[日本語] English
万見
- PDB-7m1w: NMR structure of the Human T-cell leukemia virus 1 matrix protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m1w
タイトルNMR structure of the Human T-cell leukemia virus 1 matrix protein
要素Matrix protein p19
キーワードVIRAL PROTEIN / Matrix / membrane-binding protein / Gag / HTLV-1 / Human T-cell leukemia virus 1
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / viral translational frameshifting / structural molecule activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Delta-retroviral matrix protein / Major core protein p19 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic ...Delta-retroviral matrix protein / Major core protein p19 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pro polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Herrmann, D. / Saad, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)9 R01 AI150901-10 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into the Mechanism of Human T-cell Leukemia Virus Type 1 Gag Targeting to the Plasma Membrane for Assembly.
著者: Herrmann, D. / Zhou, L.W. / Hanson, H.M. / Willkomm, N.A. / Mansky, L.M. / Saad, J.S.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Matrix protein p19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0271
ポリマ－12,0271
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

-
要素

#1: タンパク質 Matrix protein p19


分子量: 12026.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
遺伝子: gag-pro / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QR99

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic1HN(CO)CACB
151isotropic13D HN(CO)CA
1101isotropic12D 1H-15N HSQC
192isotropic13D (H)CCH-TOCSY ali.
182isotropic13D (H)CCH-TOCSY arom.
172isotropic13D 13C-separated NOESY
163isotropic13D 15N-separated NOESY
1113isotropic13D 15N-separated TOCSY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1100 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] HTLV-1 Matrix, 95% H2O/5% D2Osample 195% H2O/5% D2O
solution2100 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 320 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] HTLV-1 Matrix, 100% D2Osample 2100% D2O
solution3100 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 2 mM TCEP, 500 uM [U-99% 15N] HTLV-1 Matrix, 95% H2O/5% D2Osample 395% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMsodium chloridenatural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
400 uMHTLV-1 Matrix[U-99% 13C; U-99% 15N]1
100 mMsodium chloridenatural abundance2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
2 mMTCEPnatural abundance2
320 uMHTLV-1 Matrix[U-99% 13C; U-99% 15N]2
100 mMsodium chloridenatural abundance3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
2 mMTCEPnatural abundance3
500 uMHTLV-1 Matrix[U-99% 15N]3
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANAGuntert P.精密化
CcpNmr Analysis2.4CCPNchemical shift assignment
CARA1.9.1.2Keller and Wuthrich解析
UNIO10Torsten Herrmannchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1005 distance restraints. 286 intraresidue, 256 sequential, 263 medium-range, and 200 long-range NOEs
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る