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- PDB-7m1z: Targeting Enterococcus faecalis HMG-CoA reductase with a novel no... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m1z
タイトルTargeting Enterococcus faecalis HMG-CoA reductase with a novel non-statin inhibitor
要素Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
キーワードANTIBIOTIC / ligands / metabolism / drug target / hmg-coa / mevalonate / prokaryote.
機能・相同性ACETATE ION / 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A / (R)-MEVALONATE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Bose, S. / Steussy, C.N. / Stauffacher, C.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL52115 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)MH082373 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Targeting Enterococcus faecalis HMG-CoA reductase with a non-statin inhibitor
著者: Bose, S. / Steussy, C.N. / Lopez-Perez, D. / Schmidt, T. / Kulathunga, S.C. / Seleem, M.N. / Lipton, M. / Mesecar, A.D. / Rodwell, V.W. / Stauffacher, C.V.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
B: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
C: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
D: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,90233
ポリマ－187,4184
非ポリマー5,48429
水6,125340
1
A: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
B: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,09620
ポリマ－93,7092
非ポリマー3,38718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17620 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area28110 Å2
手法PISA
2
C: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
D: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,80513
ポリマ－93,7092
非ポリマー2,09711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15400 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area27920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)241.289, 62.557, 171.925
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 133.490, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative


分子量: 46854.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The density for chain B extends into the plasmid construct. Chains D and A largely lack evidence for the C-terminal mobile flap region.
由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: G5T22_00100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6M1FI83, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

-
非ポリマー , 7種, 369分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-HMG / 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A / (S)-HMG-COA


分子量: 906.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H39N7O20P3S
#7: 化合物 ChemComp-MEV / (R)-MEVALONATE


分子量: 147.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.5 mM NADP, 150 uM HMG-CoA, 0.1M MES pH 6.7, 50 mM colcium acetate, 8% PEG 8000. Protein at 10 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 76108 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 38.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 0.876 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 440737
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.26-2.344.10.44452490.605161.7
2.34-2.434.60.39758650.629169.3
2.43-2.555.20.33665510.643176.7
2.55-2.685.60.2772950.681185.6
2.68-2.855.90.21280970.743195.2
2.85-3.076.20.15785090.837199.8
3.07-3.386.30.11685410.9411100
3.38-3.866.30.0986111.1621100
3.86-4.876.30.07185871.345199.8
4.87-506.10.05188030.702199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R31

1r31


解像度: 2.27→39.54 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 3840 5.05 %Random Selection
Rwork0.1958 72191 --
obs0.1979 76031 88.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 186.26 Å2 / Biso mean: 64.3973 Å2 / Biso min: 20.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→39.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11909 0 578 342 12829
Biso mean--65.93 48.64 -
残基数----1559
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.27-2.30.3527880.27571410149847
2.3-2.330.28171050.27451822192761
2.33-2.360.283900.26091962205265
2.36-2.40.3271040.26072021212567
2.4-2.430.29131230.26172085220870
2.43-2.470.3481150.27352225234073
2.47-2.510.3071320.25072242237475
2.51-2.550.30811180.23852362248079
2.55-2.60.31521200.23272485260581
2.6-2.650.25781340.23032577271186
2.65-2.710.27451420.23912669281188
2.71-2.760.25651450.23512779292493
2.76-2.830.28291690.24132920308996
2.83-2.90.28511380.23912981311999
2.9-2.980.29291670.242230273194100
2.98-3.060.32481720.230729803152100
3.06-3.160.27771870.21630133200100
3.16-3.280.25181580.214130463204100
3.28-3.410.261680.207329903158100
3.41-3.560.23311640.198930603224100
3.56-3.750.21861580.18430223180100
3.75-3.990.21931630.175330573220100
3.99-4.290.19221630.153330463209100
4.29-4.720.17381440.144430653209100
4.72-5.410.20481490.159730923241100
5.41-6.810.25181740.195630923266100
6.81-39.540.19031500.17293161331198
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.8338 Å / Origin y: -22.7408 Å / Origin z: 25.3202 Å
111213212223313233
T0.3529 Å20.0278 Å2-0.0159 Å2-0.4591 Å20.1127 Å2--0.2528 Å2
L1.6295 °2-0.0279 °2-0.1855 °2-0.203 °20.1235 °2--0.465 °2
S-0.0473 Å °-0.6562 Å °-0.18 Å °0.0821 Å °-0.0241 Å °0.0012 Å °0.0575 Å °-0.1046 Å °0.062 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA13 - 370
2X-RAY DIFFRACTION1allB-4 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allC0 - 421
4X-RAY DIFFRACTION1allC501
5X-RAY DIFFRACTION1allD13 - 369
6X-RAY DIFFRACTION1allM1 - 4
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 9
8X-RAY DIFFRACTION1allN1 - 8
9X-RAY DIFFRACTION1allR1 - 13
10X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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