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- PDB-7m3h: Targeting Enterococcus faecalis HMG-CoA reductase with a novel no... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m3h
タイトルTargeting Enterococcus faecalis HMG-CoA reductase with a novel non-statin inhibitor
要素Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
キーワードANTIBIOTIC / ligands / metabolism / drug target / hmg-coa / mevalonate / prokaryote.
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADH) activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / acetyl-CoA C-acetyltransferase / coenzyme A metabolic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #660 / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #660 / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile. / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YPV / acetyl-CoA C-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Bose, S. / Steussy, C.N. / Stauffacher, C.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL52115 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)MH082373 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Targeting Enterococcus faecalis HMG-CoA reductase with a novel non-statin inhibitor
著者: Bose, S. / Steussy, C.N. / Stauffacher, C.V.
履歴
登録2021年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
B: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2388
ポリマ－92,2112
非ポリマー1,0276
水17,529973
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11360 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area30820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.503, 81.126, 152.974
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative


分子量: 46105.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: EY666_03235 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4U3MLJ4, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase
#2: 化合物 ChemComp-YPV / 5-[(4-butylphenyl)sulfamoyl]-2-hydroxybenzoic acid


分子量: 349.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19NO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 4000, 0.17 M sodium acetate, 0.085 M Tris-HCl at pH 8.5, 2% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→50 Å / Num. obs: 237239 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 13.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 1238458
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.27-1.325.10.966234081.106199.7
1.32-1.375.10.721235281.1311100
1.37-1.435.20.533235911.1281100
1.43-1.515.20.35235711.1281100
1.51-1.65.20.244235861.1821100
1.6-1.725.20.168236821.0681100
1.72-1.95.30.098236891.0671100
1.9-2.175.30.075238001.041100
2.17-2.745.30.05239361.0451100
2.74-505.30.032244481.013199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7MIZ

7miz


解像度: 1.27→44.15 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1656 2386 1.01 %
Rwork0.1523 234731 -
obs0.1524 237117 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.34 Å2 / Biso mean: 20.0112 Å2 / Biso min: 6.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.27→44.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6233 0 105 985 7323
Biso mean--17.34 31.17 -
残基数----819
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.27-1.30.27291470.2785133951354298
1.3-1.320.25061410.25441367813819100
1.32-1.350.23581340.23471370513839100
1.35-1.390.21851260.22411372813854100
1.39-1.430.2371530.20721373513888100
1.43-1.470.20381370.19271374013877100
1.47-1.510.18961460.17821375213898100
1.51-1.570.17671230.16911375913882100
1.57-1.630.1871490.16191377213921100
1.63-1.710.1661530.15261375713910100
1.71-1.80.20731350.14851380313938100
1.8-1.910.14311310.14341385913990100
1.91-2.060.17021290.13991385013979100
2.06-2.260.15081390.13311390014039100
2.26-2.590.14881400.13141395014090100
2.59-3.260.15021370.13591403514172100
3.26-44.150.14441660.1414143131447999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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