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- PDB-7luj: Burkholderia pseudomallei Disulfide bond forming protein A (DsbA)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7luj
タイトルBurkholderia pseudomallei Disulfide bond forming protein A (DsbA) liganded with fragment 4-methoxy-N-phenylbenzenesulfonamide
要素Thiol:disulfide interchange protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / BpsDsbA / Fragment / cryptic-pocket
機能・相同性
機能・相同性情報


disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-methoxy-~{N}-phenyl-benzenesulfonamide / Thiol:disulfide interchange protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Petit, G.A. / Martin, J.L. / McMahon, R.M.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Other privateRamaciotti health investment grant- 2017HIG0094 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1099151 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1144046 オーストラリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Identification and characterization of two drug-like fragments that bind to the same cryptic binding pocket of Burkholderia pseudomallei DsbA.
著者: Petit, G.A. / Mohanty, B. / McMahon, R.M. / Nebl, S. / Hilko, D.H. / Wilde, K.L. / Scanlon, M.J. / Martin, J.L. / Halili, M.A.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein
B: Thiol:disulfide interchange protein
C: Thiol:disulfide interchange protein
D: Thiol:disulfide interchange protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7117
ポリマ－88,0884
非ポリマー6233
水4,197233
1
A: Thiol:disulfide interchange protein


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, Only 2 ligands bind the four protein chains across two different binding site on the protein surface. The first binding site present on chain A, B and D is found near ...根拠: NMR relaxation study, Only 2 ligands bind the four protein chains across two different binding site on the protein surface. The first binding site present on chain A, B and D is found near Y110. The second binding site is only visible on chain C and found close to C43 in the active site
  • 22 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0221
ポリマ－22,0221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thiol:disulfide interchange protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2852
ポリマ－22,0221
非ポリマー2631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Thiol:disulfide interchange protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1182
ポリマ－22,0221
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Thiol:disulfide interchange protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2852
ポリマ－22,0221
非ポリマー2631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.380, 59.446, 105.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.862, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 10 through 11 or (resid 12...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 10 through 11 or (resid 12...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 10 through 42 or resid 44...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 10 through 11 or (resid 12...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAGLYA2 - 34
d_12ens_1PROPROA36
d_13ens_1TYRILEA39 - 45
d_14ens_1ALAPHEA47 - 65
d_15ens_1ASPTYRA67 - 146
d_16ens_1ILETHRA148 - 167
d_17ens_1SERLEUA169 - 189
d_21ens_1ALAGLYB1 - 33
d_22ens_1PROPROB35
d_23ens_1TYRILEB38 - 44
d_24ens_1ALAPHEB46 - 64
d_25ens_1ASPTYRB66 - 145
d_26ens_1ILETHRB147 - 166
d_27ens_1SERLEUB168 - 188
d_31ens_1ALAGLYC1 - 33
d_32ens_1PROPROC35
d_33ens_1TYRILEC38 - 44
d_34ens_1ALAPHEC46 - 64
d_35ens_1ASPTYRC66 - 145
d_36ens_1ILETHRC147 - 166
d_37ens_1SERLEUC168 - 188
d_41ens_1ALAGLYD4 - 36
d_42ens_1PROPROD38
d_43ens_1TYRILED41 - 47
d_44ens_1ALAPHED49 - 67
d_45ens_1ASPTYRD69 - 148
d_46ens_1ILETHRD150 - 169
d_47ens_1SERLEUD171 - 191

-
要素

#1: タンパク質
Thiol:disulfide interchange protein


分子量: 22022.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The 3 first amino acids are leftover from TEV scar.
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain K96243) (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: dsbA, BPSL0381 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63Y08
#2: 化合物 ChemComp-YCY / 4-methoxy-~{N}-phenyl-benzenesulfonamide / N-フェニル-4-メトキシベンゼンスルホンアミド


分子量: 263.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: Long needles
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5 0.2M Li2SO4 29.5% PEG3350 Large excess of 4-methoxy-N-phenylbenzenesulfonamide Protein concentrated to 33 mgml-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→46.75 Å / Num. obs: 36537 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 45.07 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1723 / Rpim(I) all: 0.0722 / Rrim(I) all: 0.1871 / Χ2: 0.48 / Net I/σ(I): 6.88
反射 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.358 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 2835 / CC1/2: 0.573 / CC star: 0.854 / Rpim(I) all: 0.5915 / Rrim(I) all: 1.485 / Χ2: 0.25 / % possible all: 77.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K2D

