PDB-7lr8: Crystal structure of GH5_18-E153A from Streptomyces cattleya in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lr8

タイトル

Crystal structure of GH5_18-E153A from Streptomyces cattleya in complex with Manb1-4GlcNAc

要素

Uncharacterized protein ScGH5_18

キーワード

HYDROLASE / Glycosidase / N-glycan / CAZyme

機能・相同性

Glycoside hydrolase superfamily / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / Glycosyl hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces cattleya (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Higgins, M.A. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: N-Glycan Degradation Pathways in Gut- and Soil-Dwelling Actinobacteria Share Common Core Genes.
著者: Higgins, M.A. / Tegl, G. / MacDonald, S.S. / Arnal, G. / Brumer, H. / Withers, S.G. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2021年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7lr8.ent.gz	288.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7lr8_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lr8_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7lr8_validation.xml.gz	39.7 KB	表示
CIF形式データ	7lr8_validation.cif.gz	60.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lqxC 7lr1C 7lr2C 7lr6C 7lr7SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lr6-1 7lr7-1 7lr1-1 7lr2-1 4zb9-d 2jiu-d 3sdr-d 2vme-2 1zjc-1 6mpc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein ScGH5_18

B: Uncharacterized protein ScGH5_18

ヘテロ分子

97.2 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.869, 76.455, 79.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.240, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Uncharacterized protein ScGH5_18

分子量: 47858.348 Da / 分子数: 2 / 変異: E153A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces cattleya (strain ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057) (バクテリア)
株: ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057
遺伝子: SCATT_p07120 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F8JJ04

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 836分子

#3: 化合物	ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / APV 分子量: 134.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 28% PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→38.98 Å / Num. obs: 106029 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.13 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5114 / CC_1/2: 0.935

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LR7

7lr7

解像度: 1.6→38.98 Å / SU ML: 0.1727 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7933 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1906	5393	5.09 %
R_work	0.1617	100491	-
obs	0.1632	105884	98.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6410	0	98	829	7337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	6842
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8256	9402
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1021
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	1248
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.5543	6006

