PDB-7lnb: X-ray radiation damage series on Thaumatin at 277K, multi-conform...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lnb

タイトル

X-ray radiation damage series on Thaumatin at 277K, multi-conformer model, dataset 2 (merged)

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / radiation damage / conformational heterogeneity

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Yabukarski, F. / Doukov, T. / Herschlag, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Evaluating the impact of X-ray damage on conformational heterogeneity in room-temperature (277 K) and cryo-cooled protein crystals.
著者: Yabukarski, F. / Doukov, T. / Mokhtari, D.A. / Du, S. / Herschlag, D.

履歴

登録	2021年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lnb.cif.gz	206.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lnb.ent.gz	143 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lnb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lnb_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lnb_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	7lnb_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	7lnb_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lfgSC 7ljvC 7ljwC 7ljzC 7lk5C 7lk6C 7llpC 7ln7C 7ln8C 7ln9C 7lncC 7lndC 7loqC 7lorC 7lp6C 7lplC 7lpmC 7lptC 7lpuC 7lpvC 7lq8C 7lq9C 7lqaC 7lqbC 7lqcC 7ltdC 7ltiC 7ltvC 7lu0C 7lu1C 7lu2C 7lu3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lnc-d 3x3o-d 3al7-d 5wr8-d 4ek0-d 2vi4-d 4el2-d 3vcg-d 7lfg-d 3x3p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.822, 58.822, 151.155
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22243.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
配列の詳細	Thaumatin was purchased from Sigma and is a mixture of thaumatin I and thaumatin II and both are ...Thaumatin was purchased from Sigma and is a mixture of thaumatin I and thaumatin II and both are most likely present in the crystal. While thaumatin I (P02883) has an N at position 68 (precursor numbering), thaumatin II (P02884) has a K at the same position. Modeling either N or K is justified, in this case K explains the electron density better (better fit to map and better statistics).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 24% Na K Tartrate (w/v), 15% ethylene glycol (v/v), and 0.1 M BisTris Propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.88557 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.22→38.27 Å / Num. obs: 79900 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 60.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.99 Å² / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.22→1.24 Å / 冗長度: 54.3 % / R_merge(I) obs: 6.955 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3869 / R_pim(I) all: 0.938 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LFG

7lfg

解像度: 1.22→37.79 Å / SU ML: 0.1122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.9982
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1454	3958	4.97 %
R_work	0.1334	75677	-
obs	0.134	79635	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.22→37.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1552	0	10	151	1713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0089	3677
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0766	4983
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0808	540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	658
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.51	1339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.22-1.23	0.2833	151	0.2868	2535	X-RAY DIFFRACTION	96.45
1.23-1.25	0.2745	137	0.2759	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.25-1.27	0.2851	142	0.2589	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.27-1.28	0.2471	150	0.2333	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.28-1.3	0.2368	130	0.2158	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.3-1.32	0.2576	123	0.217	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.32-1.34	0.2322	137	0.2074	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.36	0.2035	135	0.1962	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.36-1.39	0.1856	149	0.1856	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.39-1.41	0.1874	128	0.1737	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.44	0.1723	127	0.1638	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.44-1.47	0.1824	131	0.1508	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.47-1.5	0.1642	129	0.1438	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.5-1.54	0.1718	149	0.1341	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.58	0.1355	140	0.1252	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.58-1.62	0.15	144	0.1207	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.62-1.67	0.1393	153	0.1177	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.72	0.1291	145	0.1121	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.72-1.78	0.1207	134	0.111	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.85	0.1235	145	0.1089	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.85-1.94	0.1273	150	0.11	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.04	0.1304	132	0.1021	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.17	0.111	138	0.1044	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.33	0.1178	174	0.1052	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.57	0.1147	150	0.1122	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.94	0.1257	144	0.1163	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.7	0.1329	146	0.1208	2821	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.7-37.79	0.1684	145	0.1591	3011	X-RAY DIFFRACTION	99.94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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