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- PDB-7ll9: D-Protein RFX-V2 Bound to the VEGFR1 Domain 3 Site on VEGF-A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ll9
タイトルD-Protein RFX-V2 Bound to the VEGFR1 Domain 3 Site on VEGF-A
要素
  • Isoform L-VEGF189 of Vascular endothelial growth factor A
  • RFX-V2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / D-protein / Antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / lung vasculature development / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of trophoblast cell migration / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of protein localization to early endosome / eye photoreceptor cell development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / neuropilin binding / coronary artery morphogenesis / induction of positive chemotaxis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of blood vessel branching / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / endothelial cell proliferation / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / epithelial cell maturation / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of positive chemotaxis / cardiac muscle cell development / sprouting angiogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / artery morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of DNA biosynthetic process / retinal ganglion cell axon guidance / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / positive chemotaxis / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / monocyte differentiation / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / mammary gland alveolus development / neuroblast proliferation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / heart morphogenesis / cell maturation / ovarian follicle development / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Marinec, P.S. / Landgraf, K.E. / Uppalapati, M. / Chen, G. / Xie, D. / Jiang, Q. / Zhao, Y. / Petriello, A. / Deshayes, K. / Kent, S.B.H. ...Marinec, P.S. / Landgraf, K.E. / Uppalapati, M. / Chen, G. / Xie, D. / Jiang, Q. / Zhao, Y. / Petriello, A. / Deshayes, K. / Kent, S.B.H. / Ault-Riche, D. / Sidhu, S.S.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: A Non-immunogenic Bivalent d-Protein Potently Inhibits Retinal Vascularization and Tumor Growth.
著者: Marinec, P.S. / Landgraf, K.E. / Uppalapati, M. / Chen, G. / Xie, D. / Jiang, Q. / Zhao, Y. / Petriello, A. / Deshayes, K. / Kent, S.B.H. / Ault-Riche, D. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2021年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform L-VEGF189 of Vascular endothelial growth factor A
B: Isoform L-VEGF189 of Vascular endothelial growth factor A
C: RFX-V2
D: RFX-V2
E: Isoform L-VEGF189 of Vascular endothelial growth factor A
F: Isoform L-VEGF189 of Vascular endothelial growth factor A
G: RFX-V2
H: RFX-V2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1698
ポリマ－75,1698
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, VEGF-A is a disulfide linked homodimer based on homology to 3QTK
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.850, 120.437, 120.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22E
13A
23F
14B
24E
15B
25F
16C
26D
17C
27G
18C
28H
19D
29G
110D
210H
111E
211F
112G
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULYSLYSAA39 - 1337 - 101
21GLUGLULYSLYSBB39 - 1337 - 101
12GLUGLULYSLYSAA39 - 1347 - 102
22GLUGLULYSLYSEE39 - 1347 - 102
13GLUGLULYSLYSAA39 - 1337 - 101
23GLUGLULYSLYSFF39 - 1337 - 101
14GLUGLULYSLYSBB39 - 1337 - 101
24GLUGLULYSLYSEE39 - 1337 - 101
15HISHISLYSLYSBB37 - 1335 - 101
25HISHISLYSLYSFF37 - 1335 - 101
16DPNDPNDPRDPRCC5 - 575 - 57
26DPNDPNDPRDPRDD5 - 575 - 57
17DPNDPNDPRDPRCC5 - 575 - 57
27DPNDPNDPRDPRGG5 - 575 - 57
18DPNDPNDPRDPRCC5 - 575 - 57
28DPNDPNDPRDPRHH5 - 575 - 57
19DPNDPNDPRDPRDD5 - 575 - 57
29DPNDPNDPRDPRGG5 - 575 - 57
110DPNDPNDPRDPRDD5 - 575 - 57
210DPNDPNDPRDPRHH5 - 575 - 57
111GLUGLULYSLYSEE39 - 1337 - 101
211GLUGLULYSLYSFF39 - 1337 - 101
112DPNDPNDPRDPRGG5 - 575 - 57
212DPNDPNDPRDPRHH5 - 575 - 57

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
Isoform L-VEGF189 of Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 12035.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGFA, VEGF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692
#2: タンパク質
RFX-V2


分子量: 6756.470 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D-protein composed entirely of D-amino acids / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.86 %
結晶化温度: 291.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: magnesium chloride, Bis-Tris, PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→120.44 Å / Num. obs: 22242 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 25.7 / Num. measured all: 285459 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.9-3.0812.71.14456735230.7750.321.1472.499.9
8.7-120.4410.60.025977892510.0080.02670.799.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QTK

3qtk


解像度: 2.9→58.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 74.69 / SU ML: 0.556 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.394 / ESU R Free: 0.448 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3153 1033 4.7 %RANDOM
Rwork0.2627 ---
obs0.2651 21151 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 247.9 Å2 / Biso mean: 129.323 Å2 / Biso min: 78.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.59 Å2-0 Å20 Å2
2--4.5 Å2-0 Å2
3---3.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→58.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4909 0 0 0 4909
残基数----601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0125037
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7951.6476805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0671.57410566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.8395593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.87922.746193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.19115601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1711516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021021
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A25740.13
12B25740.13
21A28420.06
22E28420.06
31A25440.14
32F25440.14
41B25600.13
42E25600.13
51B28160.07
52F28160.07
61C15210.19
62D15210.19
71C17560.09
72G17560.09
81C15060.18
82H15060.18
91D15230.19
92G15230.19
101D15850.18
102H15850.18
111E25360.14
112F25360.14
121G15100.18
122H15100.18
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 87 -
Rwork0.432 1485 -
all-1572 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6572-2.2442-0.59614.47990.32440.4457-0.0369-1.16630.3285-0.84790.73340.52420.14390.6866-0.69660.98530.0495-0.42751.3068-0.72360.996513.353634.787832.0773
20.8767-0.3767-0.80053.4419-0.47390.9806-0.1848-1.11030.0481-0.58080.34080.6370.18421.0864-0.1560.69680.1266-0.2871.4462-0.04860.209522.625323.984135.0525
32.36090.7723-1.76710.2976-0.89736.1502-0.1727-0.0558-0.2267-0.0693-0.0447-0.1537-0.4903-0.81280.21740.88260.2156-0.080.6370.15320.453115.62515.911212.6382
40.40420.52490.65820.89171.10461.7492-0.11370.56650.04880.17950.55780.0640.37991.0914-0.44411.2447-0.22550.29951.2329-0.42731.057528.261447.501910.6878
51.52570.4997-1.93030.3354-0.10254.76320.0086-0.3314-1.0585-0.0967-0.4797-0.5258-0.705-0.48290.47120.86270.283-0.0430.69970.49261.100230.0615-1.95214.6786
60.71320.8699-0.26241.086-0.51035.2224-0.2211-0.071-1.0401-0.13-0.0374-1.2951-0.7957-0.85540.25850.74910.30440.16240.19160.08191.572539.2544-5.0441-6.275
74.53432.21631.05316.21.22420.3665-0.17850.1425-0.00720.45550.14560.8157-0.04620.10470.0330.88940.08630.20840.3502-0.1670.647432.325917.4355-24.2712
82.6629-1.19771.39673.2403-2.78932.5073-0.0887-0.40721.0312-0.2473-0.624-0.82050.0850.33890.71271.2397-0.4006-0.1550.82130.31190.734844.896419.46217.4103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2B37 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 57
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 57
5X-RAY DIFFRACTION5E39 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6F37 - 134
7X-RAY DIFFRACTION7G5 - 57
8X-RAY DIFFRACTION8H5 - 57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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