PDB-7lpo: Crystal structure of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase 1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lpo

タイトル

Crystal structure of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase 1 with tris

要素

Cytoplasmic protein

キーワード

HYDROLASE / glucosidase / sterylglucosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate derivative catabolic process / steryl-beta-glucosidase activity / polysaccharide catabolic process / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Pereira de Sa, N. / Del Poeta, M. / Airola, M.V.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 AI125770	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R35GM128666	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure and inhibition of Cryptococcus neoformans sterylglucosidase to develop antifungal agents.
著者: Pereira de Sa, N. / Taouil, A. / Kim, J. / Clement, T. / Hoffmann, R.M. / Burke, J.E. / Rizzo, R.C. / Ojima, I. / Del Poeta, M. / Airola, M.V.

履歴

登録	2021年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lpo.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lpo.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lpo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lpo_validation.pdf.gz	479.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lpo_full_validation.pdf.gz	498 KB	表示
XML形式データ	7lpo_validation.xml.gz	118.1 KB	表示
CIF形式データ	7lpo_validation.cif.gz	175.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lpo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lppC 7lpqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lpp-3 7lpq-4 7lpq-3 6bsv-d 7lpo-2 7lpp-4 7lpo-3 7lpo-4 7lpp-2 7lpq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytoplasmic protein

B: Cytoplasmic protein

C: Cytoplasmic protein

D: Cytoplasmic protein

ヘテロ分子

357 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.597, 126.606, 126.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.460, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cytoplasmic protein 分子量: 89198.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_05607 / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: J9W473
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 12 % PEG8000, 0.2M MgCl2, 0.1 M Tris 7.5 / Temp details: RT

-
データ収集

回折

平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.13→47.28 Å / Num. obs: 171606 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.969 / CC star: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.091 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 6.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.13-2.17	2.3	0.593	1.4	7694	0.602	0.463	0.757	0.94	90.5
11.67-47.28	3.3	0.033	15	1095	0.99	0.022	0.039	0.29	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
Aimless		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.13→47.28 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1976	8287	4.97 %
R_work	0.157	158430	-
obs	0.159	166717	96.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.68 Å² / B_iso mean: 30.8908 Å² / B_iso min: 13.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.13→47.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23076	0	81	2171	25328
B_iso mean	-	-	33.92	35.66	-
残基数	-	-	-	-	2908

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.13-2.15	0.3442	251	0.2699	4238	4489	79
2.15-2.18	0.3302	245	0.2631	4743	4988	87
2.18-2.21	0.2778	241	0.2306	4968	5209	91
2.21-2.23	0.2696	274	0.2323	5056	5330	92
2.23-2.26	0.2679	267	0.2431	5067	5334	92
2.26-2.29	0.2481	269	0.2065	5102	5371	94
2.29-2.33	0.2361	296	0.1887	5158	5454	96
2.33-2.36	0.2379	296	0.1852	5223	5519	96
2.36-2.4	0.2312	281	0.1825	5224	5505	96
2.4-2.44	0.2082	263	0.1747	5289	5552	96
2.44-2.48	0.231	269	0.1678	5261	5530	97
2.48-2.53	0.2277	274	0.1699	5307	5581	97
2.53-2.57	0.2137	251	0.17	5306	5557	97
2.57-2.63	0.2202	266	0.169	5359	5625	98
2.63-2.68	0.2038	237	0.1632	5392	5629	98
2.68-2.75	0.1961	286	0.1561	5350	5636	98
2.75-2.81	0.1981	246	0.1545	5422	5668	99
2.81-2.89	0.1796	279	0.1525	5404	5683	99
2.89-2.98	0.1944	255	0.1581	5392	5647	99
2.98-3.07	0.2224	302	0.1591	5398	5700	99
3.07-3.18	0.1957	307	0.1562	5421	5728	99
3.18-3.31	0.1916	261	0.1476	5466	5727	100
3.31-3.46	0.1748	292	0.1383	5429	5721	100
3.46-3.64	0.1627	298	0.1264	5499	5797	100
3.64-3.87	0.1676	320	0.1222	5393	5713	100
3.87-4.17	0.1505	317	0.1194	5451	5768	100
4.17-4.59	0.14	255	0.1096	5523	5778	100
4.59-5.25	0.1468	246	0.119	5562	5808	100
5.25-6.61	0.2053	309	0.1594	5488	5797	100
6.61-47.28	0.2099	334	0.1849	5539	5873	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -12.5092 Å / Origin y: 46.5126 Å / Origin z: -32.6329 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1805 Å²	-0.006 Å²	-0.0044 Å²	-	0.1795 Å²	-0.0016 Å²	-	-	0.1846 Å²
L	0.0379 °²	0.0027 °²	-0.0188 °²	-	0.0208 °²	-0.0128 °²	-	-	0.035 °²
S	-0.0038 Å °	0.0158 Å °	0.0094 Å °	-0.0112 Å °	0.0051 Å °	0.0094 Å °	-0.0033 Å °	0.0094 Å °	-0.0027 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 831
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	901
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	3 - 901
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 834
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	901
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	3 - 830
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	901
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 2419

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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