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万見
- PDB-7lhd: The complete model of phage Qbeta virion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lhd
タイトルThe complete model of phage Qbeta virion
要素
  • Capsid protein
  • Genomic RNA
  • Maturation protein A2
キーワードVIRUS/RNA / Bacteriophage / Virus / Virion / VIRUS-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host cell wall biogenesis / suppression by virus of host peptidoglycan biosynthetic process / viral release via suppression of host peptidoglycan biosynthetic process / virion attachment to host cell pilus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / T=3 icosahedral viral capsid / translation repressor activity / viral release from host cell by cytolysis / virion component / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Assembly protein / Phage maturation protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Capsid protein / Maturation protein A2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia virus Qbeta (ウイルス)
Escherichia phage Qbeta (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Chang, J.Y. / Zhang, J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Welch FoundationA-1863 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1902392 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI137696 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI095208 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Structural Assembly of Qβ Virion and Its Diverse Forms of Virus-like Particles.
著者: Jeng-Yih Chang / Karl V Gorzelnik / Jirapat Thongchol / Junjie Zhang /
要旨: The coat proteins (CPs) of single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) directly assemble around the genomic RNA (gRNA) to form a near-icosahedral capsid with a single maturation protein (Mat) ...The coat proteins (CPs) of single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) directly assemble around the genomic RNA (gRNA) to form a near-icosahedral capsid with a single maturation protein (Mat) that binds the gRNA and interacts with the retractile pilus during infection of the host. Understanding the assembly of ssRNA phages is essential for their use in biotechnology, such as RNA protection and delivery. Here, we present the complete gRNA model of the ssRNA phage Qβ, revealing that the 3' untranslated region binds to the Mat and the 4127 nucleotides fold domain-by-domain, and is connected through long-range RNA-RNA interactions, such as kissing loops. Thirty-three operator-like RNA stem-loops are located and primarily interact with the asymmetric A/B CP-dimers, suggesting a pathway for the assembly of the virions. Additionally, we have discovered various forms of the virus-like particles (VLPs), including the canonical = 3 icosahedral, larger = 4 icosahedral, prolate, oblate forms, and a small prolate form elongated along the 3-fold axis. These particles are all produced during a normal infection, as well as when overexpressing the CPs. When overexpressing the shorter RNA fragments encoding only the CPs, we observed an increased percentage of the smaller VLPs, which may be sufficient to encapsidate a shorter RNA.
履歴
登録2021年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23336
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genomic RNA
M: Maturation protein A2
B: Capsid protein
D: Capsid protein
BA: Capsid protein
BB: Capsid protein
BC: Capsid protein
BD: Capsid protein
BE: Capsid protein
BF: Capsid protein
BG: Capsid protein
BH: Capsid protein
BI: Capsid protein
BJ: Capsid protein
BK: Capsid protein
BL: Capsid protein
BM: Capsid protein
BN: Capsid protein
CA: Capsid protein
CB: Capsid protein
CC: Capsid protein
CD: Capsid protein
CE: Capsid protein
CF: Capsid protein
CG: Capsid protein
CH: Capsid protein
CI: Capsid protein
CJ: Capsid protein
CK: Capsid protein
CL: Capsid protein
CM: Capsid protein
CN: Capsid protein
DA: Capsid protein
DB: Capsid protein
DC: Capsid protein
DD: Capsid protein
