PDB-7lj5: Human TRAAK K+ channel FHIEG mutant A198E in a K+ bound conductiv...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lj5

タイトル

Human TRAAK K+ channel FHIEG mutant A198E in a K+ bound conductive conformation

要素

(ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT ...) x 2
Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4

キーワード

METAL TRANSPORT/Immune System / Potassium Ion Channel / METAL TRANSPORT / METAL TRANSPORT-Immune System complex

機能・相同性

: / Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Rietmeijer, R.A. / Brohawn, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2021
タイトル: Physical basis for distinct basal and mechanically gated activity of the human K + channel TRAAK.
著者: Rietmeijer, R.A. / Sorum, B. / Li, B. / Brohawn, S.G.

履歴

登録	2021年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2021年9月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lj5.cif.gz	540.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lj5.ent.gz	447.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lj5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7lj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7lj5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lj4C 7ljaC 7ljbC 4wfeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lja-d 4wfe-d 4i9w-d 4wfg-d 7ljb-d 4wff-d 7lj4-d 4wfh-d 4e3c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4

B: Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4

D: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

E: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

F: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

G: ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

159 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.160, 136.980, 95.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium channel KT4.1 / Two pore K(+) channel KT4.1 分子量: 32627.686 Da / 分子数: 2 / 変異: A198E, N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / 詳細 (発現宿主): pPICz / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: Q9NYG8-2

#1: タンパク質

Isoform 2 of Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...

分子量: 32627.686 Da / 分子数: 2 / 変異: A198E, N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK4, TRAAK / 詳細 (発現宿主): pPICz / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: Q9NYG8-2

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抗体 , 2種, 4分子 DFEG

#2: 抗体	ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN 分子量: 23038.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	ANTI-TRAAK ANTIBODY 13E9 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN 分子量: 23474.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 258分子

#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 50mM Tris pH 8.8, 64-200 mM CaCl2, 27-33 vol vol PEG400

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データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Ambient temp details: lN2 jet / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月29日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→95.45 Å / Num. obs: 57752 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 27.2 % / CC_1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.26→2.504 Å / 冗長度: 12.88 % / R_merge(I) obs: 2.827 / Mean I/σ(I) obs: 1.508 / Num. unique obs: 2875 / CC_1/2: 0.5782 / R_pim(I) all: 0.567 / R_rim(I) all: 2.884 / % possible all: 12

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WFE

4wfe

解像度: 2.26→95.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 20.721 / SU ML: 0.231 / SU R Cruickshank DPI: 0.5584 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.558 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2521	2846	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.2216	54920	60.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 204.69 Å² / B_iso mean: 69.498 Å² / B_iso min: 22.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	0 Å²	0.4 Å²
2-	-	1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.26→95.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10402	0	10	248	10660
B_iso mean	-	-	80.21	54.75	-
残基数	-	-	-	-	1351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10673
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.638	14550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.203	1.565	22614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.403	5	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.852	22.455	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.516	15	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.7	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11833
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2237

