PDB-7luw: Structural studies about ScnTx neurotoxin using Solution NMR 2D and 3D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7luw

タイトル

Structural studies about ScnTx neurotoxin using Solution NMR 2D and 3D

要素

Short-chain neurotoxin

キーワード

NEUROPEPTIDE / toxins / neurotoxin / SCNTX

機能・相同性

CD59 / CD59 / Ribbon / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

del Rio-Portilla, F. / Lopez-Giraldo, A.E.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Three-Dimensional Structure of the Neurotoxin SCNTX
著者: del Rio-Portilla, F. / Lopez-Giraldo, A.E.

履歴

登録	2021年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7luw.cif.gz	453.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7luw.ent.gz	387.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7luw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7luw_validation.pdf.gz	411.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7luw_full_validation.pdf.gz	540.4 KB	表示
XML形式データ	7luw_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	7luw_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6prv-3 6u3l-d 6ui0-d 3irb-2 5qs3-d 5wbd-d 2rq5-d 4xy6-d 6uiy-d 6bek-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30867Structural studies about ScnTx neurotoxin using Solution NMR 2D and 3D

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Short-chain neurotoxin

8.71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 500	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Short-chain neurotoxin 分子量: 8711.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY
1	4	2	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	2	isotropic	1	3D 1H-15N TOCSY
1	8	2	isotropic	1	3D H(CCO)NH
1	7	2	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	6	2	isotropic	1	3D C(CO)NH
1	9	2	isotropic	1	3D HNCA
1	12	2	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	11	2	isotropic	1	3D HNCO
1	10	2	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	13	2	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	1 mM SCNTX NEUROTOXIN, 95% H2O/5% D2O	1H	95% H2O/5% D2O
solution	2	0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N, 1H] SCNTX NEUROTOXIN, 95% H2O/5% D2O	1H, 15N, 13C	95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	SCNTX NEUROTOXIN	natural abundance	1
0.7 mM	SCNTX NEUROTOXIN	[U-100% 13C; U-100% 15N, 1H]	2

試料状態

イオン強度: 0 Not defined / Label: 1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber	16	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman	精密化
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA	1.5	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
NMRFAM-SPARKY		Woonghee Lee, John L. Markley and John L. Markley	chemical shift assignment
CARA	1.5	Keller and Wuthrich	peak picking
TALOS	N	Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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