DE: Capsid protein
DF: Capsid protein
DG: Capsid protein
DH: Capsid protein
DI: Capsid protein
DJ: Capsid protein
DK: Capsid protein
DL: Capsid protein
DM: Capsid protein
DN: Capsid protein
EA: Capsid protein
EB: Capsid protein
EC: Capsid protein
ED: Capsid protein
EE: Capsid protein
EF: Capsid protein
EG: Capsid protein
EH: Capsid protein
EI: Capsid protein
EJ: Capsid protein
EK: Capsid protein
EL: Capsid protein
EM: Capsid protein
EN: Capsid protein
FA: Capsid protein
FB: Capsid protein
FC: Capsid protein
FD: Capsid protein
FE: Capsid protein
FF: Capsid protein
FG: Capsid protein
FH: Capsid protein
FI: Capsid protein
FJ: Capsid protein
FK: Capsid protein
FL: Capsid protein
FM: Capsid protein
FN: Capsid protein
GA: Capsid protein
GB: Capsid protein
GC: Capsid protein
GD: Capsid protein
GE: Capsid protein
GF: Capsid protein
GG: Capsid protein
GH: Capsid protein
GI: Capsid protein
GJ: Capsid protein
GK: Capsid protein
GL: Capsid protein
GM: Capsid protein
GN: Capsid protein
HA: Capsid protein
HB: Capsid protein
HC: Capsid protein
HD: Capsid protein
HE: Capsid protein
HF: Capsid protein
HG: Capsid protein
HH: Capsid protein
HI: Capsid protein
HJ: Capsid protein
HK: Capsid protein
HL: Capsid protein
HM: Capsid protein
HN: Capsid protein
IA: Capsid protein
IB: Capsid protein
IC: Capsid protein
ID: Capsid protein
IE: Capsid protein
IF: Capsid protein
IG: Capsid protein
IH: Capsid protein
II: Capsid protein
IJ: Capsid protein
IK: Capsid protein
IL: Capsid protein
IM: Capsid protein
IN: Capsid protein
JA: Capsid protein
JB: Capsid protein
JC: Capsid protein
JD: Capsid protein
JE: Capsid protein
JF: Capsid protein
JG: Capsid protein
JH: Capsid protein
JI: Capsid protein
JJ: Capsid protein
JK: Capsid protein
JL: Capsid protein
JM: Capsid protein
JN: Capsid protein
KA: Capsid protein
KB: Capsid protein
KC: Capsid protein
KD: Capsid protein
KE: Capsid protein
KF: Capsid protein
KG: Capsid protein
KH: Capsid protein
KI: Capsid protein
KJ: Capsid protein
KK: Capsid protein
KL: Capsid protein
KM: Capsid protein
KN: Capsid protein
LA: Capsid protein
LB: Capsid protein
LC: Capsid protein
LD: Capsid protein
LE: Capsid protein
LF: Capsid protein
LG: Capsid protein
LH: Capsid protein
LI: Capsid protein
LJ: Capsid protein
LK: Capsid protein
LL: Capsid protein
LM: Capsid protein
LN: Capsid protein
MA: Capsid protein
MB: Capsid protein
MC: Capsid protein
MD: Capsid protein
ME: Capsid protein
MF: Capsid protein
MG: Capsid protein
MH: Capsid protein
MI: Capsid protein
MJ: Capsid protein
MK: Capsid protein
ML: Capsid protein
MM: Capsid protein
MN: Capsid protein
NA: Capsid protein
NB: Capsid protein
NC: Capsid protein
ND: Capsid protein
NE: Capsid protein
NF: Capsid protein
NG: Capsid protein
NH: Capsid protein
NI: Capsid protein
NJ: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,968,882182
ポリマ－3,968,882182
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: RNA鎖 Genomic RNA


分子量: 1352016.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia virus Qbeta (ウイルス) / 参照: GenBank: 668235487
#2: タンパク質 Maturation protein A2 / MP / A2 protein


分子量: 48613.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage Qbeta (ファージ) / 参照: UniProt: Q8LTE2
#3: タンパク質 ...
Capsid protein / CP / Coat protein


分子量: 14268.071 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage Qbeta (ファージ) / 参照: UniProt: P03615

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia virus Qbeta / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia virus Qbeta (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
EM imaging
ID加速電圧 (kV)電子線源照射モードモデルモードSpecimen-ID
1300FIELD EMISSION GUNFLOOD BEAMJEOL 3200FSCBRIGHT FIELD1
2200FIELD EMISSION GUNFLOOD BEAMFEI TECNAI F20BRIGHT FIELD1
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1130GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
2230GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86081 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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