4k2d


解像度: 2.31→46.75 Å / SU ML: 0.339 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.5596
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Refinement conducted by alternating between automated refinement cycles with Phenix and manually with coot. Phenix reinfement was conducted using geometry and ADP weight optimisation, TLS (3 ...詳細: Refinement conducted by alternating between automated refinement cycles with Phenix and manually with coot. Phenix reinfement was conducted using geometry and ADP weight optimisation, TLS (3 groups per chain, residues N-term-70, 71-137,138-197); ligand occupancy was also set to 0.5 and occupancy refinement was used to find the optimal occupancy.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2599 1785 5.01 %RANDOM
Rwork0.2276 33868 --
obs0.2263 35652 97.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→46.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5844 0 41 233 6118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58658431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044916
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4162195
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.443154685124
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.552648365674
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.508730706127
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.380.35671020.33382149X-RAY DIFFRACTION80.42
2.38-2.450.32331270.29712575X-RAY DIFFRACTION97.47
2.45-2.520.30771350.29332610X-RAY DIFFRACTION98
2.52-2.610.31461480.2882612X-RAY DIFFRACTION98.64
2.61-2.720.32771590.28482590X-RAY DIFFRACTION98.81
2.72-2.840.28281430.27032653X-RAY DIFFRACTION98.87
2.84-2.990.31971170.26352655X-RAY DIFFRACTION99.07
2.99-3.180.27911230.26962656X-RAY DIFFRACTION99.07
3.18-3.430.27251730.23972596X-RAY DIFFRACTION98.86
3.43-3.770.23421440.20552656X-RAY DIFFRACTION99.08
3.77-4.320.20351370.18252678X-RAY DIFFRACTION99.33
4.32-5.440.22451170.17462708X-RAY DIFFRACTION99.44
5.44-46.750.22651600.20132730X-RAY DIFFRACTION99.18
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.70666504101-1.405596929850.2856849247675.658836342981.556346273074.548157103960.1645322841980.1678921093120.144843092308-0.605841939309-0.206614692631-0.0319974417262-0.0276946273858-0.2979685399180.0187033109020.3296693867340.003507033882820.0006054516337470.3316709220530.03891297884770.335575780365-11.8157564299-3.6767726414741.8160470015
22.990853992830.00660642624184-1.489892260717.955985422451.758945130622.866386512140.228963373209-0.278701581403-0.02117804822760.557506490662-0.1957337742640.1429348479990.164261146899-0.242029052814-0.008800299912170.297616187625-0.119100578944-0.01667461077680.378325830652-0.02031665435210.321098939384-8.71646563668-3.8790047885162.453666564
32.00772816314-0.862386874246-0.2725970316783.20347493884-0.1184105169995.634447935850.1311252270560.28534044681-0.0490462323626-0.696947943531-0.07781798437440.09562461101440.03317682592340.214797745785-0.06813961535020.4003690802750.0522582867659-0.03294080450980.340329554639-0.01474979923730.31262152267519.82750835284.6352360508341.9219589921
43.091783462180.5218828861250.9330681162948.63249753711-0.3592587653875.548247180120.120546376204-0.1559919809080.09451130369650.374987764622-0.157368487397-0.366758904319-0.01157648883680.3618628243070.001340771267890.215714542955-0.041166231358-0.01376023654660.3364761037830.01887506289660.33714017865516.52543200674.7062457450662.412617202
50.742907394437-0.387095083412-0.59661795613.687671937553.167132892675.620619459180.115506116580.17626099932-0.0901500720738-0.483196637019-0.1605669485460.330912569562-0.285798565869-0.1934247459330.0150148202980.371416635440.0304437589126-0.1175914571980.3478017889610.02621914971160.38344557002716.74436597027.9331632115239.9780153089
62.697419737971.433788047290.5176288654349.38969578814-0.03870731621795.9922584762-0.0285964304315-0.41330163595-0.1532713407820.542806690828-0.00749891583065-0.279928882304-0.3125042856890.4546629709210.05944190694080.4330694324050.0278300245033-0.02482953751590.437014970330.00331570778370.3571949019694.66409180547-11.32264928997.52143707473
75.753750388630.239685349164-0.006388314636558.887783143860.8462408749945.39585040916-0.0623979334330.478679578762-0.526571162129-1.34203301633-0.1229607463710.356919370261-0.03330122664530.1357679671510.1899909733890.617965927521-0.002736589642820.01053695393110.436778224865-0.0757267503550.389391698798-0.432724545658-11.5131241801-12.5993106846
81.15275251264-0.6540502152330.2852047031637.57164942474-3.352162060275.443124706420.215666631467-0.1215447457020.00731921173220.895182876722-0.178150907941-0.775618550849-0.5169764288160.69042545408-0.04279610035950.478677572069-0.109381889193-0.07888017465310.43675113123-0.05584931974570.5215042880798.17123306891-7.985897284138.15478543226
94.692681327911.869507092442.48660374024.75743544661.359730668026.798933901610.1145363568-0.115088917222-0.09428727149150.4137149358420.0427075110839-0.3438121915960.2402203123340.488842747607-0.1022681545440.4472232990970.04629572143260.05503880546790.436490167176-0.02956434207380.402464490736.5274764022-22.44419088059.55172731629
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 9 through 70 )AA9 - 701 - 62
22chain 'A' and (resid 71 through 137 )AA71 - 13763 - 129
33chain 'B' and (resid 10 through 70 )BB10 - 701 - 61
44chain 'B' and (resid 71 through 137)BB71 - 13762 - 128
55chain 'B' and (resid 138 through 197 )BB138 - 197129 - 188
66chain 'C' and (resid 10 through 70 )CC10 - 701 - 61
77chain 'C' and (resid 71 through 137 )CC71 - 13762 - 128
88chain 'C' and (resid 138 through 197 )CC138 - 197129 - 188
99chain 'D' and (resid 7 through 70 )DD7 - 701 - 64
1010chain 'D' and (resid 71 through 137 )DD71 - 13765 - 131
1111chain 'A' and (resid 138:197)AA138 - 197130 - 189
1212chain 'D' and (resid 138:197)DD138 - 197132 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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