[日本語] English
万見
- PDB-7lpq: Crystal structure of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase 1 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lpq
タイトルCrystal structure of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase 1 with hit 9
要素Cytoplasmic protein
キーワードHYDROLASE / glucosidase / sterylglucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


ergosteryl 3-beta-D-glucoside catabolic process / steryl-beta-glucosidase activity
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 5, C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 5 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YAJ / Cytoplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Pereira de Sa, N. / Del Poeta, M. / Airola, M.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 AI125770 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R35GM128666 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure and inhibition of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase to develop antifungal agents.
著者: Pereira de Sa, N. / Taouil, A. / Kim, J. / Clement, T. / Hoffmann, R.M. / Burke, J.E. / Rizzo, R.C. / Ojima, I. / Del Poeta, M. / Airola, M.V.
履歴
登録2021年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic protein
B: Cytoplasmic protein
C: Cytoplasmic protein
D: Cytoplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,55414
ポリマ－356,7924
非ポリマー1,76210
水31,9771775
1
A: Cytoplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7265
ポリマ－89,1981
非ポリマー5284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytoplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7024
ポリマ－89,1981
非ポリマー5043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytoplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5172
ポリマ－89,1981
非ポリマー3191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytoplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6093
ポリマ－89,1981
非ポリマー4112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.417, 133.314, 130.303
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Cytoplasmic protein


分子量: 89198.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_05607 / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: J9W473
#2: 化合物
ChemComp-YAJ / ~{N}-[(3~{R},5~{S})-5-(hydroxymethyl)-1-methyl-pyrrolidin-3-yl]-2-(3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazin-6-yl)ethanamide


分子量: 319.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG8000, MgCl2, Tris 7.5, hit 9

-
データ収集

回折平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→43.3 Å / Num. obs: 144484 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible allCC1/2
2.32-2.363.40.9871.471340.6251.1710.799.7
12.71-43.33.30.03818.49000.0270.0470.6696.70.978

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.17.1-3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LPO

7lpo


解像度: 2.32→43.3 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 6957 5.06 %
Rwork0.1811 130579 -
obs0.1837 137536 95.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.81 Å2 / Biso mean: 38.3453 Å2 / Biso min: 17.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.32→43.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23064 0 247 1775 25086
Biso mean--41.45 37.43 -
残基数----2906
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.32-2.350.33311990.28474000419987
2.35-2.370.32912230.28684054427789
2.37-2.40.29132140.27624097431190
2.4-2.430.3192340.26474018425289
2.43-2.470.28342270.2474126435390
2.47-2.50.28972210.24784072429390
2.5-2.540.30762200.24664135435590
2.54-2.570.32962080.23414149435791
2.57-2.610.29532340.23054238447293
2.61-2.660.27922410.22414201444292
2.66-2.70.29522540.2144232448694
2.7-2.750.24622180.22034266448493
2.75-2.80.27232230.2034338456194
2.8-2.860.28812310.20934329456095
2.86-2.920.23472110.19424375458696
2.92-2.990.26092310.18574398462996
2.99-3.070.23742330.18074424465797
3.07-3.150.22112520.17564411466397
3.15-3.240.2272320.17084462469498
3.24-3.350.21132260.16644539476598
3.35-3.470.20882210.15694480470198
3.47-3.60.20252290.1524589481899
3.6-3.770.20572330.13744561479499
3.77-3.970.18352730.13984521479499
3.97-4.220.16642580.131345444802100
4.22-4.540.16532580.126245454803100
4.54-50.18752640.131345864850100
5-5.720.20392450.16845964841100
5.72-7.20.2452320.197446334865100
7.2-43.30.28622120.21174660487299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.9483 Å / Origin y: 9.7018 Å / Origin z: 30.7549 Å
111213212223313233
T0.2373 Å20.0043 Å20.0131 Å2-0.1975 Å20.0008 Å2--0.2365 Å2
L0.2446 °2-0.0033 °20.0524 °2-0.0163 °2-0.0057 °2--0.0196 °2
S-0.004 Å °0.0098 Å °0.0585 Å °-0.0018 Å °-0.0031 Å °-0.0003 Å °-0.0116 Å °-0.0168 Å °0.01 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 1101
2X-RAY DIFFRACTION1allB4 - 1101
3X-RAY DIFFRACTION1allC4 - 830
4X-RAY DIFFRACTION1allC901
5X-RAY DIFFRACTION1allD5 - 1001
6X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1891
7X-RAY DIFFRACTION1allE1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る