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万見
- PDB-7lru: Crystal structure of SFPQ-NONO-SFPQ chimeric protein homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lru
タイトルCrystal structure of SFPQ-NONO-SFPQ chimeric protein homodimer
要素Splicing factor, proline- and glutamine-rich,Isoform 2 of Non-POU domain-containing octamer-binding protein,Isoform Short of Splicing factor, proline- and glutamine-rich
キーワードRNA BINDING PROTEIN / DBHS Protein / Nuclear Protein / Nucleic Acid Binding / Paraspeckle Formation
機能・相同性
機能・相同性情報


PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / negative regulation of circadian rhythm / alternative mRNA splicing, via spliceosome / Suppression of apoptosis / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / paraspeckles / activation of innate immune response / RNA splicing / double-strand break repair via homologous recombination ...PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / negative regulation of circadian rhythm / alternative mRNA splicing, via spliceosome / Suppression of apoptosis / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / paraspeckles / activation of innate immune response / RNA splicing / double-strand break repair via homologous recombination / regulation of circadian rhythm / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / fibrillar center / circadian rhythm / mRNA processing / rhythmic process / chromosome / DNA recombination / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / chromatin remodeling / innate immune response / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
p54nrb, RNA recognition motif 1 / PSF, RNA recognition motif 1 / PSF, NOPS domain / NOPS / NOPS (NUC059) domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...p54nrb, RNA recognition motif 1 / PSF, RNA recognition motif 1 / PSF, NOPS domain / NOPS / NOPS (NUC059) domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing factor, proline- and glutamine-rich / Non-POU domain-containing octamer-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Mohnen, I. / Knott, G.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1147496 オーストラリア
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SFPQ-NONO-SFPQ chimeric protein homodimer
著者: Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Mohnen, I. / Knott, G.J.
履歴
登録2021年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Splicing factor, proline- and glutamine-rich,Isoform 2 of Non-POU domain-containing octamer-binding protein,Isoform Short of Splicing factor, proline- and glutamine-rich


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0841
ポリマ－30,0841
非ポリマー00
水3,837213
1
B: Splicing factor, proline- and glutamine-rich,Isoform 2 of Non-POU domain-containing octamer-binding protein,Isoform Short of Splicing factor, proline- and glutamine-rich

B: Splicing factor, proline- and glutamine-rich,Isoform 2 of Non-POU domain-containing octamer-binding protein,Isoform Short of Splicing factor, proline- and glutamine-rich


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1682
ポリマ－60,1682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area9040 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area26820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.665, 107.162, 68.305
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Splicing factor, proline- and glutamine-rich,Isoform 2 of Non-POU domain-containing octamer-binding protein,Isoform Short of Splicing factor, proline- and glutamine-rich / 100 kDa DNA-pairing protein / hPOMp100 / DNA-binding p52/p100 complex / 100 kDa subunit / ...100 kDa DNA-pairing protein / hPOMp100 / DNA-binding p52/p100 complex / 100 kDa subunit / Polypyrimidine tract-binding protein-associated-splicing factor / PSF / PTB-associated-splicing factor / NonO protein


分子量: 30084.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFPQ, PSF, NONO, NRB54 / プラスミド: pCDF-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: P23246, UniProt: Q15233
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15%(v/v) Jeffamine ED-2003, 10% EtOH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月10日
放射モノクロメーター: SILICON DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.38 Å / Num. obs: 36031 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 32.66 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 468399 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.638.72.111547017860.5680.7462.2431100
8.76-45.3811.40.03329072550.9990.010.0356398.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.38 Å42.16 Å
Translation5.38 Å42.16 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wii

4wii


解像度: 1.6→32.42 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 1842 5.12 %
Rwork0.2184 34144 -
obs0.2204 35986 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.82 Å2 / Biso mean: 46.0567 Å2 / Biso min: 24.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→32.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 0 213 2262
Biso mean---48.47 -
残基数----255
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.6-1.640.40551500.372725722722
1.64-1.690.38651440.335625872731
1.69-1.750.35851520.305626032755
1.75-1.810.43281280.333925972725
1.81-1.880.42481420.313925962738
1.88-1.970.33291280.296526192747
1.97-2.070.27771320.25626232755
2.07-2.20.29531300.258226272757
2.2-2.370.28251250.247926212746
2.37-2.610.2811520.241826272779
2.61-2.990.24411650.241626312796
2.99-3.760.25881480.201426602808
3.76-32.420.19611460.168327812927
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.88520.80360.18137.6491-0.43088.71940.0329-0.104-0.21670.051-0.10670.25450.2728-0.15480.06410.24540.05020.03950.1709-0.00260.2291-20.11490.535714.5427
24.4483-0.551.52056.7483-2.76324.16720.19720.207-0.2233-0.1082-0.1382-0.07560.46330.4894-0.05910.31480.1105-0.03570.3031-0.04160.1917-37.081320.08820.669
30.5604-0.52921.23810.8807-1.27033.83640.16150.0101-0.1328-0.1566-0.0276-0.01250.41490.0648-0.150.2395-0.03680.0290.2987-0.01920.3688-36.449930.512321.2293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 281 through 371 )B281 - 371
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 372 through 445 )B372 - 445
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 446 through 535 )B446 - 535

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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