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- PDB-7m58: Crystal structure of N1, a member of cis-3-chloroacrylic acid deh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m58
タイトルCrystal structure of N1, a member of cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase (cis-CaaD) family
要素Tautomerase_3 domain-containing protein
キーワードHYDROLASE
機能・相同性Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Tautomerase/MIF superfamily / Tautomerase_3 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium halotolerans YIM 70093 = DSM 44683 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Medellin, B.P. / Moreno, R.Y. / Zhang, Y.J.
資金援助4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM-129331
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM-104896
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM125882
Robert A. Welch FoundationF-1778
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Kinetic and Structural Analysis of Two Linkers in the Tautomerase Superfamily: Analysis and Implications.
著者: Baas, B.J. / Medellin, B.P. / LeVieux, J.A. / Erwin, K. / Lancaster, E.B. / Johnson Jr., W.H. / Kaoud, T.S. / Moreno, R.Y. / de Ruijter, M. / Babbitt, P.C. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.
履歴
登録2021年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tautomerase_3 domain-containing protein
B: Tautomerase_3 domain-containing protein
C: Tautomerase_3 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6816
ポリマ－48,3933
非ポリマー2883
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7620 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.362, 87.822, 120.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 1 - 143 / Label seq-ID: 1 - 143

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC

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要素

#1: タンパク質 Tautomerase_3 domain-containing protein


分子量: 16131.092 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium halotolerans YIM 70093 = DSM 44683 (バクテリア)
遺伝子: A605_05910
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: M1NLA4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Tris buffer pH 7.0, 35% PEG 3350, 200mM Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.446→50 Å / Num. obs: 15300 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 1.556 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.493.90.6497040.6450.3680.7530.61387
2.49-2.5440.5797210.640.3250.670.6687.8
2.54-2.594.10.5347320.7550.2890.6120.70687.2
2.59-2.644.30.5066980.7010.2740.580.75488.8
2.64-2.74.10.4197430.7790.2280.480.7787.9
2.7-2.7640.4327350.7860.2370.4970.79486.5
2.76-2.834.10.3587000.8690.1910.4090.84587.3
2.83-2.94.40.3097170.8970.1590.3510.90986.9
2.9-2.994.40.2977370.8930.1550.3380.9787.4
2.99-3.094.60.2537360.9270.130.2861.16389.1
3.09-3.24.50.227460.9490.1110.2481.33488.2
3.2-3.324.60.1837440.9670.0930.2071.39990.7
3.32-3.484.50.1517790.9730.0770.1711.70890.5
3.48-3.664.50.1337620.9740.0690.1512.1791.9
3.66-3.894.50.1117790.9870.0560.1252.19791.9
3.89-4.194.50.0998220.9890.0510.1122.46595.5
4.19-4.614.20.0848070.9890.0450.0962.86894.7
4.61-5.285.10.0828390.9910.040.0922.44398.1
5.28-6.655.80.0818750.9930.0350.0892.02499.2
6.65-506.10.0649240.9970.0260.072.21296.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N4G

3n4g


解像度: 2.45→31.803 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 1528 10 %
Rwork0.1954 13750 -
obs0.2021 15278 90.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.63 Å2 / Biso mean: 33.8948 Å2 / Biso min: 16.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→31.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3381 0 15 69 3465
Biso mean--33.75 35.79 -
残基数----429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2474731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9552085
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2009X-RAY DIFFRACTION10.61TORSIONAL
12B2009X-RAY DIFFRACTION10.61TORSIONAL
13C2009X-RAY DIFFRACTION10.61TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.45-2.5250.33131200.2408108681
2.525-2.61520.30411340.2414120088
2.6152-2.71980.3041330.2352119588
2.7198-2.84360.35961300.2431117687
2.8436-2.99340.33681330.2393119988
2.9934-3.18080.30761370.2288123089
3.1808-3.42610.2961380.2097124091
3.4261-3.77040.22111400.1848125991
3.7704-4.31480.25461470.1662132296
4.3148-5.43180.21321520.1572136697
5.4318-31.8030.22441640.1826147798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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