PDB-7m3k: Crystal Structure of Galactonate dehydratase from Brucella melite...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m3k

タイトル

Crystal Structure of Galactonate dehydratase from Brucella melitensis biovar Abortus 2308

要素

Galactonate dehydratase

キーワード

LYASE / SSGCID / structural genomics / seattle structural genomics center for infectious disease

機能・相同性

機能・相同性情報

galactonate dehydratase / galactonate dehydratase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella abortus (ウシ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Galactonate dehydratase from Brucella melitensis biovar Abortus 2308
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m3k.cif.gz	285.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m3k.ent.gz	190.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7m3k_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7m3k_full_validation.pdf.gz	468.6 KB	表示
XML形式データ	7m3k_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	7m3k_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/7m3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/7m3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oynS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oyn-d 5j84-2 5j84-1 5j85-1 5j83-1 6ovt-d 5tj9-d 5hm8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galactonate dehydratase

ヘテロ分子

67.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galactonate dehydratase

ヘテロ分子

A: Galactonate dehydratase

ヘテロ分子

A: Galactonate dehydratase

ヘテロ分子

A: Galactonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
268 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.950, 144.950, 167.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22
Space group name Hall	P6₂2(x,y,z+1/3)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/3 #3: y,-x+y,z+2/3 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+2/3 #11: -x+y,y,-z #12: x,x-y,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1014- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Galactonate dehydratase 分子量: 66255.047 Da / 分子数: 1 / 断片: BrabA.18180.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: 2308 / 遺伝子: BAB2_0294 / プラスミド: BrabA.18180.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YJ21, galactonate dehydratase

-
非ポリマー , 6種, 276分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition b10 200mM Magnesium chloride, 100mM sodium cacodylate pH 6.5, 20% (w/V) PEG 3350: BrabA.18180.a.B1.PS02071 at 27.12mg/ml: tray 256086 b10: cryo: direct: puck bvd7-1.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月27日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 46675 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.887 % / B_iso Wilson estimate: 47.905 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 19.95

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	15.476	0.585	4.2	3385	0.954	0.604	100
2.36-2.42	15.377	0.473	5.07	3297	0.971	0.488	100
2.42-2.49	15.421	0.394	6.32	3222	0.977	0.406	100
2.49-2.57	15.45	0.326	7.59	3122	0.983	0.336	100
2.57-2.66	15.374	0.284	8.86	3029	0.984	0.294	100
2.66-2.75	15.373	0.237	10.48	2939	0.99	0.245	100
2.75-2.85	15.306	0.185	13.55	2852	0.993	0.191	100
2.85-2.97	15.288	0.151	16.35	2737	0.995	0.155	100
2.97-3.1	15.178	0.124	19.83	2641	0.996	0.128	100
3.1-3.25	15.012	0.103	23.29	2512	0.998	0.107	100
3.25-3.43	14.806	0.094	25.7	2416	0.998	0.097	100
3.43-3.64	14.503	0.077	31.02	2289	0.998	0.08	100
3.64-3.89	14.319	0.07	33.72	2154	0.998	0.072	100
3.89-4.2	13.989	0.063	36.71	2013	0.999	0.065	99.9
4.2-4.6	13.893	0.058	39.63	1863	0.999	0.06	100
4.6-5.14	13.897	0.057	39.33	1713	0.999	0.059	99.9
5.14-5.94	14.04	0.055	38.93	1507	0.999	0.057	100
5.94-7.27	14.04	0.048	40.8	1314	0.999	0.049	100
7.27-10.29	13.55	0.04	43.93	1041	0.999	0.041	100
10.29-50	11.782	0.036	40.6	629	0.999	0.038	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MR-Rosetta		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MR-rosetta starting from PDB entry 5OYN

5oyn

解像度: 2.3→44.24 Å / SU ML: 0.2337 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.0702
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2083	2037	4.37 %	0
R_work	0.1804	44573	-	-
obs	0.1816	46610	99.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4243	0	38	268	4549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	4391
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7568	5982
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0485	671
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068	802
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9752	1559

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.35	0.2939	131	0.2357	2917	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.35-2.41	0.2443	138	0.219	2917	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.41-2.48	0.2205	109	0.188	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.48-2.55	0.2086	150	0.1872	2910	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.55-2.63	0.2131	124	0.1845	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.73	0.2143	136	0.1877	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.84	0.2172	127	0.1974	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.97	0.2316	156	0.1866	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.12	0.2126	138	0.1862	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.32	0.2362	125	0.1859	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.32-3.57	0.2111	129	0.1797	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.93	0.2029	128	0.1637	2993	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.93-4.5	0.1757	160	0.1493	2993	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.5-5.67	0.1673	138	0.1691	3054	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.67-44.24	0.2326	148	0.1984	3232	X-RAY DIFFRACTION	99.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.696930344875	-0.219288262719	-0.0290610718766	1.39445669726	0.214612546286	1.63008575454	-0.0690200096748	0.136435996284	-0.193737475969	-0.106857006873	-0.0886488930265	0.275038045915	0.237128774024	-0.245007639515	0.124818247497	0.270512970469	0.0508013252603	0.0389725632605	0.343749491966	-0.0982723211445	0.340547782623	32.6848448446	39.2815607675	120.982937227
2	3.83893708498	0.245766017203	1.81105447729	3.28029190665	-0.314237070833	3.04614328721	0.105460221305	-0.502378394308	-0.0193638043582	0.357421539285	-0.191679071217	1.71299340476	0.337737600937	-0.747600008614	0.0748493343993	0.692396260632	-0.0422434268229	-0.0815503291105	0.857042655568	-0.188948089623	1.27741428038	10.7829772292	40.1216812914	106.433820019
3	0.882743842342	0.333396558829	0.290008501778	3.63660874503	0.414770759706	2.5072687605	0.299015047816	0.70880089504	-0.447483207441	-1.06136211558	-0.294720887404	0.827003973901	0.276503038551	-0.227761749854	0.0076596827149	0.638786467561	0.11845643926	-0.22433153322	0.698988558971	-0.200770176459	0.507979685943	26.3855333299	48.7646712257	97.5188094285
4	4.17746768739	0.445742218595	0.0256099628299	3.93753928167	0.696205017109	3.83660049013	-0.162069038779	0.284365434222	-0.0423535612992	-0.153057344776	0.07814268756	-0.194963370351	-0.162068899064	0.333192768485	0.0994606979069	0.254994046391	0.0776868477419	0.0275753113476	0.285688923469	-0.00977098440306	0.201582876971	47.0333836794	59.9060956304	127.403177525

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 102 through 403 )	102 - 403	92 - 393
2	2	chain 'A' and (resid 404 through 504 )	404 - 504	394 - 494
3	3	chain 'A' and (resid 505 through 597 )	505 - 597	495 - 587
4	4	chain 'A' and (resid 11 through 101 )	11 - 101	1 - 91

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)