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- PDB-7m1a: SusE-like protein BT2857 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m1a
タイトルSusE-like protein BT2857
要素Galactose-binding like protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SusE-like / Galactose / Bacteroides thetaiotaomicron
機能・相同性Domain of unknown function DUF5000 / Domain of unknown function DUF4959 / Domain of unknown function DUF5126 / Domain of unknown function (DUF4959) / Domain of unknown function / Domain of unknown function (DUF5126) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / Galactose-binding like protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Suits, M.D.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2014-05018 カナダ
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021
タイトル: Analysis of Two SusE-Like Enzymes From Bacteroides thetaiotaomicron Reveals a Potential Degradative Capacity for This Protein Family.
著者: Stevenson, J. / Ngo, M. / Brandt, A. / Weadge, J.T. / Suits, M.D.L.
履歴
登録2021年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Galactose-binding like protein
BBB: Galactose-binding like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,10312
ポリマ－41,5272
非ポリマー57710
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area15590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.300, 61.080, 61.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.587, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Galactose-binding like protein / BT2857


分子量: 20763.324 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 221-398 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_2857 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A3U7
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 6.0% w/v PEG3350, 5% v/v ethylene glycol, 0.2 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→46.87 Å / Num. obs: 81091 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.42→1.5 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Num. unique obs: 11501 / CC1/2: 0.956 / Rpim(I) all: 0.14 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
autoPROCデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.42→43.021 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.819 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 3810 4.698 %
Rwork0.1669 77280 -
all0.168 --
obs-81090 99.481 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 13.418 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.172 Å20 Å2-0.229 Å2
2--0.425 Å20 Å2
3----0.146 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→43.021 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2846 0 34 403 3283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0122944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2461.6483970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2865352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.4222.805164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.33215458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.2631518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.022282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.22014
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1060.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.5450.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.7750.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.8280.9861414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.9921.4921764
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0521.2421530
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7271.7642206
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.78415.5454748
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.42932944
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.42-1.4570.2012670.165390X-RAY DIFFRACTION95.0437
1.457-1.4970.2032530.1455588X-RAY DIFFRACTION99.5908
1.497-1.540.1922820.1315379X-RAY DIFFRACTION99.683
1.54-1.5880.192800.1225240X-RAY DIFFRACTION99.729
1.588-1.640.1872540.1215107X-RAY DIFFRACTION99.7767
1.64-1.6970.1852530.124946X-RAY DIFFRACTION99.8655
1.697-1.7610.1832030.134755X-RAY DIFFRACTION99.9194
1.761-1.8330.1872110.1344597X-RAY DIFFRACTION99.9376
1.833-1.9140.1872410.1464414X-RAY DIFFRACTION99.8927
1.914-2.0080.1831950.1534205X-RAY DIFFRACTION99.8638
2.008-2.1160.2041830.174044X-RAY DIFFRACTION99.9055
2.116-2.2440.2132000.1713773X-RAY DIFFRACTION99.8994
2.244-2.3990.1911720.1763563X-RAY DIFFRACTION99.8663
2.399-2.5910.1931760.1663318X-RAY DIFFRACTION99.8571
2.591-2.8380.1931390.183096X-RAY DIFFRACTION99.9691
2.838-3.1720.2151380.1952765X-RAY DIFFRACTION100
3.172-3.6610.1991190.1922464X-RAY DIFFRACTION99.8454
3.661-4.4790.1651110.1842084X-RAY DIFFRACTION99.7274
4.479-6.3180.268810.2031626X-RAY DIFFRACTION99.9415
6.318-43.0210.296520.299926X-RAY DIFFRACTION99.6942

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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