PDB-7lu2: X-ray radiation damage series on Proteinase K at 100K, crystal st...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lu2

タイトル

X-ray radiation damage series on Proteinase K at 100K, crystal structure, dataset 6

要素

Proteinase K

キーワード

HYDROLASE / radiation damage / conformational heterogeneity / protease

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Parengyodontium album (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.11 Å

データ登録者

Yabukarski, F. / Doukov, T. / Herschlag, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Evaluating the impact of X-ray damage on conformational heterogeneity in room-temperature (277 K) and cryo-cooled protein crystals.
著者: Yabukarski, F. / Doukov, T. / Mokhtari, D.A. / Du, S. / Herschlag, D.

履歴

登録	2021年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lu2.cif.gz	229.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lu2.ent.gz	156.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lu2_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lu2_full_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示
XML形式データ	7lu2_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	7lu2_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7lu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7lu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lfgC 7ljvC 7ljwC 7ljzC 7lk5C 7lk6C 7llpC 7ln7C 7ln8C 7ln9C 7lnbC 7lncC 7lndC 7loqC 7lorC 7lp6C 7lplC 7lpmC 7lptC 7lpuC 7lpvC 7lq8C 7lq9C 7lqaC 7lqbC 7lqcC 7ltdSC 7ltiC 7ltvC 7lu0C 7lu1C 7lu3C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Proteinase K

ヘテロ分子

29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.764, 67.764, 101.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-544- HOH

#1: タンパク質	Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y
配列の詳細	the residue at position 207 was modeled as aspartate instead of serine because the electron density ...the residue at position 207 was modeled as aspartate instead of serine because the electron density unambiguously indicates an aspartate at this position. This is consistent with other high-resolution crystal structures with aspartate at this position

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of ...詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of precipitant solution (0.5 M Sodium Nitrate).

結晶

マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.98 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.88557 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.11→40.67 Å / Num. obs: 93937 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.11→1.13 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 2.412 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4609 / R_pim(I) all: 0.941 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LTD

7ltd

解像度: 1.11→33.88 Å / SU ML: 0.1175 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4692
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1729	4519	4.84 %
R_work	0.1446	88795	-
obs	0.1459	93314	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.11→33.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2032	0	13	292	2337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	2582
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8888	3554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0786	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	495
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9229	937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.11-1.12	0.3248	125	0.3222	2479	X-RAY DIFFRACTION	84.38
1.12-1.14	0.3021	166	0.2862	2917	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.14-1.15	0.2844	171	0.2703	2878	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.15-1.16	0.2422	156	0.2532	2935	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.16-1.18	0.2573	145	0.2463	2926	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.18-1.2	0.2618	150	0.2507	2933	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.2-1.21	0.294	142	0.2354	2972	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.21-1.23	0.2479	165	0.232	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.25	0.2651	133	0.2231	2953	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.25-1.27	0.2463	168	0.2078	2928	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.27-1.29	0.213	121	0.1972	2974	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.29-1.32	0.2229	153	0.1806	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.34	0.2027	163	0.1693	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.37	0.1758	147	0.1622	2957	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.37-1.4	0.2185	151	0.1734	2937	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.4-1.43	0.1931	149	0.1453	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.47	0.1553	131	0.1357	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.47-1.51	0.1677	136	0.1297	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.55	0.1865	157	0.1192	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.6	0.1688	160	0.1202	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.6-1.66	0.1463	137	0.1189	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.72	0.1642	132	0.1261	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.8	0.1737	130	0.1265	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.9	0.1637	171	0.1293	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-2.02	0.1356	173	0.124	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.17	0.1692	161	0.1241	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.39	0.1398	165	0.1247	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.74	0.151	149	0.1309	3059	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.74-3.45	0.1762	156	0.1329	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-33.88	0.1625	156	0.1477	3274	X-RAY DIFFRACTION	99.97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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