PDB-7lq2: Apo Rr RsiG- crystal form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lq2

タイトル

Apo Rr RsiG- crystal form 1

要素

RR RsiG

キーワード

TRANSCRIPTION / RsiG / single-motif / WhiG / evolution / homodimer / Rubrobacter radiotolerans

機能・相同性

RsiG-like / nucleotide binding / metal ion binding / ISOPROPYL ALCOHOL / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Rubrobacter radiotolerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Schumacher, M.A. / Brennan, R.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Evolution of a sigma-(c-di-GMP)-anti-sigma switch.
著者: Schumacher, M.A. / Gallagher, K.A. / Holmes, N.A. / Chandra, G. / Henderson, M. / Kysela, D.T. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.

履歴

登録	2021年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lq2.cif.gz	195.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lq2.ent.gz	165.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lq2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lq2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7lq2_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	7lq2_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lq3C 7lq4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ik8-d 6ult-1 6ult-3 2jt3-d 5b7x-d 1176 3ok5-1 6ult-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

B: RR RsiG

C: RR RsiG

F: RR RsiG

E: RR RsiG

D: RR RsiG

A: RR RsiG

ヘテロ分子

58.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: RR RsiG

C: RR RsiG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
19.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: RR RsiG

E: RR RsiG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: RR RsiG

A: RR RsiG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.479, 95.293, 117.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	RR RsiG 分子量: 9679.238 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rubrobacter radiotolerans (バクテリア) 遺伝子: RradSPS_1442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023X3Z4
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% isopropanol, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50.46 Å / Num. obs: 57371 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.032 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5313 / CC_1/2: 0.898 / R_pim(I) all: 0.374 / R_sym value: 0.464

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→50.457 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2022	1672	2.92 %
R_work	0.1736	55625	-
obs	0.1745	57297	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.01 Å² / B_iso mean: 28.1805 Å² / B_iso min: 10.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→50.457 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3474	0	10	444	3928
B_iso mean	-	-	15.59	40.58	-
残基数	-	-	-	-	436

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.85-1.9044	0.2736	127	0.2275	4248	92
1.9044-1.9659	0.2372	137	0.2017	4555	99
1.9659-2.0362	0.2466	139	0.1886	4613	100
2.0362-2.1177	0.2086	139	0.1698	4612	100
2.1177-2.2141	0.1966	139	0.1625	4607	100
2.2141-2.3308	0.2038	139	0.1621	4628	100
2.3308-2.4768	0.196	139	0.1711	4646	100
2.4768-2.6681	0.1838	141	0.1682	4672	100
2.6681-2.9365	0.218	140	0.1755	4667	100
2.9365-3.3614	0.2063	142	0.1736	4696	100
3.3614-4.2347	0.179	142	0.161	4757	100
4.2347-50.457	0.1983	148	0.1797	4924	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 44.5479 Å / Origin y: 22.0469 Å / Origin z: 66.4727 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0757 Å²	0.0006 Å²	-0.0024 Å²	-	0.0541 Å²	0.0017 Å²	-	-	0.089 Å²
L	0.2052 °²	0.0264 °²	0.1531 °²	-	-0.0394 °²	0.0795 °²	-	-	1.0327 °²
S	0.0017 Å °	-0.0046 Å °	-0.0047 Å °	0.0068 Å °	-0.0022 Å °	-0.0002 Å °	0.0034 Å °	-0.0064 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	23 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	23 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	28 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	28 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	28 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	28 - 98
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 457
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	T	2002 - 2003

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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