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Yorodumi- PDB-7luu: Kinetic and Structural Characterization of the First B3 Metallo-b... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7luu | ||||||
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Title | Kinetic and Structural Characterization of the First B3 Metallo-beta-Lactamase with an Active Site Glutamic Acid | ||||||
Components | Subclass B3 metallo-beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / antibiotic degradation | ||||||
Function / homology | Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Subclass B3 metallo-beta-lactamase Function and homology information | ||||||
Biological species | Sphingobium indicum | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.68 Å | ||||||
Authors | Wilson, L. / Knaven, E. / Morris, M.T. / Schenk, G. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Antimicrob.Agents Chemother. / Year: 2021 Title: Kinetic and Structural Characterization of the First B3 Metallo-beta-Lactamase with an Active-Site Glutamic Acid. Authors: Wilson, L.A. / Knaven, E.G. / Morris, M.T. / Monteiro Pedroso, M. / Schofield, C.J. / Bruck, T.B. / Boden, M. / Waite, D.W. / Hugenholtz, P. / Guddat, L. / Schenk, G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7luu.cif.gz | 144.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7luu.ent.gz | 97.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7luu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7luu_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7luu_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 7luu_validation.xml.gz | 16.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7luu_validation.cif.gz | 25.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vpeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32451.100 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sphingobium indicum (strain DSM 16412 / CCM 7286 / MTCC 6364 / B90A) (bacteria) Strain: DSM 16412 / CCM 7286 / MTCC 6364 / B90A / Gene: SIDU_11385 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A1L5BQA7 | ||||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: in 0.2 M LiSO4, 0.1 M Tris, pH 8.5, and 1.26 M NH4SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.95372 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 16, 2020 |
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95372 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.68→48.19 Å / Num. obs: 31438 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 18.39 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.54 / Net I/σ(I): 20.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.68→1.71 Å / Redundancy: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1534 / CC1/2: 0.902 / Rpim(I) all: 0.19 / Rrim(I) all: 0.697 / Χ2: 0.47 / % possible all: 97.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VPE Resolution: 1.68→48.19 Å / SU ML: 0.1255 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 15.2054 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.68→48.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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