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- PDB-7m5u: Crystal structure of human MPP8 chromodomain in complex with pept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m5u
タイトルCrystal structure of human MPP8 chromodomain in complex with peptidomimetic ligand UNC5246
要素
  • M-phase phosphoprotein 8
  • UNC5246
キーワードGENE REGULATION / chromodomain / peptidomimetic / chromatin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / : / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / heterochromatin / methylated histone binding / histone reader activity / cilium / nucleosome ...positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / : / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / heterochromatin / methylated histone binding / histone reader activity / cilium / nucleosome / chromatin binding / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) ...Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
M-phase phosphoprotein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Budziszewski, G.R. / McGinty, R.K. / Waybright, J.M. / Norris, J.L. / James, L.I.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R61DA047023 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM133498 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: A Peptidomimetic Ligand Targeting the Chromodomain of MPP8 Reveals HRP2's Association with the HUSH Complex.
著者: Waybright, J.M. / Clinkscales, S.E. / Barnash, K.D. / Budziszewski, G.R. / Rectenwald, J.M. / Chiarella, A.M. / Norris-Drouin, J.L. / Cholensky, S.H. / Pearce, K.H. / Herring, L.E. / McGinty, ...著者: Waybright, J.M. / Clinkscales, S.E. / Barnash, K.D. / Budziszewski, G.R. / Rectenwald, J.M. / Chiarella, A.M. / Norris-Drouin, J.L. / Cholensky, S.H. / Pearce, K.H. / Herring, L.E. / McGinty, R.K. / Hathaway, N.A. / James, L.I.
履歴
登録2021年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M-phase phosphoprotein 8
B: UNC5246


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1382
ポリマ－8,1382
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area4670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.123, 87.123, 57.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 M-phase phosphoprotein 8 / Two hybrid-associated protein 3 with RanBPM / Twa3


分子量: 7344.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPHOSPH8, MPP8 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q99549
#2: タンパク質・ペプチド UNC5246


分子量: 793.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 100 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 2.0 M AmSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→75.45 Å / Num. obs: 8912 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04422 / Rpim(I) all: 0.017 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 28.78
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 1.661 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 637 / CC1/2: 0.656 / Rpim(I) all: 0.628 / Χ2: 0.89 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5精密化
PHENIX1.19.1-4122精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LWE

3lwe


解像度: 2.02→34.788 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2283 426 4.78 %Random selection
Rwork0.2158 ---
obs0.2164 8910 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→34.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数545 0 0 5 550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.995737
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.477335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00489
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0202-2.31250.29981340.24872753X-RAY DIFFRACTION100
2.3125-2.91330.291450.28732788X-RAY DIFFRACTION100
2.9133-34.7880.2111470.19942943X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.02-0.16930.23224.4341-0.3163.61250.1422-0.3095-0.77540.40060.08760.48310.4626-0.08740.00050.5706-0.04-0.02190.4960.15570.612235.536212.478-5.7484
20.19490.09090.04460.05980.04810.05090.0114-0.4406-1.1129-0.51180.17570.12461.29640.28990.00430.99060.0393-0.04280.53820.21670.818942.19685.5296-4.1057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 57:114)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:7)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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