PDB-7ljb: Human TRAAK K+ channel mutant G158D in a K+ bound conductive conf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ljb

タイトル

Human TRAAK K+ channel mutant G158D in a K+ bound conductive conformation

要素

(ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT ...) x 2
Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4

キーワード

METAL TRANSPORT/Immune System / Potassium Ion Channel / METAL TRANSPORT / METAL TRANSPORT-Immune System complex

機能・相同性

: / Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.97 Å

データ登録者

Rietmeijer, R.A. / Brohawn, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2021
タイトル: Physical basis for distinct basal and mechanically gated activity of the human K + channel TRAAK.
著者: Rietmeijer, R.A. / Sorum, B. / Li, B. / Brohawn, S.G.

履歴

登録	2021年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2021年9月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_ISSN / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._citation.journal_id_ISSN / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ljb.cif.gz	543.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ljb.ent.gz	451.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ljb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ljb_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ljb_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7ljb_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	7ljb_validation.cif.gz	69.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lj4C 7lj5C 7ljaC 4wffS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wff-d 4wfe-d 4i9w-d 7lj5-d 7lja-d 4wfg-d 7lj4-d 4wfh-d 4e3c-2 23531 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4

B: Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4

D: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

E: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

F: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

G: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

159 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.140, 137.310, 96.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.720, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	D
2	2	F
1	3	E
2	3	G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	28 - 283	28 - 283
2	1	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	28 - 283	28 - 283
1	2	GLN	GLN	ASN	ASN	D	C	1 - 211	1 - 211
2	2	GLN	GLN	ASN	ASN	F	E	1 - 211	1 - 211
1	3	GLU	GLU	PRO	PRO	E	D	1 - 215	1 - 215
2	3	GLU	GLU	PRO	PRO	G	F	1 - 215	1 - 215

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium channel KT4.1 / Two pore K(+) channel KT4.1 分子量: 32627.686 Da / 分子数: 2 / 変異: G158D, N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / 詳細 (発現宿主): pPICz / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: Q9NYG8-2

#1: タンパク質

Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...

分子量: 32627.686 Da / 分子数: 2 / 変異: G158D, N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / 詳細 (発現宿主): pPICz / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: Q9NYG8-2

-
抗体 , 2種, 4分子 DFEG

#2: 抗体	ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN 分子量: 23038.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN 分子量: 23474.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 210分子

#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 50mM Tris pH 8.8, 64-200 mM CaCl2, 27-33%(vol/vol) PEG400.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Ambient temp details: lN2 jet / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.97→48.03 Å / Num. obs: 31745 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.207 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.97→3.232 Å / 冗長度: 6.22 % / R_merge(I) obs: 2.023 / Mean I/σ(I) obs: 1.234 / Num. unique obs: 1984 / CC_1/2: 0.5668 / R_pim(I) all: 0.597 / R_rim(I) all: 2.109 / % possible all: 21.23

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WFF

4wff

解像度: 2.97→48.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 45.647 / SU ML: 0.381 / SU R Cruickshank DPI: 0.4568 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2404	1575	5 %	RANDOM
R_work	0.1958	-	-	-
obs	0.1981	30170	74.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 254.61 Å² / B_iso mean: 99.553 Å² / B_iso min: 40.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.06 Å²	0 Å²	0.08 Å²
2-	-	0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.97→48.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10376	0	9	201	10586
B_iso mean	-	-	104.16	79.97	-
残基数	-	-	-	-	1347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	10647
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.579	1.638	14515
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.217	1.565	22547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.077	5	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.202	22.455	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.462	15	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.779	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2233

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7159	0.15
1	2	B	7159	0.15
2	1	D	6197	0.12
2	2	F	6197	0.12
3	1	E	6042	0.14
3	2	G	6042	0.14

