PDB-7lqd: Structure of Human MPS1 (TTK) covalently bound to RMS-07 inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lqd

タイトル

Structure of Human MPS1 (TTK) covalently bound to RMS-07 inhibitor

要素

Dual specificity protein kinase TTK or monopolar spindle 1 kinase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Protein kinase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

dual-specificity kinase / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / Chem-YB4 / Isoform 2 of Dual specificity protein kinase TTK

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Santiago, A.S. / dos Reis, C.V. / Serafim, R.A.M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Counago, R.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

ブラジル, 3件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2013/50724-5	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	465651/2014-3	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2014/50897-0	ブラジル

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Development of the First Covalent Monopolar Spindle Kinase 1 (MPS1/TTK) Inhibitor.
著者: M Serafim, R.A. / da Silva Santiago, A. / Schwalm, M.P. / Hu, Z. / Dos Reis, C.V. / Takarada, J.E. / Mezzomo, P. / Massirer, K.B. / Kudolo, M. / Gerstenecker, S. / Chaikuad, A. / Zender, L. / ...

履歴

登録	2021年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lqd.cif.gz	76.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lqd.ent.gz	53.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n84S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4y83-3 5uit-2 5p74-d 5p4f-d 3dxf-1 5w7t-1 6r4d-d 5ng3-2 5o23-2 5k72-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dual specificity protein kinase TTK or monopolar spindle 1 kinase

ヘテロ分子

37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: Dual specificity protein kinase TTK or monopolar spindle 1 kinase

ヘテロ分子

A: Dual specificity protein kinase TTK or monopolar spindle 1 kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
74.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.947, 103.137, 113.851
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Dual specificity protein kinase TTK or monopolar spindle 1 kinase / Phosphotyrosine picked threonine-protein kinase / PYT 分子量: 36115.258 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 518-807 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTK, MPS1, MPS1L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33981-2, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-YB4 / ~{N}-(2,6-diethylphenyl)-2-[[4-(4-methylpiperazin-1-yl)-2-(propanoylamino)phenyl]amino]-5,6-dihydropyrimido[4,5-e]indolizine-7-carboxamide 分子量: 606.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₄₂N₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8 詳細: 0.05 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M sodium citrate tribasic, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.8, 22.5% PEG Smear High

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月22日
放射	モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→29.8 Å / Num. obs: 30369 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.137 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 1.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2135 / CC_1/2: 0.619 / R_pim(I) all: 0.79 / R_rim(I) all: 1.775

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5N84

5n84

解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 8.93 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2462	1523	5 %	RANDOM
R_work	0.1972	-	-	-
obs	0.1996	28817	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.14 Å² / B_iso mean: 40.873 Å² / B_iso min: 28.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2137	0	86	135	2358
B_iso mean	-	-	53.5	58.18	-
残基数	-	-	-	-	269

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	137	-
R_work	0.327	2072	-
all	-	2209	-
obs	-	-	99.73 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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