LS精密化シェル

解像度: 2.264→2.345 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4434	-	-
R_work	0.3276	406	-
obs	-	-	4.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3973	-0.6323	-2.4827	0.2145	0.5638	4.05	0.2935	0.3351	0.0596	-0.1627	-0.1199	0.0687	-0.3626	0.4214	-0.1735	0.3875	-0.0037	0.0584	0.4577	0.016	0.4194	45.2307	-5.5275	9.586
2	0.5751	-0.3096	1.3403	0.2463	-0.5251	6.7733	0.3386	0.6724	-0.2106	-0.4711	-0.3686	0.1839	1.1339	0.5305	0.03	1.5466	0.0907	-0.0715	1.212	-0.1874	0.7334	50.3543	-20.0323	-21.2043
3	6.7337	0.4732	-1.8502	3.1325	0.5898	6.1902	-0.21	0.3984	-0.8092	-0.5595	0.1994	0.345	0.9522	-0.1796	0.0107	0.6297	0.0632	-0.0182	0.6115	-0.046	0.4521	45.5415	-15.4035	-7.0243
4	2.0574	-0.1065	-2.0182	0.5652	-0.3051	4.0926	0.2456	0.4625	0.0673	-0.3506	-0.1135	0.028	-0.3259	0.3627	-0.1321	0.3146	-0.0182	0.0257	0.434	0.0066	0.3169	48.7242	-9.8747	6.521
5	7.2919	8.3889	4.2241	12.8594	2.1343	5.6749	0.2692	-0.3181	0.1078	0.921	0.495	0.4345	-0.0632	-0.1003	-0.7643	1.1355	0.0716	0.0806	1.3286	-0.0987	1.135	92.0179	-3.2825	-5.4911
6	4.4065	0.5783	-1.0168	5.0631	1.6479	6.8293	0.2714	0.0815	0.9574	-0.1025	-0.0629	-0.7633	-0.8637	0.6123	-0.2086	0.6154	-0.1012	0.0672	0.8035	0.0863	0.4826	65.5551	-2.9347	5.0422
7	3.187	-0.5949	0.1137	2.5928	-0.2609	4.1571	0.0783	0.2867	0.2361	-0.4359	-0.1971	0.0444	-0.4948	-0.2868	0.1188	0.1669	0.0596	-0.0332	0.0643	0.0186	0.1739	14.6201	16.4259	27.2567
8	3.7092	1.9326	4.5148	4.1857	3.6871	6.6485	-0.161	0.5186	0.1698	-0.6598	0.1633	-0.1382	-0.6622	0.8545	-0.0023	0.2483	-0.0929	0.0256	0.218	0.0299	0.3079	13.1884	45.3788	45.6527
9	2.073	1.066	3.2977	3.9837	3.3632	6.9758	-0.2293	0.4169	0.1842	-0.4063	0.1537	-0.1201	-0.7482	0.7586	0.0757	0.2607	-0.0325	0.0743	0.2576	0.081	0.2997	13.8356	46.557	45.9457
10	2.3175	0.1311	-0.0385	4.5252	2.371	4.5782	-0.0086	-0.2044	0.1953	0.0989	-0.1412	0.0729	-0.1191	0.1243	0.1498	0.0114	-0.0133	-0.0142	0.0385	0.0237	0.2335	25.9147	6.9786	45.411
11	1.1625	-1.3446	-1.4157	4.3374	2.3284	1.9008	0.0292	-0.261	0.0432	-0.0551	0.0146	-0.0627	-0.0639	0.2457	-0.0438	0.0553	0.0012	-0.0595	0.0884	-0.0089	0.2627	21.0907	20.0062	49.6877
12	6.5096	-3.4561	0.6218	3.8746	-0.5006	2.3255	0.0821	-0.1153	0.1615	0.1466	0.0197	-0.1383	-0.1109	0.2863	-0.1018	0.0851	-0.0207	-0.0254	0.0414	-0.0113	0.2356	7.3076	36.4732	58.115
13	3.7073	-0.3788	1.0348	4.5042	-1.279	3.0819	0.1656	-0.3349	-0.263	0.1724	-0.1381	-0.1286	0.0962	0.0657	-0.0274	0.0195	-0.0179	-0.0139	0.0428	0.0164	0.2782	30.4472	-35.0221	43.0201
14	7.9899	2.6246	4.0105	3.3113	0.8541	4.9922	0.4155	0.3882	-0.5725	-0.3402	-0.0067	0.0708	0.541	0.0946	-0.4087	0.2481	0.0494	-0.0916	0.0588	0.0589	0.4505	9.9527	-63.076	44.0194
15	12.5318	7.0167	2.8333	5.7767	3.2916	4.6224	0.1479	0.1735	-0.7751	0.053	0.2473	0.0171	0.4589	0.1074	-0.3952	0.4252	0.0271	-0.1748	0.0778	0.0955	0.6416	13.3505	-71.4462	47.2194
16	4.4615	1.7059	0.0067	4.8791	-1.6149	2.3455	0.0113	0.1761	-0.0225	-0.0542	0.0411	0.1551	0.1624	-0.0093	-0.0524	0.0359	0.0019	-0.0138	0.0119	0.0216	0.1606	12.8592	-25.63	31.0134
17	3.1093	1.4994	-0.5361	3.7042	-1.0949	0.9241	-0.0009	-0.1918	-0.3126	-0.0951	0.0709	0.0586	0.1482	-0.1752	-0.07	0.0301	-0.0352	-0.0437	0.0689	0.0176	0.2977	5.7225	-44.044	41.356
18	3.8843	-0.907	1.3666	4.4229	-4.7761	8.2258	-0.0418	-0.5182	-0.2393	0.1009	0.2739	0.2833	0.4789	-0.4637	-0.2322	0.1645	-0.0345	-0.0636	0.111	0.0123	0.367	-2.8781	-55.5458	50.4428

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	149 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	220 - 286
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	28 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	176 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	198 - 287
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 105
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	106 - 157
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	158 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	1 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	81 - 137
12	X-RAY DIFFRACTION	12	E	138 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	F	1 - 105
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	106 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	15	F	189 - 211
16	X-RAY DIFFRACTION	16	G	1 - 80
17	X-RAY DIFFRACTION	17	G	81 - 172
18	X-RAY DIFFRACTION	18	G	173 - 216

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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