[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7lr8: Crystal structure of GH5_18-E153A from Streptomyces cattleya in c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lr8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of GH5_18-E153A from Streptomyces cattleya in complex with Manb1-4GlcNAc | ||||||
Components | Uncharacterized protein ScGH5_18 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Glycosidase / N-glycan / CAZyme | ||||||
Function / homology | Glycoside hydrolase superfamily / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / Glycosyl hydrolase Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces cattleya (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Higgins, M.A. / Ryan, K.S. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2021 Title: N-Glycan Degradation Pathways in Gut- and Soil-Dwelling Actinobacteria Share Common Core Genes. Authors: Higgins, M.A. / Tegl, G. / MacDonald, S.S. / Arnal, G. / Brumer, H. / Withers, S.G. / Ryan, K.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lr8.cif.gz | 427.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7lr8.ent.gz | 288.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lr8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7lr8_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7lr8_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 7lr8_validation.xml.gz | 39.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7lr8_validation.cif.gz | 60.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7lqxC 7lr1C 7lr2C 7lr6C 7lr7SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AB
#1: Protein | Mass: 47858.348 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E153A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces cattleya (strain ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057) (bacteria) Strain: ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057 Gene: SCATT_p07120 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: F8JJ04 #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
---|
-Non-polymers , 4 types, 836 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.29 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 28% PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97853 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 21, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→38.98 Å / Num. obs: 106029 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 18.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5114 / CC1/2: 0.935 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7LR7 Resolution: 1.6→38.98 Å / SU ML: 0.1727 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.7933 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→38.98 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|