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- PDB-7lvc: E. coli DHFR by Native Mn,P,S-SAD at Room Temperature -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lvc
タイトルE. coli DHFR by Native Mn,P,S-SAD at Room Temperature
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dihydrofolate Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FOLIC ACID / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Greisman, J.B. / Dalton, K.M. / Hekstra, D.R.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Searle Scholars ProgramSSP-2018-3240 米国
George W. Merck Fund in the New York Community Trust338034 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE1745303 米国
引用
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D
タイトル: Native SAD phasing at room temperature
著者: Greisman, J.B. / Dalton, K.M. / Sheehan, C.J. / Klureza, M.A. / Kurinov, I. / Hekstra, D.R.
履歴
登録2021年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5118
ポリマ－18,0511
非ポリマー1,4597
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.297, 45.552, 99.035
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18051.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸


分子量: 441.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 mM imadazole (pH 5.4-5.8), 16-21% PEG 400, 125 mM MnCl2
PH範囲: 5.4 - 5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Ambient temp details: ambient / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49.52 Å / Num. obs: 27966 / % possible obs: 85.52 % / 冗長度: 29.4 % / Biso Wilson estimate: 12.78 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1012 / Rpim(I) all: 0.01671 / Rrim(I) all: 0.1026 / Net I/σ(I): 30.18
反射 シェル解像度: 1.7→1.77 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2227 / Mean I/σ(I) obs: 4.42 / Num. unique obs: 720 / CC1/2: 0.945 / CC star: 0.986 / Rpim(I) all: 0.1143 / Rrim(I) all: 0.2512 / % possible all: 22.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALS3.1.4データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
AutoSol1.18.2_3874位相決定
PHENIX1.18.2_3874モデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→49.52 Å / SU ML: 0.1196 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 16.4225
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1719 1376 4.92 %
Rwork0.139 26590 -
obs0.1407 27966 85.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1270 0 85 106 1461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00521530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93342109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0591560
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.770.1663280.1656692X-RAY DIFFRACTION22.11
1.77-1.840.1877970.142110X-RAY DIFFRACTION67.55
1.84-1.920.17141290.13472597X-RAY DIFFRACTION83.36
1.92-2.020.18351180.12492904X-RAY DIFFRACTION91.88
2.02-2.150.19511750.13522949X-RAY DIFFRACTION95.59
2.15-2.310.18421660.12813035X-RAY DIFFRACTION97.95
2.31-2.550.16271430.14383060X-RAY DIFFRACTION98.71
2.55-2.910.18291460.13733104X-RAY DIFFRACTION98.87
2.92-3.670.17582040.14413049X-RAY DIFFRACTION99.6
3.67-49.520.14911700.14393090X-RAY DIFFRACTION99.33
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.575962697 Å / Origin y: 21.4047757535 Å / Origin z: 35.5768107525 Å
111213212223313233
T0.0326715003552 Å2-0.000117353696921 Å2-0.00823188052927 Å2-0.0454758860491 Å2-0.00807141520864 Å2--0.0395182220841 Å2
L0.817551282812 °20.216153636002 °2-0.0882851025547 °2-0.814519152635 °2-0.0811836610434 °2--0.777899409626 °2
S0.00130150490191 Å °0.0654853416154 Å °-0.00982396989333 Å °-0.00389785319831 Å °0.027223160895 Å °0.0785503286464 Å °0.00647845942123 Å °-0.0419747501988 Å °0.084187897695 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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