[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7m3k: Crystal Structure of Galactonate dehydratase from Brucella melite... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7m3k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Galactonate dehydratase from Brucella melitensis biovar Abortus 2308 | ||||||
Components | Galactonate dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / SSGCID / structural genomics / seattle structural genomics center for infectious disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Brucella abortus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Galactonate dehydratase from Brucella melitensis biovar Abortus 2308 Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7m3k.cif.gz | 285.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7m3k.ent.gz | 190.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7m3k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7m3k_validation.pdf.gz | 458.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7m3k_full_validation.pdf.gz | 468.6 KB | Display | |
Data in XML | 7m3k_validation.xml.gz | 25.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7m3k_validation.cif.gz | 36.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/7m3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/7m3k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5oynS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 66255.047 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: BrabA.18180.a.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brucella abortus (bacteria) / Strain: 2308 / Gene: BAB2_0294 / Plasmid: BrabA.18180.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q2YJ21, galactonate dehydratase |
---|
-Non-polymers , 6 types, 276 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PEG / | #6: Chemical | ChemComp-PGE / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.84 Å3/Da / Density % sol: 68 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: RigakuReagents JCSG+ screen, condition b10 200mM Magnesium chloride, 100mM sodium cacodylate pH 6.5, 20% (w/V) PEG 3350: BrabA.18180.a.B1.PS02071 at 27.12mg/ml: tray 256086 b10: cryo: direct: puck bvd7-1. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 27, 2014 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 46675 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 14.887 % / Biso Wilson estimate: 47.905 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 19.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: MR-rosetta starting from PDB entry 5OYN Resolution: 2.3→44.24 Å / SU ML: 0.2337 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.0702 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→44.24 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|