[日本語] English
万見
- PDB-7lle: Crystal structure of GenB4 in complex with PLP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lle
タイトルCrystal structure of GenB4 in complex with PLP
要素C-6' aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / PLP-dependent enzyme / gentamicin / biosynthesis / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / C-6' aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora echinospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.704 Å
データ登録者Bury, P.S. / Huang, F. / Leadlay, P.F. / Dias, M.V.B.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15971-3 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/09188-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/00351-1 ブラジル
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of GenB4 in complex with external aldimine of PLP-sisomicin
著者: Bury, P.S. / Huang, F. / Leadlay, P.F. / Dias, M.V.B.
履歴
登録2021年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: C-6' aminotransferase
B: C-6' aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6644
ポリマ－98,1702
非ポリマー4942
水21,6901204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9790 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area29860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.000, 74.210, 181.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 C-6' aminotransferase / GntH / Neamine transaminase/2'-deamino-2'-hydroxyneamine transaminase/neomycin C transaminase / ...GntH / Neamine transaminase/2'-deamino-2'-hydroxyneamine transaminase/neomycin C transaminase / Putative gentamicin aminotransferase IV


分子量: 49085.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア)
遺伝子: gntH, genB4, JD80_03664 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6QVT7
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15 M DL-malic acid, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.976 Å / Num. obs: 105014 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / Num. unique obs: 10268 / CC1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 0 / 解像度: 1.704→45.976 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1842 1998 1.9 %
Rwork0.1537 102920 -
obs0.1543 104918 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.45 Å2 / Biso mean: 22.8636 Å2 / Biso min: 8.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.704→45.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6881 0 30 1204 8115
Biso mean--15.04 37.58 -
残基数----891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.849744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7725769
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.704-1.74660.26281420.2422714298
1.7466-1.79380.24531330.22197266100
1.7938-1.84660.25871360.21517293100
1.8466-1.90620.2411450.19997330100
1.9062-1.97440.23481380.16947273100
1.9744-2.05340.19021500.16047321100
2.0534-2.14690.19121440.15387298100
2.1469-2.26010.16131360.14847342100
2.2601-2.40160.21581440.15077329100
2.4016-2.58710.18421450.15227345100
2.5871-2.84740.18351400.15697419100
2.8474-3.25930.16431430.15037408100
3.2593-4.1060.14951490.1247494100
4.106-45.970.16861530.1382766099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.7657 Å / Origin y: 39.8707 Å / Origin z: 26.0091 Å
111213212223313233
T0.0925 Å2-0.024 Å2-0 Å2-0.1139 Å2-0.0033 Å2--0.084 Å2
L0.4348 °2-0.3443 °2-0.0917 °2-0.8771 °20.1591 °2--0.2859 °2
S0.0073 Å °-0.0018 Å °0.0589 Å °-0.0438 Å °0.0084 Å °-0.053 Å °-0.0169 Å °0.0369 Å °-0.013 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 445
2X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 3
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 445
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1235

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る