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.3861	161	0.3323	3170	X-RAY DIFFRACTION	94.15
1.62-1.64	0.2949	178	0.2873	3387	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.64-1.66	0.29	152	0.2705	3343	X-RAY DIFFRACTION	98.53
1.66-1.68	0.2703	155	0.2631	3368	X-RAY DIFFRACTION	98.41
1.68-1.7	0.3087	186	0.2474	3377	X-RAY DIFFRACTION	98.75
1.7-1.72	0.2555	196	0.235	3261	X-RAY DIFFRACTION	98.41
1.72-1.75	0.2578	206	0.2263	3341	X-RAY DIFFRACTION	98.64
1.75-1.77	0.2498	147	0.213	3420	X-RAY DIFFRACTION	98.37
1.77-1.8	0.219	186	0.2056	3282	X-RAY DIFFRACTION	98.44
1.8-1.83	0.2336	180	0.1995	3347	X-RAY DIFFRACTION	98.3
1.83-1.86	0.2208	190	0.1919	3370	X-RAY DIFFRACTION	98.4
1.86-1.9	0.2396	211	0.1895	3291	X-RAY DIFFRACTION	98.56
1.9-1.93	0.2464	197	0.2073	3289	X-RAY DIFFRACTION	97.54
1.93-1.97	0.2338	179	0.1932	3217	X-RAY DIFFRACTION	95.21
1.97-2.02	0.2119	203	0.1722	3330	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.02-2.06	0.1907	212	0.1672	3343	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.06-2.11	0.2391	178	0.164	3339	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.11-2.17	0.2265	194	0.162	3404	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.17-2.24	0.2133	179	0.1624	3363	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.24-2.31	0.1897	154	0.1608	3414	X-RAY DIFFRACTION	98.51
2.31-2.39	0.1806	168	0.1562	3334	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.39-2.49	0.1886	169	0.1511	3380	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.49-2.6	0.2113	153	0.1557	3369	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.6-2.74	0.1719	146	0.159	3386	X-RAY DIFFRACTION	97.54
2.74-2.91	0.1955	165	0.155	3291	X-RAY DIFFRACTION	96.35
2.91-3.13	0.1565	204	0.1542	3389	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.13-3.45	0.1616	228	0.1399	3366	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.45-3.95	0.1288	140	0.1253	3454	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.95-4.97	0.1397	188	0.1144	3404	X-RAY DIFFRACTION	98.46
4.97-38.98	0.1768	188	0.1532	3462	X-RAY DIFFRACTION	98.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.88022601473	-0.681323934427	0.245615622627	0.704264498429	-0.0056342708842	0.95340875175	0.00717218470631	-0.223067212822	-0.31284908812	0.0476046592044	0.0927879463537	0.126841798237	0.18008265525	-0.221417663522	-0.0795684220222	0.148925492069	-0.0328124755112	9.20010012646E-5	0.185362268569	0.0480925216446	0.163038993363	-2.87645719768	29.9497656355	24.3115577492
2	4.00201718172	0.279134195935	-0.471209674943	0.912575008196	-0.427756757511	1.91066305587	-0.119018147979	-0.480646407315	-0.0786201848226	0.125458213939	0.178038041071	0.0631096184658	0.144705967713	-0.0459539158517	-0.0368284882335	0.150159289111	0.050576852145	0.00802951409144	0.20615798563	0.0392334612126	0.120371051223	8.6172897002	31.2403941005	35.0890750668
3	3.13226673149	0.269246719633	-1.02939428804	2.34094225602	-2.78552402261	6.22504538493	0.0533198277124	-0.0750680379586	-0.0474838342854	0.0226677802877	-0.0476074546545	-0.123558870566	0.0272710304215	0.473291963171	0.0176049535403	0.134374143786	0.0376555213016	-0.0200046217191	0.119304666828	-0.0306021744984	0.135648556601	23.3346102336	32.7720077894	27.7081475083
4	2.00566508404	-0.172348333024	0.214479234501	2.23627782522	-1.34047018919	3.99065991538	0.0184183915148	-0.076970318613	-0.243954465068	0.0720583106519	-0.00490244183871	-0.0543756408708	0.219161447115	0.276574134916	0.0345910920387	0.146161651938	0.0382641866718	-0.0262219491032	0.107637076921	-0.00710259629344	0.151973985823	19.6351801037	25.5624146205	24.2780484528
5	2.19642490663	-1.42702471171	0.748426684473	2.78200107304	-1.4238341163	1.52387172395	0.0824861357868	0.287424340618	-0.252478282606	-0.166852503848	0.00813162680193	0.121908372026	0.182383824696	-0.0570702989443	-0.0772484878973	0.134501539477	0.00986035557149	-0.00116266585251	0.124354841001	-0.0297274584123	0.138810892983	10.7421532141	29.1750645336	12.4783295016
6	1.81534603953	-0.740683952913	2.0733824777	2.07302516899	-1.1444857338	3.71230435415	0.385445548906	-0.0746744298437	-0.561857424645	0.00146328644782	0.170679962631	0.0225317624291	0.971385462897	0.0451896032637	-0.528090745981	0.236476130353	0.0542229698612	-0.0325602134673	0.253150119305	0.0192550321499	0.337453095378	23.2147826376	17.0145911716	25.6386184816
7	1.58272741645	-1.50745833078	-0.0044606495007	4.55327067848	1.76986816716	3.29849883615	-0.30112338358	-0.369101568007	0.208711164644	0.335915218578	0.161507538952	-0.170830819831	-0.0464226182672	0.0747716698279	0.12372387528	0.196624741815	0.0591266114308	-0.0445956827522	0.215625152095	-0.043072002783	0.141279045346	23.664948548	36.5385690704	38.2937132186
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9	3.7379561668	-0.337357378686	0.401977912371	0.476059604367	0.110147706389	0.952791884217	0.0674922502258	0.0979756052065	-0.132482571924	-0.0480227444675	-0.0696908043947	0.0985162093023	0.0491199485221	-0.208775270531	0.00413652317247	0.148733316886	-0.00242576522873	0.00197911423458	0.232612384768	-0.0153139898384	0.126307716099	-22.250893836	42.4412968242	7.97268843109
10	2.16527143814	-0.473204616144	0.313487459939	0.614725152962	-0.0541556724233	0.771921768991	0.00350539562694	0.146762470388	0.249323369652	-0.0282427553163	-0.0291869385653	-0.034055865344	-0.123776319287	-0.0491877534425	0.0218120330915	0.140959959739	0.0264124216613	0.0290399132326	0.1737339178	0.00944959492132	0.138276254657	-11.1048488299	55.7823429748	7.99593133627
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 13 through 187 )	A	A	13 - 187	13 - 187
2	2	chain 'A' and (resid 188 through 225 )	A	A	188 - 225	188 - 225
3	3	chain 'A' and (resid 226 through 256 )	A	A	226 - 256	226 - 256
4	4	chain 'A' and (resid 257 through 294 )	A	A	257 - 294	257 - 294
5	5	chain 'A' and (resid 295 through 333 )	A	A	333	295
6	6	chain 'A' and (resid 334 through 362 )	A	A	334 - 362	334 - 362
7	7	chain 'A' and (resid 363 through 391 )	A	A	363 - 391	363 - 391
8	8	chain 'A' and (resid 392 through 425 )	A	A	392 - 425	392 - 425
9	9	chain 'B' and (resid 12 through 105 )	B	B	12 - 105	12 - 105
10	10	chain 'B' and (resid 106 through 210 )	B	B	106 - 210	106 - 210
11	11	chain 'B' and (resid 211 through 256 )	B	B	211 - 256	211 - 256
12	12	chain 'B' and (resid 257 through 293 )	B	B	257 - 293	257 - 293
13	13	chain 'B' and (resid 294 through 333 )	B	B	294 - 333	294 - 333
14	14	chain 'B' and (resid 334 through 362 )	B	B	334 - 362	334 - 362
15	15	chain 'B' and (resid 363 through 391 )	B	B	363 - 391	363 - 391
16	16	chain 'B' and (resid 392 through 426 )	B	B	392 - 426	392 - 426

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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