770.13193.62
4.11-4.433.220.0612.429720.9940.0390.07299.63
4.43-4.873.240.05313.629690.9960.0340.06399.3
4.87-5.583.250.05413.429640.9950.0350.06598.6
5.58-7.023.250.05214.329540.9960.0330.06298.4
7.02-39.253.210.03519.529330.9980.0220.04195.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia20.5.277-gc78b72c6-dials-1.5データ削減
xia20.5.277-gc78b72c6-dials-1.5データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CG2

1cg2


解像度: 2.59→39.27 Å / SU ML: 0.329 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.72 / ESU R Free: 0.388
詳細: Partway through the refinement, reflections between 4 and 3.4 A were deleted due to low data quality. Refining using the truncated dataset resulted in an improvement in Rfree by ~0.05, and so ...詳細: Partway through the refinement, reflections between 4 and 3.4 A were deleted due to low data quality. Refining using the truncated dataset resulted in an improvement in Rfree by ~0.05, and so the truncated dataset was used for the rest of refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27917 2346 4.9 %Random
Rwork0.22172 ---
obs0.22451 45894 80.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.598 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5 Å20 Å21.54 Å2
2---1.71 Å20 Å2
3----3.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→39.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10948 0 25 132 11105
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.657 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 219 5.2 %
Rwork0.342 3998 -
obs--96.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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