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万見
- PDB-7lja: Human TRAAK K+ channel FHEIG mutant A198E in a Tl+ bound conducti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lja
タイトルHuman TRAAK K+ channel FHEIG mutant A198E in a Tl+ bound conductive conformation
要素
  • (ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT ...) x 2
  • Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4
キーワードMETAL TRANSPORT/Immune System / Potassium Ion Channel / METAL TRANSPORT / METAL TRANSPORT-Immune System complex
機能・相同性THALLIUM (I) ION / Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Rietmeijer, R.A. / Brohawn, S.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM123496 米国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2021
タイトル: Physical basis for distinct basal and mechanically gated activity of the human K + channel TRAAK.
著者: Rietmeijer, R.A. / Sorum, B. / Li, B. / Brohawn, S.G.
履歴
登録2021年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4
B: Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4
D: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
E: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
F: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
G: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,03617
ポリマ－158,2816
非ポリマー1,75511
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.230, 136.530, 95.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium channel KT4.1 / Two pore K(+) channel KT4.1


分子量: 32627.686 Da / 分子数: 2 / 変異: A198E, N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / 詳細 (発現宿主): pPICz / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: Q9NYG8-2

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抗体 , 2種, 4分子 DFEG

#2: 抗体 ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN


分子量: 23038.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN


分子量: 23474.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 248分子

#4: 化合物
ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION


分子量: 204.383 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 50mM Tris pH 8.8, 64-200 mM CaCl2, 27-33% (vol/vol) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Ambient temp details: lN2 jet / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月29日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→47.54 Å / Num. obs: 35508 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 27.7 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.77→3.021 Å / 冗長度: 14.03 % / Rmerge(I) obs: 3.376 / Mean I/σ(I) obs: 1.338 / Num. unique obs: 2217 / CC1/2: 0.5812 / Rpim(I) all: 0.648 / Rrim(I) all: 3.438 / % possible all: 19.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LJ5

7lj5


解像度: 2.77→47.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 36.197 / SU ML: 0.337 / SU R Cruickshank DPI: 0.4407 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 1755 4.9 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2034 33755 68.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 245.43 Å2 / Biso mean: 76.01 Å2 / Biso min: 16.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.39 Å2-0 Å2-0.39 Å2
2--2.65 Å20 Å2
3----3.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.77→47.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10403 0 11 237 10651
Biso mean--136.33 52.14 -
残基数----1351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01310674
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.591.63814551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2391.56522613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.37551341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4922.455448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.057151696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7871542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022237
LS精密化 シェル解像度: 2.775→2.874 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4331 --
Rwork0.3121 385 -
obs--7.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.305-0.6339-2.65750.26720.43344.35750.33090.2809-0.0122-0.164-0.21460.1056-0.35860.4194-0.11630.4621-0.02290.08970.4960.01910.633545.388-5.50049.4457
20.4351-0.1810.82840.2391-1.04846.8750.07910.6661-0.1726-0.4028-0.15170.12820.85540.33970.07261.4690.1038-0.01491.2214-0.19090.838350.4072-19.8354-21.2097
37.88711.0794-1.98044.42861.90545.3684-0.19380.3316-0.689-0.57290.13460.3651.1488-0.12580.05910.79350.0995-0.11060.8179-0.05720.700745.7704-15.4182-7.022
42.4563-0.3404-2.25910.4869-0.35894.29950.34050.50470.0788-0.268-0.18990.1212-0.40220.3349-0.15060.4604-0.03570.04870.4901-0.00550.609548.8409-9.84346.434
55.70556.76093.348212.426-1.29298.5058-0.10840.4213-0.23140.41530.93020.1485-0.28210.1215-0.82181.23260.07060.10871.4243-0.09621.205892.3282-3.388-5.4727
64.37410.9478-0.90183.66431.58127.19290.44190.25250.8014-0.257-0.1973-0.5708-1.05610.2725-0.24460.7773-0.09010.01420.88040.11340.641865.7513-3.02514.9305
73.0145-0.812-0.61873.1884-0.15615.20540.11990.3330.0547-0.4043-0.21480.052-0.6282-0.31350.09490.22480.0183-0.04360.07620.00890.412414.599916.359427.0958
83.78162.56483.483.79432.9986.8305-0.14280.45280.1886-0.72820.2147-0.1112-1.06241.0313-0.07180.4431-0.0776-0.0020.23580.04680.55213.01745.27445.5038
91.97161.00162.83473.02973.3247.0983-0.24330.54940.2307-0.46890.2211-0.2233-0.84560.91410.02220.4877-0.06580.02770.35390.11740.557213.637246.440545.8291
103.4238-0.19660.62754.27372.39145.5848-0.048-0.06980.17280.3128-0.01560.1057-0.17960.26960.06360.08130.00710.05390.05980.05690.461525.85656.911545.0979
111.2055-1.3733-1.48835.19392.65792.2684-0.0203-0.35850.05580.1659-0.0241-0.1603-0.04930.3210.04440.10130.0071-0.00450.16580.03760.423421.033819.903349.367
127.4947-3.38311.0944.1372-0.94592.73970.2185-0.18580.01490.1292-0.05220.0023-0.09580.3254-0.16640.2207-0.0746-0.02360.1418-0.03940.39627.192636.357257.838
134.2828-0.10620.18164.1629-1.14633.19330.1257-0.3182-0.31480.1519-0.1523-0.25340.0806-0.04940.02660.0811-0.0194-0.0120.0346-0.00170.526130.4595-34.903842.6933
148.21332.714.86563.56281.04964.56920.59210.5822-0.4944-0.2789-0.0915-0.06530.5150.1064-0.50060.40490.0652-0.08960.13970.07460.67199.8508-62.847643.7664
1512.42437.22582.94886.25570.81045.37850.83830.1073-0.56020.2625-0.06490.41610.5461-0.008-0.77340.63150.0661-0.1560.1784-0.03220.897913.3968-71.148646.8652
165.61982.29770.00456.0719-0.3583.0828-0.0180.25340.00710.11040.10870.32460.24240.0955-0.09070.15030.03710.04170.06840.06120.317112.9547-25.568230.7292
173.37211.9102-0.7723.5676-0.63190.60970.0428-0.1483-0.4375-0.0235-0.07280.02760.1404-0.130.03010.0995-0.0177-0.0070.11280.00790.54325.6997-43.929340.9908
182.3656-0.9951.36414.7913-4.68189.3357-0.0473-0.3437-0.22720.14210.10480.19590.3238-0.264-0.05750.208-0.061-0.04480.30980.03080.6169-2.9718-55.408550.1044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2A149 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3A220 - 286
4X-RAY DIFFRACTION4B28 - 175
5X-RAY DIFFRACTION5B176 - 197
6X-RAY DIFFRACTION6B198 - 287
7X-RAY DIFFRACTION7D1 - 105
8X-RAY DIFFRACTION8D106 - 157
9X-RAY DIFFRACTION9D158 - 211
10X-RAY DIFFRACTION10E1 - 80
11X-RAY DIFFRACTION11E81 - 137
12X-RAY DIFFRACTION12E138 - 217
13X-RAY DIFFRACTION13F1 - 105
14X-RAY DIFFRACTION14F106 - 188
15X-RAY DIFFRACTION15F189 - 211
16X-RAY DIFFRACTION16G1 - 80
17X-RAY DIFFRACTION17G81 - 172
18X-RAY DIFFRACTION18G173 - 216

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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