[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7m58: Crystal structure of N1, a member of cis-3-chloroacrylic acid deh... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7m58 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of N1, a member of cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase (cis-CaaD) family | |||||||||||||||
Components | Tautomerase_3 domain-containing protein | |||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE | |||||||||||||||
Function / homology | Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Tautomerase/MIF superfamily / Tautomerase_3 domain-containing protein Function and homology information | |||||||||||||||
Biological species | Corynebacterium halotolerans YIM 70093 = DSM 44683 (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | |||||||||||||||
Authors | Medellin, B.P. / Moreno, R.Y. / Zhang, Y.J. | |||||||||||||||
Funding support | 4items
| |||||||||||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2021 Title: Kinetic and Structural Analysis of Two Linkers in the Tautomerase Superfamily: Analysis and Implications. Authors: Baas, B.J. / Medellin, B.P. / LeVieux, J.A. / Erwin, K. / Lancaster, E.B. / Johnson Jr., W.H. / Kaoud, T.S. / Moreno, R.Y. / de Ruijter, M. / Babbitt, P.C. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P. | |||||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7m58.cif.gz | 98.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7m58.ent.gz | 73.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7m58.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7m58_validation.pdf.gz | 452.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7m58_full_validation.pdf.gz | 459.4 KB | Display | |
Data in XML | 7m58_validation.xml.gz | 18.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7m58_validation.cif.gz | 24.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/7m58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/7m58 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7m59C 3n4gS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 1 - 143 / Label seq-ID: 1 - 143
|
-Components
#1: Protein | Mass: 16131.092 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium halotolerans YIM 70093 = DSM 44683 (bacteria) Gene: A605_05910 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: M1NLA4 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.7 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100mM Tris buffer pH 7.0, 35% PEG 3350, 200mM Lithium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 1, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.446→50 Å / Num. obs: 15300 / % possible obs: 90.7 % / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 1.556 / Net I/σ(I): 7.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3N4G Resolution: 2.45→31.803 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.54 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.63 Å2 / Biso mean: 33.8948 Å2 / Biso min: 16.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.45→31.803 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|