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- PDB-7lj4: Human TRAAK K+ channel FHEIG mutant A270P in a K+ bound conductiv... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lj4 | ||||||
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Title | Human TRAAK K+ channel FHEIG mutant A270P in a K+ bound conductive conformation | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | METAL TRANSPORT/Immune System / Potassium Ion Channel / METAL TRANSPORT / METAL TRANSPORT-Immune System complex | ||||||
Function / homology | : / Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rietmeijer, R.A. / Brohawn, S.G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Physical basis for distinct basal and mechanically gated activity of the human K + channel TRAAK. Authors: Rietmeijer, R.A. / Sorum, B. / Li, B. / Brohawn, S.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 540.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 447.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 49.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 69.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7lj5C ![]() 7ljaC ![]() 7ljbC ![]() 4wfeS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 32595.686 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A270P, N104Q, N108Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules DFEG
#2: Antibody | Mass: 23038.404 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23474.381 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 3 types, 198 molecules ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-K / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.8 Details: 50 mM Tris pH 8.8, 64-200 mM CaCl2, 27-33%(v/v) PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen jet / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 29, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.782→47.66 Å / Num. obs: 32708 / % possible obs: 63.22 % / Redundancy: 13.2 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.3906 / Rpim(I) all: 0.1116 / Rrim(I) all: 0.4065 / Net I/σ(I): 4.69 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4WFE Resolution: 2.782→47.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 45.432 / SU ML: 0.404 / SU R Cruickshank DPI: 0.4575 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.496 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 235.86 Å2 / Biso mean: 70.366 Å2 / Biso min: 11.84 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.782→47.66 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.782→2.881 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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