PDB-7luu: Kinetic and Structural Characterization of the First B3 Metallo-b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7luu

タイトル

Kinetic and Structural Characterization of the First B3 Metallo-beta-Lactamase with an Active Site Glutamic Acid

要素

Subclass B3 metallo-beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / antibiotic degradation

機能・相同性

Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Subclass B3 metallo-beta-lactamase

機能・相同性情報

生物種

Sphingobium indicum

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Wilson, L. / Knaven, E. / Morris, M.T. / Schenk, G.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2021
タイトル: Kinetic and Structural Characterization of the First B3 Metallo-beta-Lactamase with an Active-Site Glutamic Acid.
著者: Wilson, L.A. / Knaven, E.G. / Morris, M.T. / Monteiro Pedroso, M. / Schofield, C.J. / Bruck, T.B. / Boden, M. / Waite, D.W. / Hugenholtz, P. / Guddat, L. / Schenk, G.

履歴

登録	2021年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7luu.cif.gz	144.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7luu.ent.gz	97.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7luu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7luu_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7luu_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7luu_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	7luu_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3vpeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l84-d 5i0k-d 3fkh-3 4ewe-d 6xjk-d 1vh3-2 6h28-2 4ewd-d 6h1i-d 1qcg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Subclass B3 metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.640, 75.420, 56.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-464- HOH
2	1	A-682- HOH

#1: タンパク質	Subclass B3 metallo-beta-lactamase 分子量: 32451.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium indicum (strain DSM 16412 / CCM 7286 / MTCC 6364 / B90A) (バクテリア) 株: DSM 16412 / CCM 7286 / MTCC 6364 / B90A / 遺伝子: SIDU_11385 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1L5BQA7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: in 0.2 M LiSO4, 0.1 M Tris, pH 8.5, and 1.26 M NH4SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月16日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→48.19 Å / Num. obs: 31438 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.39 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 0.54 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1534 / CC_1/2: 0.902 / R_pim(I) all: 0.19 / R_rim(I) all: 0.697 / Χ²: 0.47 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VPE

3vpe

解像度: 1.68→48.19 Å / SU ML: 0.1255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.2054
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1697	2000	6.37 %
R_work	0.1414	29397	-
obs	0.1433	31397	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→48.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2003	0	143	290	2436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0197	2203
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5491	2950
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1113	301
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0109	378
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.2626	818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.72	0.1994	139	0.1722	2037	X-RAY DIFFRACTION	97.97
1.72-1.77	0.2121	140	0.1537	2056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.82	0.1811	140	0.1486	2062	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.88	0.1792	141	0.1361	2088	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.94	0.1497	142	0.1323	2073	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.02	0.1703	142	0.1289	2086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.11	0.1557	141	0.1361	2070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.22	0.1922	141	0.1334	2089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.36	0.1771	143	0.1427	2099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.55	0.2022	143	0.1459	2088	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.8	0.1819	143	0.1469	2116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.21	0.1671	144	0.143	2109	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-4.04	0.1629	147	0.1277	2168	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.04-48.19	0.1481	154	0.1516	2256	X-RAY DIFFRACTION	99.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.58161380564	-0.647916796464	-0.819444171843	1.97393834174	0.192188459901	2.32922289763	0.0497280071409	0.0670807487896	0.20173021658	-0.123920497681	0.0551660139969	-0.112094610561	-0.188883732313	0.107834016212	-0.0755186554064	0.129464279004	-0.0200618203153	-0.0167065784896	0.144938124363	-0.0112779414948	0.133420248234	18.3800706193	31.1710490068	18.4758356598
2	1.53551974837	-0.30576851884	-0.218527917695	2.06486029901	-0.422433582458	2.1864541624	-0.0435495344727	-0.117150809014	0.0687760568308	0.177423583125	0.0556974637884	0.0752584755922	-0.0640280666312	0.14541955082	-0.0562787738335	0.144134725131	0.0218325768338	0.00324255118365	0.137777546803	-0.00480442078881	0.141226248813	12.5114717071	28.310659803	25.5564557465
3	1.1527297599	-0.28751054915	-0.285088963577	1.14377355356	0.446031153586	1.58357115857	-0.0593907189371	-0.0286753732847	0.0625796366552	3.11435373378E-5	0.109954945066	-0.211844757366	-0.0555378682991	0.141442485079	-0.0522938097316	0.140570212514	0.0169168292445	-0.0117376239264	0.137097865146	-0.0111730819349	0.14924263664	19.656226178	28.2365545054	23.1184467913
4	1.00451153751	-0.0632112179406	0.151846106678	1.08631848367	0.498950701842	0.735419944395	-0.0318026124932	-0.0469484684696	-0.0319951139147	0.0958840816617	0.0704238282651	-0.10968611791	-0.00806287397476	0.130136378022	-0.030862585984	0.13606811229	0.0162244498722	-1.30396455111E-5	0.154129604249	0.00619676241422	0.153921598367	17.5024727958	20.8309596533	22.9551595068
5	2.3599064518	-0.178549833605	-0.298230714468	0.783759457846	-0.045349330464	1.57441943127	-0.0517177943592	0.0363433445173	-0.184531007003	0.00953413658509	0.0320628814004	0.0621574167703	0.144666527569	0.0428501338312	0.0056730143171	0.171685609418	0.0072071346964	-0.00429447103989	0.126150567162	-0.00722133695514	0.195905285199	11.0113637203	13.9729059767	15.9028795499
6	1.07616108542	0.123849227007	0.411160515831	1.15130680177	0.460914079206	2.68538641671	0.0108942137365	0.0666691052002	-0.0184157801321	0.0364714166295	0.061317354217	0.0969014334095	-0.021576300453	0.0165918455278	-0.105809348817	0.116852905359	-0.000652568073743	0.00235966602208	0.122879602042	0.0142058741845	0.17453853503	3.34397399539	22.6206281456	13.5155124175
7	1.87827230761	-1.1531846212	-1.82088099761	2.46020426788	1.86294924649	3.78496703165	-0.0600429453136	0.0657623653399	-0.220527027327	-0.115527091736	-0.185617312215	0.521880117419	-0.0126741392789	-0.268509435646	0.259404150442	0.179159178281	-0.0299587176322	-0.0444887182441	0.202419613049	-0.00448233338705	0.267794765684	-3.51114162181	16.7211852221	7.30442115128
8	0.847684202844	-0.553210866659	0.193881805662	0.939920624097	0.316650972499	0.867631740528	-0.0344135904736	-0.0401241405253	0.0120800915382	0.0475668396058	0.0590938418407	0.0610343903199	-0.0527641382332	-0.149030737084	-0.035603242102	0.171316207551	0.0253907099842	0.00482140554401	0.143110103968	0.014782365409	0.169657529866	1.10488619715	32.1931595145	18.6460289763
9	0.577560640207	0.358998364778	0.309027708053	1.84963601919	2.31338973677	6.01079334982	-0.142278712223	0.196313731858	0.0543152817106	-0.392476252286	0.0412325807919	0.292802587928	-0.569763513642	-0.0537628866779	0.0691847992071	0.21347709172	-0.0207218176053	-0.075519071186	0.197929038643	0.0393670614473	0.23110532434	-3.20760537302	26.245240931	0.182371492579

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 125 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 126 through 176 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 177 through 218 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 219 through 237 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 238 through 261 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 262 through 284 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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