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- PDB-7ltt: SAMHD1(113-626) H206R D207N R366C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ltt
タイトルSAMHD1(113-626) H206R D207N R366C
要素Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
キーワードHYDROLASE / dNTPase / tetramer / mutant / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / RNA nuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / Interferon alpha/beta signaling / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / defense response to virus / protein homotetramerization / nucleic acid binding / immune response / innate immune response / DNA damage response / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / HD domain profile. / HD domain / HD domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / Sterile alpha motif. / HD/PDEase domain / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Temple, J.T. / Bowen, N.E.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI136737 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI136581 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150451 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA254403 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124165 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural and functional characterization explains loss of dNTPase activity of the cancer-specific R366C/H mutant SAMHD1 proteins.
著者: Bowen, N.E. / Temple, J. / Shepard, C. / Oo, A. / Arizaga, F. / Kapoor-Vazirani, P. / Persaud, M. / Yu, C.H. / Kim, D.H. / Schinazi, R.F. / Ivanov, D.N. / Diaz-Griffero, F. / Yu, D.S. / Xiong, Y. / Kim, B.
履歴
登録2021年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,56516
ポリマ－247,4114
非ポリマー4,15512
水11,007611
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25430 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area68400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.926, 140.105, 97.193
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 113 - 599 / Label seq-ID: 22 - 508

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM domain and HD domain-containing protein 1 / hSAMHD1


分子量: 61852.688 Da / 分子数: 4 / 変異: H206R, D207N, R366C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.2
詳細: PEG 1500, dGTP, SPG buffer, sodium chloride, magnesium chloride, TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 153730 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.311 / Num. unique obs: 7144 / CC1/2: 0.297 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.54 Å41.32 Å
Translation7.54 Å41.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BZB

4bzb


解像度: 1.9→39.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 11.235 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2116 7738 5 %RANDOM
Rwork0.1775 ---
obs0.1792 145958 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 152.1 Å2 / Biso mean: 46.08 Å2 / Biso min: 17.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å2-0 Å20.09 Å2
2--0.73 Å2-0 Å2
3----1.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→39.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15712 0 252 611 16575
Biso mean--30.44 46.48 -
残基数----1924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01316519
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01715523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.64922358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3891.58635829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.94351954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.13722.354926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.969152944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.87715111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.22099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023839
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A160050.1
12B160050.1
21A160720.09
22C160720.09
31A161510.09
32D161510.09
41B160510.09
42C160510.09
51B161380.09
52D161380.09
61C162230.08
62D162230.08
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.948 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 598 -
Rwork0.351 10311 -
obs--94.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3415-0.0111-0.10510.23910.15710.1392-0.0041-0.0393-0.01440.02440.0306-0.03370.03480.0631-0.02650.09180.0436-0.00410.156-0.01850.089124.259-4.40743.22
20.12830.0204-0.01680.0450.07760.4274-0.0270.1276-0.0244-0.0408-0.04960.0433-0.0435-0.11720.07660.10830.0426-0.06420.221-0.07950.0772-13.9613.08611.168
30.2501-0.0754-0.10340.12480.17810.2543-0.01980.14620.0573-0.10430.072-0.0361-0.14810.1112-0.05210.1971-0.07780.03170.26720.02370.019719.94414.7499.383
40.12340.0054-0.00270.21660.00180.04340.0217-0.04140.05680.0235-0.07050.09740.0322-0.00280.04880.073-0.00890.02330.1136-0.03950.1538-9.0557.62249.938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A113 - 599
2X-RAY DIFFRACTION1A701
3X-RAY DIFFRACTION1C701 - 702
4X-RAY DIFFRACTION2B113 - 599
5X-RAY DIFFRACTION2C703 - 704
6X-RAY DIFFRACTION2D800
7X-RAY DIFFRACTION3C113 - 599
8X-RAY DIFFRACTION3A702
9X-RAY DIFFRACTION3B701 - 702
10X-RAY DIFFRACTION4D113 - 599
11X-RAY DIFFRACTION4A703 - 704
12X-RAY DIFFRACTION4B703

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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