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- PDB-7lyx: Crystal structure of human CYP8B1 in complex with (S)-tioconazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lyx
タイトルCrystal structure of human CYP8B1 in complex with (S)-tioconazole
要素7-alpha-hydroxycholest-4-en-3-one 12-alpha-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


5beta-cholestane-3alpha,7alpha-diol 12alpha-hydroxylase / sterol 12-alpha-hydroxylase activity / Sterols are 12-hydroxylated by CYP8B1 / positive regulation of intestinal cholesterol absorption / Eicosanoids / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / bile acid biosynthetic process / sterol metabolic process / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / : ...5beta-cholestane-3alpha,7alpha-diol 12alpha-hydroxylase / sterol 12-alpha-hydroxylase activity / Sterols are 12-hydroxylated by CYP8B1 / positive regulation of intestinal cholesterol absorption / Eicosanoids / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / bile acid biosynthetic process / sterol metabolic process / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / : / steroid biosynthetic process / response to cholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to nutrient levels / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450 8B1 / Cytochrome P450, cholesterol 7-alpha-monooxygenase-type / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / (S)-Tioconazole / 7-alpha-hydroxycholest-4-en-3-one 12-alpha-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, J. / Scott, E.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)020450 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The structure and characterization of human cytochrome P450 8B1 supports future drug design for nonalcoholic fatty liver disease and diabetes.
著者: Liu, J. / Carlson, H.A. / Scott, E.E.
履歴
登録2021年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7-alpha-hydroxycholest-4-en-3-one 12-alpha-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2655
ポリマ－57,1301
非ポリマー1,1354
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.344, 89.234, 107.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 7-alpha-hydroxycholest-4-en-3-one 12-alpha-hydroxylase / 7-alpha-hydroxy-4-cholesten-3-one 12-alpha-hydroxylase / CYPVIIIB1 / Cytochrome P450 8B1 / Sterol ...7-alpha-hydroxy-4-cholesten-3-one 12-alpha-hydroxylase / CYPVIIIB1 / Cytochrome P450 8B1 / Sterol 12-alpha-hydroxylase


分子量: 57129.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP8B1, CYP12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNU6, EC: 1.14.18.8

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非ポリマー , 5種, 21分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-YHM / (S)-Tioconazole / 1-[(2S)-2-[(2-chlorothiophen-3-yl)methoxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole / (S)-チオコナゾ-ル


分子量: 387.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13Cl3N2OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2-methyl-2,4-pentanediol, HEPES pH 7.5, PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 17925 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 53.59 Å2 / CC1/2: 0.925 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 5.5 % / Num. unique obs: 1621 / CC1/2: 0.925 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
PHENIX1.18.2_3874位相決定
HKL-2000データスケーリング
PHENIXモデル構築
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IAG

2iag


解像度: 2.6→41.24 Å / SU ML: 0.3816 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.0562
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 885 5 %
Rwork0.214 16805 -
obs0.2167 17690 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→41.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3755 0 73 17 3845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74385348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0436545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.38491434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.770.35821450.27482756X-RAY DIFFRACTION99.18
2.77-2.980.33221470.26442788X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.280.31931460.25392784X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.750.30861440.23292725X-RAY DIFFRACTION97.25
3.75-4.730.2181490.17942839X-RAY DIFFRACTION99.57
4.73-41.240.24141540.19332913X-RAY DIFFRACTION97.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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