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万見
- PDB-7lm2: HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 3C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lm2
タイトルHUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 3C
要素(Phosphatidylinositol ...) x 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PI3KDELTA KINASE / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell chemotaxis / mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / positive regulation of neutrophil apoptotic process / natural killer cell differentiation / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of epithelial tube formation / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation ...B cell chemotaxis / mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / positive regulation of neutrophil apoptotic process / natural killer cell differentiation / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of epithelial tube formation / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol kinase activity / respiratory burst involved in defense response / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / positive regulation of focal adhesion disassembly / IRS-mediated signalling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / interleukin-18-mediated signaling pathway / myeloid leukocyte migration / phosphatidylinositol 3-kinase complex / T follicular helper cell differentiation / PI3K events in ERBB4 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / T cell chemotaxis / cis-Golgi network / Activated NTRK3 signals through PI3K / ErbB-3 class receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / kinase activator activity / Nephrin family interactions / natural killer cell activation / Signaling by LTK in cancer / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / positive regulation of leukocyte migration / Signaling by LTK / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / negative regulation of stress fiber assembly / RND1 GTPase cycle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / positive regulation of filopodium assembly / RND2 GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / RND3 GTPase cycle / insulin binding / growth hormone receptor signaling pathway / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Signaling by ALK / RHOV GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR3 / RHOB GTPase cycle / mast cell degranulation / natural killer cell mediated cytotoxicity / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / GP1b-IX-V activation signalling / PI-3K cascade:FGFR2 / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / intracellular glucose homeostasis / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of osteoclast differentiation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / B cell activation / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RET signaling / PI3K events in ERBB2 signaling / insulin receptor substrate binding / T cell differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / PI3K Cascade / RHOG GTPase cycle / negative regulation of cell-matrix adhesion / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / RAC3 GTPase cycle / Interleukin receptor SHC signaling / GAB1 signalosome / Role of phospholipids in phagocytosis / enzyme-substrate adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) ...PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Rho GTPase activation protein / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y5Y / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Lesburg, C.A. / Augustin, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Projected Dose Optimization of Amino- and Hydroxypyrrolidine Purine PI3K delta Immunomodulators.
著者: Methot, J.L. / Zhou, H. / McGowan, M.A. / Anthony, N.J. / Christopher, M. / Garcia, Y. / Achab, A. / Lipford, K. / Trotter, B.W. / Altman, M.D. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Li, C. / Alves, ...著者: Methot, J.L. / Zhou, H. / McGowan, M.A. / Anthony, N.J. / Christopher, M. / Garcia, Y. / Achab, A. / Lipford, K. / Trotter, B.W. / Altman, M.D. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Li, C. / Alves, S. / Chappell, C.P. / Jain, R. / Mangado, R. / Pinheiro, E. / Williams, S.M.G. / Goldenblatt, P. / Hill, A. / Shaffer, L. / Chen, D. / Tong, V. / McLeod, R.L. / Lee, H.H. / Yu, H. / Shah, S. / Katz, J.D.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,2925
ポリマ－137,7412
非ポリマー5513
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area53480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.284, 109.308, 142.579
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
Phosphatidylinositol ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit delta / p110delta


分子量: 116861.867 Da / 分子数: 1 / 断片: PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CD
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00329, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 20879.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R1, GRB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27986

-
非ポリマー , 4種, 11分子

#3: 化合物 ChemComp-Y5Y / cyclopropyl[(3S)-3-{[9-ethyl-8-(2-methylpyrimidin-5-yl)-9H-purin-6-yl]amino}pyrrolidin-1-yl]methanone


分子量: 392.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 12-14% PEG6000, 100 MM MES/NAOH, PH 5.75, 5 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→86.75 Å / Num. obs: 36279 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / Rrim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.79→3.01 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 7346 / Rrim(I) all: 0.673 / Rsym value: 0.589 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SCALA3.3.16データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: previously derived model

解像度: 2.79→86.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 42.303 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.508 / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2895 739 2 %RANDOM
Rwork0.2405 ---
obs0.2415 35462 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 213.89 Å2 / Biso mean: 97.127 Å2 / Biso min: 55.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å20 Å2
2--1.81 Å20 Å2
3----2.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→86.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9029 0 38 8 9075
Biso mean--85.15 70.88 -
残基数----1104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0218609
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0421.95911690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.272317579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.38951093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31424.167372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.816151356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1531546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.029699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1610.21713
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1360.26723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1550.24165
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0680.24514
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0740.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0930.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1080.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.25
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.862 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 37 -
Rwork0.349 2601 -
all-2638 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.95332.8824-2.03264.2589-1.44696.0135-0.2603-0.11320.24130.1480.2391-0.1834-0.17840.04720.02130.8966-0.0560.01670.8776-0.02270.430443.12917.917-11.28
21.89950.6047-0.02524.57621.92875.44320.0725-0.17660.68460.25090.1303-0.1452-1.31120.1559-0.20291.29850.00110.07520.97810.06670.81422.40934.83917.409
32.29710.4857-0.33722.8116-0.09782.0804-0.19750.1797-0.3986-0.13970.05660.61740.6799-0.33690.14091.3175-0.1450.06051.0935-0.11080.68525.998-8.977.368
44.2019-0.0259-0.86561.6410.18462.1209-0.04230.1758-0.32220.06280.10360.61640.238-0.8195-0.06130.9575-0.0385-0.0381.02950.10450.6144-0.91210.34317.367
55.24560.325-2.33972.0644-0.52635.2780.0148-0.3510.00360.1141-0.0877-0.4986-0.24071.00910.07280.9453-0.0368-0.07030.96790.03660.497135.73216.81823.098
63.30421.20570.7791.99170.57655.44350.1702-0.5927-0.25220.5282-0.1535-0.1193-0.02180.3025-0.01661.1433-0.0183-0.03270.92220.04980.527122.02712.53245.889
72.68212.041-4.57752.2912-4.372110.9629-0.2977-0.0348-0.268-0.2986-0.0431-0.22170.38830.11720.34071.0901-0.02790.05040.9125-0.0920.641629.636-8.7977.203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 278
3X-RAY DIFFRACTION3A279 - 474
4X-RAY DIFFRACTION4A475 - 675
5X-RAY DIFFRACTION5A676 - 830
6X-RAY DIFFRACTION6A831 - 1031
7X-RAY DIFFRACTION7B431 - 599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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