LS精密化シェル

解像度: 2.971→3.048 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	7	-
R_work	0.339	179	-
all	-	186	-
obs	-	-	5.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5791	-1.2393	-3.2126	0.5672	0.6861	4.7501	0.3745	0.4065	0.0833	-0.1181	-0.2512	0.0867	-0.4778	0.4658	-0.1234	0.4553	-0.082	0.0427	0.5125	0.13	0.2853	44.985	-5.625	9.733
2	0.2247	0.1	0.8216	0.1474	0.8488	8.0988	0.0084	0.4765	-0.0126	-0.1726	0.0382	0.1007	0.7047	0.5378	-0.0466	1.4522	0.1276	-0.0562	1.3494	-0.1034	0.6305	49.975	-19.924	-21.071
3	9.1054	0.1848	-2.2191	4.3087	0.3097	4.3507	-0.2105	0.6613	-0.5564	-0.297	0.1671	-0.1397	0.893	-0.3747	0.0434	0.7632	0.1402	-0.0941	0.8725	0.006	0.4875	46.139	-15.966	-7.228
4	3.382	-0.3516	-2.7271	0.8491	-0.4978	4.771	0.2511	0.7001	0.1788	-0.2838	-0.0975	0.0462	-0.4129	0.2482	-0.1536	0.4809	-0.0255	0.0447	0.5366	0.0648	0.2148	48.663	-10.086	6.65
5	6.5773	2.5004	-0.0024	8.4327	-2.2694	0.7596	-0.5543	0.7145	0.0452	0.5078	0.6203	-0.2903	-0.0535	-0.0184	-0.066	0.991	0.0028	-0.0623	0.9773	-0.0124	0.7129	91.968	-4.061	-4.538
6	6.3602	0.3568	-0.1111	2.9151	-0.9382	4.0596	0.2957	0.1162	1.0902	-0.0333	0.009	-0.7776	-1.0423	0.8239	-0.3047	0.8851	-0.1272	0.123	0.9209	0.119	0.6078	65.234	-1.732	5.25
7	4.0054	-1.1207	0.5386	3.498	-0.1108	6.4784	-0.0096	0.412	0.2509	-0.6323	-0.3073	0.1609	-0.7867	-0.155	0.3169	0.2969	0.0482	-0.0529	0.0757	0.0273	0.1269	14.286	16.27	27.233
8	4.2652	2.6666	4.89	5.2641	5.1503	7.0154	-0.2456	0.6882	0.2212	-0.9125	0.2	0.0241	-0.6224	0.8149	0.0457	0.3694	0.0369	-0.0842	0.2987	0.0214	0.2863	13.108	45.469	45.799
9	3.5928	1.7316	3.4793	5.2169	3.5437	6.6363	-0.1893	0.4111	0.3783	-0.4207	0.1417	0.0078	-0.5264	0.5969	0.0476	0.4417	-0.0127	-0.008	0.2054	0.0602	0.3111	13.779	46.583	46.057
10	4.4048	-0.6872	1.178	4.5738	2.1972	6.7347	-0.0786	-0.1737	0.0813	0.3093	-0.0431	0.1196	-0.1381	0.4019	0.1218	0.0987	0.0213	0.0714	0.0925	0.0561	0.1468	25.405	6.762	45.383
11	1.1563	-1.3766	-1.5304	6.6982	3.0707	2.3483	0.0537	-0.4315	-0.0061	0.1841	-0.0416	-0.1428	-0.0479	0.4313	-0.0121	0.1394	-0.0077	-0.003	0.2527	0.0623	0.1026	20.861	19.838	49.655
12	8.2786	-3.8028	1.339	4.0454	-0.4131	3.7798	0.3409	-0.2936	0.1921	0.0321	-0.1415	0.0326	0.2	0.1173	-0.1994	0.2962	-0.0607	-0.0376	0.0874	-0.0696	0.225	7.293	36.586	58.087
13	6.0039	-0.1719	0.2879	4.4933	-1.179	3.1673	0.1082	-0.2135	-0.6887	0.0845	-0.1682	-0.3449	0.1446	0.0597	0.0599	0.12	0.0032	0.0213	0.0166	0.0254	0.3475	30.049	-35.175	42.86
14	8.162	3.2629	4.4255	4.1777	1.5056	4.2683	0.3545	0.5527	-0.6586	-0.6365	-0.0155	-0.1455	0.3702	0.0744	-0.339	0.4191	0.0688	-0.1096	0.1119	0.0523	0.6169	9.316	-63.282	44.224
15	8.4668	6.2529	3.5124	7.0346	1.9444	6.0119	0.4093	0.2867	-0.4048	0.2738	0.1071	0.2653	0.683	-0.1232	-0.5164	0.6452	0.0985	-0.2075	0.1931	0.0178	0.8399	12.825	-71.498	47.418
16	6.8256	1.7013	0.7836	5.3363	-0.6333	3.4436	-0.0274	0.3594	-0.0757	0.0031	0.0325	0.369	0.1801	0.0036	-0.005	0.1838	0.0398	0.0796	0.0888	0.047	0.0896	12.335	-25.87	31.136
17	3.4961	1.9375	-0.7252	3.0156	-0.7217	0.4208	0.0476	-0.007	-0.5644	-0.0292	-0.0375	-0.012	0.1156	-0.1093	-0.01	0.1936	0.0138	-0.0043	0.1221	0.0192	0.337	5.297	-44.203	41.441
18	3.5506	-1.5249	2.6989	5.5912	-5.1176	8.4554	-0.0698	-0.5621	-0.1933	0.1041	0.2891	0.2345	0.4059	-0.0835	-0.2193	0.1969	-0.0307	-0.0755	0.2397	0.0581	0.5676	-3.186	-55.605	50.684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	149 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	220 - 286
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	28 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	176 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	198 - 284
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 105
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	106 - 157
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	158 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	1 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	81 - 137
12	X-RAY DIFFRACTION	12	E	138 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	F	1 - 105
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	106 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	15	F	189 - 211
16	X-RAY DIFFRACTION	16	G	1 - 80
17	X-RAY DIFFRACTION	17	G	81 - 172
18	X-RAY DIFFRACTION	18	G	173 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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