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万見
- PDB-7lvh: CRYSTAL STRUCTURE OF AP2 ASSOCIATED KINASE 1 ISOFORM 1 COMPLEXED ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lvh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AP2 ASSOCIATED KINASE 1 ISOFORM 1 COMPLEXED WITH LIGAND N-[3-METHOXY-4-(1,3-OXAZOL-5-YL)PHENYL]-3-(PROPAN-2-YL)PIPERIDINE-2-CARBOXAMIDE
要素AP2-associated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / KINASE / AAK1 / LIGAND / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / Notch binding / clathrin-coated vesicle / positive regulation of Notch signaling pathway / presynaptic endocytosis / cell leading edge / clathrin-coated pit ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / Notch binding / clathrin-coated vesicle / positive regulation of Notch signaling pathway / presynaptic endocytosis / cell leading edge / clathrin-coated pit / terminal bouton / regulation of protein localization / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YFS / Chem-YFV / AP2-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Muckelbauer, J.K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery, Structure-Activity Relationships, and In Vivo Evaluation of Novel Aryl Amides as Brain Penetrant Adaptor Protein 2-Associated Kinase 1 (AAK1) Inhibitors for the Treatment of Neuropathic Pain.
著者: Hartz, R.A. / Ahuja, V.T. / Nara, S.J. / Kumar, C.M.V. / Brown, J.M. / Bristow, L.J. / Rajamani, R. / Muckelbauer, J.K. / Camac, D. / Kiefer, S.E. / Hunihan, L. / Gulianello, M. / Lewis, M. / ...著者: Hartz, R.A. / Ahuja, V.T. / Nara, S.J. / Kumar, C.M.V. / Brown, J.M. / Bristow, L.J. / Rajamani, R. / Muckelbauer, J.K. / Camac, D. / Kiefer, S.E. / Hunihan, L. / Gulianello, M. / Lewis, M. / Easton, A. / Lippy, J.S. / Surti, N. / Pattipati, S.N. / Dokania, M. / Elavazhagan, S. / Dandapani, K. / Hamman, B.D. / Allen, J. / Kostich, W. / Bronson, J.J. / Macor, J.E. / Dzierba, C.D.
履歴
登録2021年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP2-associated protein kinase 1
B: AP2-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9016
ポリマ－71,9562
非ポリマー9444
水19811
1
A: AP2-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3783
ポリマ－35,9781
非ポリマー3992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AP2-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5233
ポリマ－35,9781
非ポリマー5452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.514, 91.514, 172.145
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 AP2-associated protein kinase 1 / Adaptor-associated kinase 1


分子量: 35978.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aak1, Kiaa1048 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q3UHJ0, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-YFS / N-[3-methoxy-4-(1,3-oxazol-5-yl)phenyl]-D-leucinamide


分子量: 303.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N3O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-YFV / 5-[(4-aminopiperidin-1-yl)methyl]-N-{3-[5-(propan-2-yl)-1,3,4-thiadiazol-2-yl]phenyl}pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-4-amine


分子量: 448.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N8S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.9 M ammonium sulfate, 0.14 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, and 1% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→46.48 Å / Num. obs: 24933 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 76.94 Å2 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.092 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2458 / Rsym value: 0.514 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータ削減
d*TREK9.9.3Lデータスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 2.65→30.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9024 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8752 / SU R Cruickshank DPI: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.507 / SU Rfree Blow DPI: 0.321 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.326
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2988 1267 5.09 %RANDOM
Rwork0.265 ---
obs0.2668 24905 99.95 %-
原子変位パラメータBiso max: 138.8 Å2 / Biso mean: 59.96 Å2 / Biso min: 30.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5942 Å20 Å20 Å2
2--2.5942 Å20 Å2
3----5.1885 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.488 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→30.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4181 0 113 11 4305
Biso mean--55.57 48.05 -
残基数----565
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1391SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes95HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes688HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4372HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion590SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4728SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4372HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5986HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.23
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3472 116 4.2 %
Rwork0.2679 2647 -
all0.2714 2763 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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