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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lrr | |||||||||
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タイトル | Co-bound crystal structure of the engineered cyt cb562 variant, DiCyt2, crystallized in the presence of Cu(II) (M1) and Co(II) (M2) | |||||||||
![]() | Soluble cytochrome b562 | |||||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Metal selectivity / Irving-Williams series | |||||||||
機能・相同性 | ![]() electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Choi, T.S. / Tezcan, F.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Overcoming universal restrictions on metal selectivity by protein design. 著者: Choi, T.S. / Tezcan, F.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11915.375 Da / 分子数: 2 / 変異: D60H, I67H, Q71H, T96C, T97H, A100H, K104H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG1500 25%, NaCl 200 mM, pH 8 EPPS 100 mM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.59 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→44.27 Å / Num. obs: 17578 / % possible obs: 98.54 % / 冗長度: 30.2 % / Biso Wilson estimate: 16.99 Å2 / CC1/2: 0.883 / CC star: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.8529 / Rpim(I) all: 0.156 / Rrim(I) all: 0.8678 / Net I/σ(I): 14.77 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.958 Å / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.9726 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1611 / CC1/2: 0.417 / CC star: 0.767 / Rpim(I) all: 0.156 / Rrim(I) all: 0.8678 / % possible all: 92.48 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2bc5 解像度: 1.89→44.27 Å / SU ML: 0.2187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.2246 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→44.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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