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- PDB-7luu: Kinetic and Structural Characterization of the First B3 Metallo-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7luu
タイトルKinetic and Structural Characterization of the First B3 Metallo-beta-Lactamase with an Active Site Glutamic Acid
要素Subclass B3 metallo-beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / antibiotic degradation
機能・相同性: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / metal ion binding / Subclass B3 metallo-beta-lactamase
機能・相同性情報
生物種Sphingobium indicum
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Wilson, L. / Knaven, E. / Morris, M.T. / Schenk, G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1084778 オーストラリア
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2021
タイトル: Kinetic and Structural Characterization of the First B3 Metallo-beta-Lactamase with an Active-Site Glutamic Acid.
著者: Wilson, L.A. / Knaven, E.G. / Morris, M.T. / Monteiro Pedroso, M. / Schofield, C.J. / Bruck, T.B. / Boden, M. / Waite, D.W. / Hugenholtz, P. / Guddat, L. / Schenk, G.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subclass B3 metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,80427
ポリマ－32,4511
非ポリマー2,35326
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.640, 75.420, 56.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-464-

HOH

21A-682-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Subclass B3 metallo-beta-lactamase


分子量: 32451.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium indicum (strain DSM 16412 / CCM 7286 / MTCC 6364 / B90A) (バクテリア)
株: DSM 16412 / CCM 7286 / MTCC 6364 / B90A / 遺伝子: SIDU_11385 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1L5BQA7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: in 0.2 M LiSO4, 0.1 M Tris, pH 8.5, and 1.26 M NH4SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月16日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→48.19 Å / Num. obs: 31438 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 18.39 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.54 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1534 / CC1/2: 0.902 / Rpim(I) all: 0.19 / Rrim(I) all: 0.697 / Χ2: 0.47 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VPE

3vpe


解像度: 1.68→48.19 Å / SU ML: 0.1255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.2054
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1697 2000 6.37 %
Rwork0.1414 29397 -
obs0.1433 31397 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→48.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2003 0 143 290 2436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01972203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54912950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1113301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0109378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.2626818
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.68-1.720.19941390.17222037X-RAY DIFFRACTION97.97
1.72-1.770.21211400.15372056X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.820.18111400.14862062X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.880.17921410.13612088X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.940.14971420.13232073X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.020.17031420.12892086X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.110.15571410.13612070X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.220.19221410.13342089X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.360.17711430.14272099X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.550.20221430.14592088X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.80.18191430.14692116X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.210.16711440.1432109X-RAY DIFFRACTION100
3.21-4.040.16291470.12772168X-RAY DIFFRACTION99.96
4.04-48.190.14811540.15162256X-RAY DIFFRACTION99.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58161380564-0.647916796464-0.8194441718431.973938341740.1921884599012.329222897630.04972800714090.06708074878960.20173021658-0.1239204976810.0551660139969-0.112094610561-0.1888837323130.107834016212-0.07551865540640.129464279004-0.0200618203153-0.01670657848960.144938124363-0.01127794149480.13342024823418.380070619331.171049006818.4758356598
21.53551974837-0.30576851884-0.2185279176952.06486029901-0.4224335824582.1864541624-0.0435495344727-0.1171508090140.06877605683080.1774235831250.05569746378840.0752584755922-0.06402806663120.14541955082-0.05627877383350.1441347251310.02183257683380.003242551183650.137777546803-0.004804420788810.14122624881312.511471707128.31065980325.5564557465
31.1527297599-0.28751054915-0.2850889635771.143773553560.4460311535861.58357115857-0.0593907189371-0.02867537328470.06257963665523.11435373378E-50.109954945066-0.211844757366-0.05553786829910.141442485079-0.05229380973160.1405702125140.0169168292445-0.01173762392640.137097865146-0.01117308193490.1492426366419.65622617828.236554505423.1184467913
41.00451153751-0.06321121794060.1518461066781.086318483670.4989507018420.735419944395-0.0318026124932-0.0469484684696-0.03199511391470.09588408166170.0704238282651-0.10968611791-0.008062873974760.130136378022-0.0308625859840.136068112290.0162244498722-1.30396455111E-50.1541296042490.006196762414220.15392159836717.502472795820.830959653322.9551595068
52.3599064518-0.178549833605-0.2982307144680.783759457846-0.0453493304641.57441943127-0.05171779435920.0363433445173-0.1845310070030.009534136585090.03206288140040.06215741677030.1446665275690.04285013383120.00567301431710.1716856094180.0072071346964-0.004294471039890.126150567162-0.007221336955140.19590528519911.011363720313.972905976715.9028795499
61.076161085420.1238492270070.4111605158311.151306801770.4609140792062.685386416710.01089421373650.0666691052002-0.01841578013210.03647141662950.0613173542170.0969014334095-0.0215763004530.0165918455278-0.1058093488170.116852905359-0.0006525680737430.002359666022080.1228796020420.01420587418450.174538535033.3439739953922.620628145613.5155124175
71.87827230761-1.1531846212-1.820880997612.460204267881.862949246493.78496703165-0.06004294531360.0657623653399-0.220527027327-0.115527091736-0.1856173122150.521880117419-0.0126741392789-0.2685094356460.2594041504420.179159178281-0.0299587176322-0.04448871824410.202419613049-0.004482333387050.267794765684-3.5111416218116.72118522217.30442115128
80.847684202844-0.5532108666590.1938818056620.9399206240970.3166509724990.867631740528-0.0344135904736-0.04012414052530.01208009153820.04756683960580.05909384184070.0610343903199-0.0527641382332-0.149030737084-0.0356032421020.1713162075510.02539070998420.004821405544010.1431101039680.0147823654090.1696575298661.1048861971532.193159514518.6460289763
90.5775606402070.3589983647780.3090277080531.849636019192.313389736776.01079334982-0.1422787122230.1963137318580.0543152817106-0.3924762522860.04123258079190.292802587928-0.569763513642-0.05376288667790.06918479920710.21347709172-0.0207218176053-0.0755190711860.1979290386430.03936706144730.23110532434-3.2076053730226.2452409310.182371492579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 66 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 87 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 88 through 125 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 126 through 176 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 177 through 218 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 219 through 237 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 238 through 261 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 262 through 284 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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