PDB-7lnd: X-ray radiation damage series on Thaumatin at 277K, multi-conform...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lnd

タイトル

X-ray radiation damage series on Thaumatin at 277K, multi-conformer model, dataset 4 (merged)

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / radiation damage / conformational heterogeneity

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Yabukarski, F. / Doukov, T. / Herschlag, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Evaluating the impact of X-ray damage on conformational heterogeneity in room-temperature (277 K) and cryo-cooled protein crystals.
著者: Yabukarski, F. / Doukov, T. / Mokhtari, D.A. / Du, S. / Herschlag, D.

履歴

登録	2021年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lnd.cif.gz	206.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lnd.ent.gz	143.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lnd_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lnd_full_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示
XML形式データ	7lnd_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	7lnd_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lfgSC 7ljvC 7ljwC 7ljzC 7lk5C 7lk6C 7llpC 7ln7C 7ln8C 7ln9C 7lnbC 7lncC 7loqC 7lorC 7lp6C 7lplC 7lpmC 7lptC 7lpuC 7lpvC 7lq8C 7lq9C 7lqaC 7lqbC 7lqcC 7ltdC 7ltiC 7ltvC 7lu0C 7lu1C 7lu2C 7lu3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ljz-d 3x3r-d 5lh0-d 3x3t-d 6fj9-d 4xvb-d 7lk5-d 4dj1-d 4c3c-d 3aok-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.780, 58.780, 151.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22243.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y
配列の詳細	Thaumatin was purchased from Sigma and is a mixture of thaumatin I and thaumatin II and both are ...Thaumatin was purchased from Sigma and is a mixture of thaumatin I and thaumatin II and both are most likely present in the crystal. While thaumatin I (P02883) has an N at position 68 (precursor numbering), thaumatin II (P02884) has a K at the same position. Modeling either N or K is justified, in this case K explains the electron density better (better fit to map and better statistics).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 24% Na K Tartrate (w/v), 15% ethylene glycol (v/v), and 0.1 M BisTris Propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.88557 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.22→38.27 Å / Num. obs: 79923 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 163.6 % / B_iso Wilson estimate: 17.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.459 / R_pim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 28.5
反射シェル	解像度: 1.22→1.24 Å / 冗長度: 146.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3883 / R_pim(I) all: 4.793 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LFG

7lfg

解像度: 1.22→37.76 Å / SU ML: 0.1225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.0302
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1485	3951	4.97 %
R_work	0.136	75547	-
obs	0.1366	79498	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.22→37.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1552	0	10	151	1713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	3677
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0805	4983
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0809	540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	658
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5008	1339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.22-1.23	0.3111	158	0.3093	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.1
1.23-1.25	0.3194	127	0.309	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.01
1.25-1.27	0.2803	142	0.2764	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.27-1.28	0.249	151	0.2371	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.28-1.3	0.2463	129	0.2239	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.3-1.32	0.2583	128	0.2217	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.32-1.34	0.2622	137	0.2103	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.34-1.36	0.197	132	0.2034	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.36-1.39	0.1725	148	0.1914	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.39-1.41	0.1893	127	0.1778	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.41-1.44	0.1742	130	0.1727	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.44-1.47	0.1943	129	0.1609	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.47-1.5	0.1833	129	0.1544	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.5-1.54	0.1848	146	0.147	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.54-1.58	0.1476	140	0.1327	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.58-1.62	0.1538	144	0.1268	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.62-1.67	0.1426	153	0.1221	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.67-1.72	0.1366	149	0.1176	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.72-1.78	0.1243	130	0.1169	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.78-1.85	0.1362	144	0.1132	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.85-1.94	0.1318	151	0.1138	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.04	0.1309	133	0.1047	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.17	0.1151	135	0.1084	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.33	0.1218	175	0.1081	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.57	0.1217	149	0.1165	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.94	0.1293	146	0.1184	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.7	0.1351	144	0.1228	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.7-37.76	0.1716	145	0.1608	3008	X-RAY DIFFRACTION	99.9

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)